Missions spécifiques

Objectifs et intérêt pour la santé publique E.COLI/SHIGELLA/SALMONELLA

 

Dans le cadre des missions générales des Centres Nationaux de Référence (CNR), le CNR des Escherichia coli et des Shigella et le CNR des Salmonella ont été regroupés selon l’arrêté du 26 décembre 2011 en un seul CNR pour la période 2012-2016. Ce nouveau CNR des Escherichia coli, Shigella et Salmonella a été désigné par le Ministère en charge de la Santé et, plus particulièrement, par la Direction Générale de la Santé (DGS) pour assurer la surveillance microbiologique de maladies entériques transmissibles : dysenterie bacillaire, shigelloses, syndrome hémolytique et urémique, diarrhées dues aux E. coli entérohémorragiques, toxi-infections alimentaires collectives, ainsi que la surveillance des fièvres typhoïde et paratyphoïdes, et des salmonelloses communautaires et hospitalières. 

Le CNR des Escherichia coli, Shigella et Salmonella, situé à l’Institut Pasteur à Paris, est associé au Laboratoire de Microbiologie de l’Hôpital Robert-Debré pour la surveillance des syndromes hémolytiques et urémiques grâce à un réseau de pédiatres-néphrologues. 

Voir Missions générales des CNR

Le CNR des Escherichia coli, Shigella et Salmonella participe à la surveillance continue :

des Shigella:

- en sérotypant les souches d’origine humaine envoyées par les laboratoires (France métropolitaine et DOM-TOM),
- en suivant les tendances spatio-temporelles des différents sérotypes des Shigella,
- en différenciant par des méthodes de typage appropriées, les souches isolées de cas épidémiques de celles de cas sporadiques et de comparer des souches isolées chez les malades et dans d’autres sources, en particulier alimentaires,
- en transmettant à l’Institut de Veille Sanitaire les informations épidémiologiques, cliniques et microbiologiques concernant les sérotypes des souches identifiées et en notifiant les foyers des cas groupés.


des Escherichia coli entérohémorragiques et des SHU:

- en collaborant, avec le Laboratoire Associé, à la surveillance des infections à E. coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) et des Syndromes Hémolytiques et Urémiques (SHU) dus aux Escherichia coli entérohémorragiques, par:
-       la détection par PCR, des gènes de pathogénicité (stx1, stx2, hlyA et eae) à partir de prélèvements de selles ou de souches de E. coli isolées,
-       le diagnostic sérologique, basé sur la mise en évidence d’anticorps de type IgM et IgA anti-lipopolysaccharides dans les sérums des patients présentant un SHU (cet examen est réalisé uniquement au CNR situé à l’Institut Pasteur),
-       par le sérotypage moléculaire O et H des souches de E. coli n’agglutinant pas avec les sérums commerciaux.
-        par l’étude des souches par pulsotypie (PFGE), ou la détermination du groupe phylogénétique des STEC (MLST).

 

des Salmonella

Le CNR exerce une surveillance continue des différents sérotypes de Salmonella en sérotypant les souches d’origine humaine envoyées par les laboratoires correspondants (France métropolitaine et DOM-TOM) en:
- contribuant au développement des méthodes de typage,
- suivant les tendances spatio-temporelles des différents sérotypes de Salmonella, en s’appuyant sur un réseau de laboratoires d’analyse de biologie médicale sur tout le territoire,
- contribuant à la surveillance et à l’investigation des toxi-infections alimentaires collectives à Salmonella en signalant à l’Institut de Veille Sanitaire les foyers de cas groupés notifiés au CNR,
- suivant l’évolution de la résistance aux antibiotiques de Salmonella et étudier les mécanismes de résistance notamment en collaboration avec le CNR des mécanismes de résistance aux antibiotiques,
- détectant précocement les épisodes épidémiques, par la caractérisation des souches de Salmonella par la méthode de typage la plus adaptée au sérotype en cause et par le développement de seuils d’alerte,
- en réalisant rapidement un typage le plus discriminant possible (adapté en fonction du sérotype en cause) des souches de Salmonella concernées afin de différencier les cas épidémiques et non épidémiques et de comparer des souches isolées chez les malades et dans d’autres sources, en particulier alimentaire,
- collaborant avec les réseaux nationaux de surveillance des salmonelles chez l’animal, dans les aliments et l’environnement,
- participant avec l’InVS au réseau européen de surveillance des Salmonella ECDC (envoi trimestriel des données de surveillance, collaboration en cas d’alerte européenne, …)
- collaborant aux réseaux de surveillance internationaux et en particulier européens notamment dans le cadre de l’application de la directive zoonoses 2003/99/CE.

 


Intérêt pour la santé publique

Un système informatisé de surveillance et d’alerte des infections à E. coli, Shigella et Salmonella mis au point au CNR permet de détecter précocement au niveau national, régional ou départemental toute augmentation anormale du nombre d’isolements de ces pathogènes. En cas de survenue d’une épidémie, le CNR communique à l’ Institut de Veille Sanitaire (InVS) les informations épidémiologiques essentielles pour chaque nouvelle souche du sérotype incriminé reçue au Centre. L’InVS pourra ainsi déclencher, si nécessaire, les investigations épidémiques visant à rechercher l’origine de l’épidémie afin d’en éviter l’extension. Le CNR est sollicité ensuite dans l’investigation microbiologique (sous-typages) afin de dépister les souches épidémiques des souches sporadiques et de faire le lien avec des souches alimentaires ou vétérinaires.

 

Les cas groupés (épidémies familiales, hospitalières, scolaires, toxi-infections alimentaires collectives, infections collectives) signalés au CNR par les laboratoires sont notifiés aux autorités sanitaires (InVS).