Activités de service


Expertises

Toute demande au CNR n’est prise en compte que si elle est accompagnée d’un minimum de renseignements clinique sur la feuille de demande d'expertise fournie par le CNR.
Certaines demandes (en particulier la recherche de champignons sur une biopsie ou un échantillon biologique) ne sont effectuées que dans des cas très particuliers et après accord de l’un des responsables/collaborateurs du CNR. 

Avant tout envoi, consulter la rubrique "Informations pratiques"

Techniques utilisées

- Chaque isolat de champignon adressé au CNR est systématiquement identifié par les caractères phénotypiques (macroscopiques, microscopiques et biochimiques conventionnels) et par séquençage.
Les résultats sont disponibles dans un délai de une à plusieurs semaines en fonction des isolats et/ou des espèces

- La sensibilité aux antifongiques pour les isolats de levures et champignons filamenteux est testée par une microméthode en milieu liquide adaptée de la technique EUCAST. Les concentrations minimales inhibitrices (CMI) de l’amphotéricine B, 5-fluorocytosine, fluconazole, itraconazole, voriconazole, posaconazole, caspofungine, et micafungine sont ainsi déterminées. Les résultats sont habituellement disponibles en une semaine.

- Le typage des souches est effectué selon différentes techniques :
  • Sérotypage des souches de Cryptococcus neoformans par une méthode d’immunofluorescence mise au point au CNR. Elle n’est effectuée qu’une fois toutes les 4 à 6 semaines.
  • Dans quelques cas, des techniques de typage moléculaire sont envisageables pour explorer l’origine d’infections liées au soin par exemple. Elles entrent dans le cadre des activités de recherche du CNR puisqu’aucune méthode ne fait, à ce jour, l’objet d’un consensus international, y compris pour les espèces les plus courantes. Elles doivent faire l’objet de discussions préalables avec l’un des responsables/collaborateurs du CNR.

Collection de souches

- Le CNR conserve toutes les souches envoyées dans le cadre de ses missions d'expertise et de surveillance. 

Activités de surveillance

Le CNR est chargé de la surveillance de cryptococcoses diagnostiquées en France. La surveillance représente un indice indirect de l’efficacité des thérapies anti-rétrovirales, et l’un des moyens de détecter un phénomène d’échappement ou une nouvelle cause d’immunodépression.

- Le CNR est également chargé de la surveillance nationale des mycoses endémiques (infections à Histoplasma capsulatum, Histoplasma duboisii, Coccidioides immitis, Blastomyces dermatitidis, Paracoccidioides brasiliensis, Penicillium marneffei, Sporothrix schenckii, mais aussi chromoblastomycoses, mycétomes), et des mycoses émergentes, qu’elles le soient par l’espèce (infections à Scedosporium spp., Fusarium spp., Mucorales, ...) ou par la localisation (localisation osseuse, péritonéale, cérébrale, ...). Les données collectées permettront de mieux connaître ces infections, de déterminer leur incidence réelle et d’analyser les modifications épidémiologiques au cours du temps.

- Le CNR poursuit une surveillance microbiologique des levures et une surveillance de la résistance aux antifongiques en Ile de France ("Observatoire des Levures") et a mis en place un réseau national (RESSIF) de surveillance épidémiologique et microbiologique des mycoses invasives.

- L’analyse des activités du CNR permet d’établir des tendances et d’en fournir les résultats aux autorités sanitaires. Un rapport détaillé des activités du CNR est ainsi fourni annuellement à la Direction Générale de la Santé (DGS) et à l’Institut de Veille Sanitaire (InVS). Il est accessible en ligne l’année suivante après validation par les autorités de tutelles.

Activités de formation

Cours et travaux pratiques dans le cadre du cours de Mycologie médicale de l’Institut Pasteur

Recherche - Principaux thèmes impliquant le CNR

Le travail de recherche en relation avec l’activité du CNR concerne :

- L'amélioration ou mise au point de techniques de typages moléculaires de plusieurs espèces de levures.

- L'amélioration ou mise au point de techniques de typages moléculaires de plusieurs espèces de levures

- L’étude de la structure des populations de Cryptococcus neoformans sérotype A et D

- La recherche de biomarqueurs de sévérité dans le cadre d’infections fongiques invasives en particulier la cryptococcose et les mucormycoses.

Collaborations et réseaux

Nationales

Avec nos correspondants et les membres de la Société Française de Mycologie Médicale, de la Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française, de la Société Nationale Française de Médecine Interne, de l’Association des Professeurs de Pathologie Infectieuse et Tropicale (APPIT) pour toutes les activités de surveillance évoquées plus haut (Groupes d’Etudes).

Internationales (dont européennes)

- Avec les groupes de travail de la Société Française de Mycologie Médicale (SFMM) et de l’European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID) dans le cadre de l’European Committee for Antifungal Susceptibility Testing (EUCAST) pour la standardisation des techniques de détermination des concentrations minimales inhibitrices et l’évaluation des corrélations in vivo/in vitro

- Avec des Instituts du réseau des Institut Pasteur et Instituts Pasteur Associés pour la surveillance épidémiologique et l’étude physiopathologique de la cryptococcose 

- Avec l’Invasive Fungal Infections Cooperative Group de l’EORTC pour des protocoles thérapeutiques 

- Avec l’ESCMID Study Group on Fungal Infections (EFISG) pour des études européennes de recherche clinique en mycologie médicale. 

- Avec le Center for Diseases Control (CDC, Atlanta, GA) pour l’investigation de phénomènes épidémiques sur les mycoses exotiques. 

- Avec l’Université de Pittsburgh (USA) pour l’étude de la physiopathologie de la cryptococcose au cours des transplantations d’organes.

Assurance qualité

Le CNR est engagé depuis 1996 dans une démarche Qualité s’inscrivant dans le cadre de la politique Assurance Qualité de l’Institut Pasteur.