Activités de service


Expertises

1. Bactériologiques

a) Différentes espèces de Yersinia (sauf Y. pestis) 

L’isolement des germes directement à partir des échantillons contaminés n’est pas effectué par le CNR. Celui-ci ne caractérise que les souches préalablement isolées par les laboratoires de bactériologie.

Cette caractérisation n’est systématique que pour les souches d’origine humaine, vétérinaire, et pour les souches alimentaires si leur nombre reste raisonnable. Pour les souches environnementales, l’analyse n’est effectuée que si elles sont en petit nombre et/ou présentent un intérêt en santé publique.

Biotypage :
L’étude des caractères phénotypiques et biochimiques (galeries Api 20E et Api 50CH) des souches de Yersinia envoyées au CNR permet de confirmer leur appartenance au genre Yersinia puis de déterminer leur espèce. S’il s’agit de Y. enterocolitica ou Y. intermedia, des tests biochimiques supplémentaires sont effectués pour déterminer leur biotype.

Sérotypage :
Toutes les Yersinia étudiées sont sérotypées grâce aux :
- 48 antisérums spécifiques des différentes espèces de Yersinia.
- 5 antisérums spécifiques de Y. pseudotuberculosis.

Lysotypage :
La lysotypie des Y. enterocolitica n’est pas systématique, elle est réservée aux cas où des sérotypes inhabituels sont identifiés ou lors d’études épidémiologiques approfondies.

Interprétation des résultats :
Sont considérées comme potentiellement pathogènes pour l’homme:
- Toutes les souches de Y. pseudotuberculosis, quelque soit leur sérotype.
- Les souches de Y. enterocolitica des biotypes 1B, 2, 3, 4 et 5.
- Les souches de Y. enterocolitica du biotype 1A et les autres espèces de Yersinia sont considérées comme non pathogènes pour l’homme.

b) Y. pestis :
Dans le cas particulier de Y. pestis, non seulement les souches isolées mais aussi, si besoin, les échantillons potentiellement infectés (aspiration de bubons, sang, organes) sont analysés.

L’isolement d’une souche de Y. pestis comporte systématiquement l’inoculation à des souris et l’ensemencement de milieux sélectifs (CIN). L’identification est effectuée à l’aide des caractères culturaux et des galeries Api 20E et 50CH. Le phage pesteux est utilisé pour confirmer le diagnostic.
Des tests de diagnostic rapide en bandelettes sont maintenant disponibles et permettent de porter un diagnostic de peste en moins de 10 minutes à partir d’échantillons biologiques (aspiration de bubon, expectorations, sang lors de la phase septicémique). Des PCR peuvent également être pratiquées directement à partir des échantillons contaminés, mais elles sont actuellement plus longues et moins fiables que le test bandelettes.

Une fois la souche identifiée, son biotype et sa sensiblité à différents antibiotiques sont déterminés. Le typage de la souche (ribotypage, électrophorèse en champ pulsé, profil plasmidique, etc.) peut être effectué dans un but d’épidémiologie moléculaire si besoin.

c) Caractérisation de souches atypiques :
Elle est faite:
- soit à la demande de laboratoires étrangers ayant rencontré des problèmes d’identification des souches de Yersinia isolées dans leur pays.
- soit lorsque sont observées des souches qui ne répondent pas aux critères classiques d’identification mais semblent cependant pathogènes.

d) Études ponctuelles :
Elles sont pratiquées à la demande, lorsqu’un problème particulier (clinique, bactériologique, sensibilité aux agents thérapeutiques, etc.) est rencontré. 


2.Sérologiques :

a) Sérodiagnostic de peste par ELISA-F1 :
Le plus souvent, la simple description des signes cliniques et du déroulement de l’infection permet d’éliminer le diagnostic de peste. Cependant, lorsque le diagnostic porté est justifié, le CNR effectue le sérodiagnostic de peste par ELISA-F1.

b) Sérodiagnostic des infections à Yersinia entéropathogènes :
Ce sérodiagnostic n’est pas effectué par le CNR des Yersinia.
Classiquement, le sérodiagnostic des yersinioses digestives repose sur des tests d’agglutination ou de microagglutination. Un sérodiagnostic par ELISA a été mis au point et validé par le CNR des Yersinia. Ce test ELISA possède une sensibilité et une spécificité bien supérieures à celles de la microagglutination classique. Il permet notamment d’éliminer les réactions croisées avec les brucelles. Après validation, cet ELISA a été transféré au Laboratoire Pasteur-CERBA.

Collection de souches

Toutes les souches de Yersinia reçues et étudiées au CNR sont conservées dans la collection du CNR.
Celle-ci comprend plus de 31000 souches de Yersinia (non pestis) isolées en France et à l'étranger depuis 1951.

Recherche

Voir les rapports de l'Unité de recherche à la page "actualités-rapports"


Collaborations et réseaux

Collaborations nationales

Réseau National de surveillance des Yersinia entéropathogènes
A la demande de la DGS et en partenariat avec l’INVS, un réseau national de surveillance des Yersinia entéropathogènes, créé et coordonné par le CNR des Yersinia a été mis en place en juin 2003.
Ses objectifs sont d’effectuer l’épidémiosurveillance des yersinioses en France et d’estimer leur incidence ainsi que leur prévalence.

Contact : Cyril SAVIN - Téléphone : 01 40 61 37 67

Composition du réseau
Localisation géographique des laboratoires participant au réseau RNSY
Principes de fonctionnement



Collaborations internationales
Europe, OMS, réseau des Instituts Pasteur et Instituts associés , etc...

Assurance Qualité

Le CNR est engagé dans la mise en place d'une démarche qualité, s’inscrivant dans le cadre de celle de l’Institut Pasteur.