Activités de service


Expertises

Identification et sérotypage des souches de Escherichia coli, Shigella et Salmonella envoyées par les Laboratoires de biologie médicale privés (LABM) et publics (hospitaliers). 
Collecte des informations épidémiologiques sur les souches complètement identifiées par les laboratoires collaborateurs.
 

Techniques utilisées


Pour les E. coli – Shigella

Chaque souche reçue est ré-isolée puis identifiée au niveau de l’espèce par l’étude des caractères biochimiques conventionnels. Les Escherichia coli et les Shigella sont sérotypées par agglutination à l’aide de sérums spécifiques. Du fait du nombre important de sérotypes existants pour lesquels, les sérums ne sont pas toujours disponibles, le CNR a recours au sérotypage moléculaire des souches n’ayant pas agglutiné avec les sérums existants. Cette technique consiste à déterminer le profil de restriction du produit amplifié codant pour l’opéron O (Opéron O) et à séquencer le gène (fliC) codant pour la flagelline ou antigène H.

Délais : 4 ou 5 jours s’il n’y a pas de difficulté.
En cas de difficulté, d’autres méthodes de différenciation d’espèces peuvent être utilisées : recherche par PCR du gène iudA codant pour la bêta-glucuronidase (validation d’identification E. coli/Shigella) ou séquençage du gène rpoB codant pour la sous-unité bêta de l’ARN polymérase (identification des entérobactéries).

 

Pour les Salmonella

 

Chaque souche reçue est ré-isolée puis identifiée au niveau de l’espèce par l’étude des caractères biochimiques conventionnels.
Les Salmonella sont sérotypées par agglutination. Les antigènes O sont immédiatement identifiés. Les antigènes H (flagellaires) nécessitent de sélectionner les éléments les plus mobiles de la culture bactérienne, d’identifier une phase H par agglutination, d’inhiber la mobilité des bactéries ayant cette phase et de sélectionner les individus ayant l’autre phase flagellaire (en milieu de Sven Gard) et d’agglutiner cette autre phase.
Délais : 4 ou 5 jours s’il n’y a pas de difficulté.
En cas de difficulté, les séquences des gènes rpoB, fliC et fljB sont déterminées. Le MLST est de plus en plus présentée comme une alternative moléculaire au sérotypage, il est ainsi régulièrement utilisé (http://mlst.ucc.ie/mlst/dbs/Senterica).


Volume moyen d’activité
Pour les E. coli et les Shigella, le CNR reçoit chaque année pour sérotypage entre 900 et 1500 souches. Il reçoit en outre, des laboratoires collaborateurs, les informations épidémiologiques sur les souches complètement étudiées de Shigella qui représentent environ 200 fiches par an. Par ailleurs, dans le cadre de la surveillance des SHU, le CNR reçoit environ 500 prélèvements de selles pour lesquels, une recherche des gènes de pathogénicité (stx1, stx2, hlyA et eae) est effectuée avant et après isolement d’une souche de STEC.

 

Pour les Salmonella, le CNR reçoit pour sérotypage 7.000 à 8.000 souches. Jointes aux informations épidémiologiques sur les souches complètement étudiées par des laboratoires collaborateurs, c’est sur plus de 10.000 souches annuelles que les informations du CNR sont basées.


Collection de souches

 Toutes les souches adressées au CNR depuis 1947 ont été conservées en tubes gélosés gardés à température ambiante. La collection du CNR-ESS comprend ainsi plus de 300.000 souches. L’ensemble de tous les sérotypes connus de Salmonella est conservé sous forme lyophilisée au Centre Collaborateur OMS de référence et de Recherche sur les Salmonella (CCOMS). Les souches particulières ou de sérotype rare sont également conservées congelées à -80°C.

 


Surveillance épidémiologique

Pour les shigelloses, le CNR réalise une surveillance continue temporo-spatiale basée sur les souches envoyées pour sérotypage et/ou à la collecte des informations épidémiologiques sur les souches déjà identifiées par les laboratoires (France métropolitaine et DOM-TOM).

Pour les`Escherichia coli entérohémorragiques, notamment responsables du syndrome hémolytique et urémique (SHU), le CNR a contribué à la mise en place depuis 1996, d’un système de surveillance microbiologique. Il adresse ainsi régulièrement à l’InVS:

- la liste de tous les résultats sérologiques,
- les résultats de tous les cas pour lesquels un STEC a été isolé, 
- un bilan ou un point de situation à tout moment par sérotype et par département.

Pour les salmonelles, le CNR exerce une surveillance continue des salmonelloses en France grâce aux souches d’origine humaine envoyées pour sérotypage par les laboratoires et grâce à la collecte des informations épidémiologiques sur les souches complètement identifiées par les laboratoires correspondants (France métropolitaine et DOM-TOM).
Le système informatisé et automatisé de surveillance et d’alerte des salmonelloses humaines du CNR permet de :

- documenter les tendances spatio-temporelles de tous les sérotypes sous surveillance (depuis 1992),
- détecter précocement au niveau national, régional ou départemental ou dans certaines classes d’âge (par exemple les nourrissons de moins de un an) toute augmentation anormale du nombre d’isolements de Salmonella (trois algorithmes différents utilisés),
- produire des documents (courbes, graphiques à barre,..) illustrant les tendances ou la répartition des sérotypes sous surveillance.

Il adresse à l’InVS:

- la liste des salmonelloses à déclaration obligatoire, à savoir, les cas de salmonelloses à sérotypes majeurs que sont Typhi, Paratyphi A, B et C ainsi que les cas groupés de salmonelloses quel que soit le sérotype (épidémies familiales, hospitalières, scolaires, toxi-infections alimentaires collectives, infections collectives) qui lui sont signalés par les laboratoires correspondants (plus de 1300 en 2012),
- un relevé hebdomadaire de surveillance provisoire signalant le(s) sérotype(s) dépassant les valeurs attendues (algorithme de détection sur la base des souches reçues au CNR),
- en cas de survenue d’une épidémie, le CNR communique à l’InVS les informations épidémiologiques essentielles sur les souches étudiées dans ce cadre,
- des inventaires annuels par sérotype.


Recherche - Principaux thèmes impliquant le CNR-ESS

Les recherches de l’Unité des Bactéries Pathogènes Entériques concernent, la structure et l’évolution génétique des populations bactériennes entéropathogènes (E. coli, Shigella, Salmonella et vibrions), en particulier les populations émergentes, et/ou épidémiques et/ou résistantes aux antibiotiques et le développement de nouveaux outils diagnostiques. Ainsi les méthodes de typage moléculaire les plus modernes sont utilisées, ont été validées (MLST, MLVA) ou été mises au point (CRISPR) dans l’Unité. L’utilisation du séquençage complet de génome bactérien est actuellement en cours de validation dans un cadre d’épidémiologie moléculaire. Les retombées de toutes ces recherches sont appliquées aux CNR de l’Unité que sont le CNR-ESS et le CNR du choléra et des vibrions.

 


Collaborations et réseaux

 Nationales

- Depuis la création du CNR-ESS, plus de 2200 laboratoires collaborateurs ont adressé des souches et/ou des informations. Ils se répartissent général, de la manière suivante:
centres hospitaliers (417), centres médico-chirurgicaux, cliniques (14), centres de biologie (23), laboratoires d’analyses de biologie médicale (1729), laboratoires vétérinaires départementaux (4), laboratoires de l’agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES) (2), laboratoires de IFREMER (1), autres laboratoires (23).
 

- Avec l’InVS, la direction générale de l’alimentation (DGAL) ou l’ANSES.


Internationales

- Avec le « European Centre for Disease Prevention and Control » (ECDC, http://ecdc.europa.eu/)

 Le CNR participe au Réseau Européen de surveillance de l’ECDC en répondant aux demandes d’information et en transmettant les données épidémiologiques essentielles sur les souches d’origine humaine identifiées au CNR.

 

- Avec l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS)

L’unité héberge le Centre Collaborateur de l’OMS (CCOMS) pour la Référence et la Recherche sur les Salmonella qui est en charge de la nomenclature internationale des sérotypes de Salmonella et mette à jour régulièrement le schéma de White Kauffmann-Le Minor (disponible à l’adresse www.pasteur.fr/ccoms/salmonella). Les cadres du CNR, également responsables du CCOMS effectuent des missions à la demande de l’OMS (workshops ou cours GFN). Le CNR transmet au CCOMS, pour homologation, tous les sérotypes nouveaux de Salmonella qu’il a identifiés.

 

-       Avec le Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)

L’Unité collabore dans des projets impliquant le RIIP en typant et sous-typant les souches isolées et en acceuillant de jeunes chercheurs en formation


Assurance qualité

Le CNR est engagé dans une démarche qualité, s’inscrivant dans le cadre de celle de l’Institut Pasteur (norme NF EN ISO 1589).