Activités de service


Expertises

Identification de souches pures : Cf. fiche de renseignements cliniques
- Identification des souches selon les méthodes de référence.
- Analyse par chromatographie en phase gazeuse d’environ 30 métabolites à partir d’un milieu de culture standard ou éventuellement d’un milieu additionné d’un substrat (étude d’un métabolisme particulier).
- Pour les souches toxinogènes, mise en évidence par amplification génique des gènes codant pour les différentes toxines.
- Détection de toxines par des méthodes biologiques ou immunologiques.

Botulisme : Cf. fiche de renseignements cliniques
- La présence de toxine botulique est recherchée dans le sérum par le test de létalité sur souris et de séroprotection à l’aide d’anticorps spécifiques.
- C. botulinum est recherché dans les selles et les aliments suspects par culture d’enrichissement et amplification génique selon un protocole développé au CNR.

Recherche et dosage d’anticorps neutralisants anti toxines botuliques A ou B : (suivi de traitement par une toxine botulique). Cf. fiche de renseignements clinique


Collection de souches

Le CNR dépose à la Collection de l’Institut Pasteur (CRBIP) les souches types ou d’intérêt diagnostic de bactéries anaérobies provenant soit de sa propre collection, soit d’autres collections.


Surveillance épidémiologique

- Surveillance du botulisme en relation avec la Direction Générale de la Santé (DGS) et l’Institut de Veille Sanitaire (InVS)

- Surveillance de la résistance aux agents anti-microbiens, particulièrement aux agents anaérobicides (5-nitroimidazolés par test PCR).

- Réseau de laboratoires pour l’expertise des souches de Clostridium difficile et détection du clone épidémique de PCR-ribotype 027.
(Cf. Informations pratiques sur ce réseau au paragraphe ci-dessous.)

Collaborations et réseaux

RESEAU DE LABORATOIRES POUR L’EXPERTISE DES SOUCHES DE Clostridium difficile

Clostridium difficile est une bactérie responsable de 15 à 25 % des diarrhées post-antibiotiques. C’est la première cause de diarrhées infectieuses nosocomiales chez l’adulte. Un clone particulier appelé PCR ribotype 027 a été identifié dans des infections sévères et épidémiques. Cette souche a d’abord été détectée au Canada et aux Etats-Unis (2003), puis en Grande-Bretagne, en Belgique et aux Pays- Bas, plus récemment en France (2006).

Afin d’assurer la surveillance de l’éventuelle dissémination de ce clone épidémique sur le territoire français ainsi que celle d’autres clones émergents, le Centre National de Référence des Bactéries Anaérobies et Botulisme a créé un réseau national de 5 laboratoires experts couvrant toutes les inter-régions des C-CLIN, capables de réaliser le typage des souches de Clostridium difficile isolées de cas groupés ou de cas sévères.

Les missions du laboratoire associé au CNR pour Clostridium difficile ainsi que les critères de signalement et d’envoi des souches de Clostridium difficile pour expertise sont rappelés ici cf courrier missions CNR et signalement.

Ce typage comporte systématiquement :

1. La confirmation du caractère toxinogène de la souche par détection des fragments A3 et B1 des toxines TcdA et TcdB - (1ère étape du toxinotypage) ;

2.
La PCR ribotypage pour identifier les principaux PCR ribotypes (001, 002, 005, « 014/020/077 », 015, 017, 027, 053, « 078/126 », 106) et/ou le caractère clonal des souches envoyées;

3.
Antibiogramme (érythromycine, clindamycine, moxifloxacine, métronidazole, vancomycine, tétracycline).

D’autres caractéristiques peuvent être recherchées, telles la délétion dans la séquence du gène régulateur tcdC (délétion de 18, 39 ou 54 paires de bases), les gènes de la toxine binaire CDT ou le toxinotype.

NB : Les laboratoires experts assureront exclusivement l’analyse de souches isolées de prélèvements cliniques, dans le cadre d’infections à C. difficile ayant donné lieu à un signalement à l’ARS et au C-CLIN (forme sévère et/ou épidémique), et seulement après appel téléphonique du laboratoire demandeur pour sélection des souches à expertiser.
Une feuille de renseignements doit être remplie pour chaque souche envoyée au laboratoire expert.
Cf.
fiche de renseignements cliniques

Les recommandations pour l’envoi des souches de Clostridium difficile pour expertise sont rappelées dans une fiche.
Cf. Recommandations Clostridium difficile

Si besoin, l’avis du CClin et/ou de l’InVS sera demandé pour décider de cet envoi de souches.

Les laboratoires experts ne réaliseront pas de coprocultures en anaérobiose pour les laboratoires ne disposant pas de cette technique. Dans ce cas, le laboratoire demandeur devra d’abord sous-traiter cette analyse au laboratoire le plus proche disposant de cette technique (CHU par exemple).
Le laboratoire expert rendra directement les résultats de ces analyses au laboratoire demandeur. Les résultats de typage bactérien sont également enregistrés sur un site web sécurisé dont le serveur se trouve à l’Institut Pasteur. Ce site permet à chaque laboratoire expert ou associé d’enregistrer les caractéristiques des souches qui lui sont adressées et d’éditer un compte rendu des résultats. Ce site est consultable dans sa totalité par l’Institut de Veille Sanitaire, le CNR des Bactéries Anaérobies et son laboratoire associé. Les C-CLIN, les ARS et les laboratoires experts ont un accès restreint aux données de leur région.
 
Capacité : la capacité de chaque laboratoire expert est de 10 souches par semaine, avec un délai de réponse de 10 jours pour les 3 analyses citées précédemment.
Cf. Coordonnées complètes des laboratoires experts et répartition régionale

Milieux pour l’isolement des souches

- Milieux sélectifs prêts à l’emploi :
Les différents milieux sélectifs commercialisés pour l’isolement de C. difficile dérivent tous du milieu CCFA (cyclosérine-cefoxitine-fructose agar) décrit par George et al. (J. Clin. Microbiol. 1979 ; 9 (2) :214 - 219).
Gélose CLO: (BioMérieux).
Clostridium difficile Selective Agar (CDSA) : (BBL)
ChromID C. difficile Medium (bioMérieux)

- Milieux non sélectifs prêts à l’emploi :
Gélose Schaedler + 5% de sang de mouton (BioMérieux)
Gélose Columbia + 5% sang de mouton (BioMérieux)

- Milieux en poudre :
Base Columbia (BioMérieux
Milieu pour Clostridium difficile + suppléments (Oxoid)

Quel que soit le milieu utilisé, il est recommandé d’ajouter de la cyclosérine à raison de 200 µg /mL.
Incuber en anaérobiose 24 à 48h.

Milieux recommandés pour l’envoi au laboratoire expert :
Gélose au sang sous sachet de type Anaerogen Compact (Oxoid), Anaerocult P (Merck) ou système similaire, pré-incubée pour vérifier que la souche est en culture pure [éventuellement gélose profonde (type VF) ou milieux pré-réduits].


COLLABORATIONS NATIONALES 

- Avec l’InVS et la DGS : voir ci-dessus "Surveillance épidémiologique".
- Plus de 200 laboratoires collaborateurs* adressent régulièrement des souches et/ou des informations au CNR.
(*) centres hospitaliers, centres médico-chirurgicaux, cliniques, laboratoires de biologie médicale, laboratoires vétérinaires départementaux, ANSES, IFREMER, etc.

RESEAU DES INSTITUTS PASTEUR ET INSTITUTS ASSOCIES

Le CNR reçoit régulièrement des souches à identifier envoyées par les Instituts Pasteur du Réseau International, et accueille des jeunes chercheurs en formation pour ces Instituts.

COLLABORATIONS INTERNATIONALES

Plusieurs laboratoires, Organismes ou Institutions étrangers s’adressent régulièrement au CNR pour des expertises (identifications, contrôles de caractères phénotypiques ou génotypiques), mais aussi pour confirmer des foyers de botulisme humain.

Formation, conseil

- Cours et travaux pratiques, section Anaérobies du Cours de Bactériologie Médicale.
- Cours dans le cadre des Journées "Regain"
- Cours de formation continue (AFSSA, Ecole de chimie, Institut Pasteur de Lille) et différents DEA.

Recherche, publications