Activités de service

- Identification et détermination du sérotype des souches de Escherichia coli et Shigella envoyées par les Laboratoires de biologie médicale (LABM). 
- Collecte des informations épidémiologiques sur les souches complètement identifiées par les laboratoires collaborateurs.
- Identification de Shigella non agglutinables.

Techniques utilisées

Chaque souche reçue est ré-isolée puis identifiée au niveau de l’espèce par l’étude des caractères biochimiques conventionnels.

Les Escherichia coli et Shigella sont sérotypées par agglutination.
Les antigènes O (somatiques) sont identifiés par agglutination.
Les antigènes H (flagellaires) pour les Escherichia coli nécessitent de sélectionner les éléments les plus mobiles de la culture bactérienne, d’agglutiner avec des sérums. Les sérums étant nombreux et difficiles à obtenir, la méthode moléculaire c’est-à-dire détermination du profil de restriction du produit amplifié du gène codant la flagelline est de plus en plus effectué au CNR.

Délais : 4 ou 5 jours s’il n’y a pas de difficulté.

Si la souche de Shigella n’a pas pu être différenciée au départ par le laboratoire demandeur de Escherichia coli, des tests biochimiques ou autres tests doivent être effectués.
Le CNR peut être amené à étudier 99 sources de carbone (galerie Biotype-100, BioMérieux) et des tests enzymatiques mis au point dans l’Unité de Biodiversité des Bactéries.

Délais : une semaine est nécessaire lorsqu’il n’y a aucune difficulté.

En cas de difficulté, les profils de restriction de l’opéron ARN ribosomique (ribotypes) sont déterminés et comparés à une base de données. Il peut être nécessaire de déterminer la séquence du gène rrs de l’ARN 16S ou du gène rpoB.

Volume d’activité moyen

Pour les Shigella, le CNR reçoit chaque année pour sérotypage de 900 à 1.300 souches. Il reçoit en outre les informations épidémiologiques sur les souches complètement étudiées de Shigella par des laboratoires collaborateurs.
Le CNR reçoit environ 300 souches de Escherichia coli (2 ans après sa création)
C’est donc sur plus de 1500 souches annuelles que les informations du CNR sont basées.

Pour les shigelloses, le CNR exerce une surveillance continue en France grâce aux souches d’origine humaine envoyées pour sérotypage par les laboratoires et grâce à la collecte des informations épidémiologiques sur les souches complètement identifiées par les laboratoires correspondants (France métropolitaine et DOM-TOM).
Le système informatisé de surveillance et d’alerte des shigelloses du CNR permet de :

- Détecter précocement au niveau national, régional ou départemental toute augmentation anormale du nombre d’isolements de Shigella.
- Produire à destination des professionnels de Santé publique tous types de documents (courbes, graphiques à barre, cartes géographiques..) illustrant les tendances ou la répartition des sérotypes sous surveillance.

Pour les E. coli pathogènes, et particulièrement les agents du syndrome hémolytique et urémique (SHU), le CNR a contribué à la mise en place du système de surveillance qui existe depuis 1996.

Il adresse à l’InVS et dans certains cas à la DGS :

- La liste des cas groupés (épidémies familiales, hospitalières, scolaires, toxi-infections alimentaires collectives, infections collectives) qui lui sont signalés par les laboratoires correspondants (DGS et InVS).
- Un relevé hebdomadaire de surveillance provisoire signalant le(s) sérotype(s) dépassant les valeurs attendues (InVS)
- Un relevé mensuel de surveillance (DGS et InVS). En cas de survenue d’une épidémie, le CNR communique à l’ InVS les informations épidémiologiques essentielles sur les souches étudiées dans ce cadre.
- Des inventaires annuels par sérotype et par département.