Activités de service


Expertises

Confirmation des isolats 

Techniques utilisées

- Galerie API 20
- Immunofluorescence pour les isolats de B. pertussis et B. parapertussis à l’aide d’immunsérums polyclonaux spécifiques de l’espèce.
- Analyse de l’expression des déterminants de virulence des isolats, en particulier les toxines et adhésines bactériennes. Cette mise en évidence est faite soit par des dosages enzymatiques soit grâce à l’utilisation de sérums polyclonaux ou monoclonaux spécifiques des antigènes. Les toxines sont la toxine de pertussis ou PT, l’adényl cyclase-hémolysine ou AC-Hly. Les adhésines sont l’hémaglutinine filamenteuse ou FHA, la pertactine ou PRN et les protéines fimbriales ou FIM.
- Electrophorèse en champs pulsés ou ECP qui permet l’analyse du chromosome des isolats reçus. Les profils de restriction du chromosome obtenus après coupure par une enzyme de restriction sont d’une part, comparés entre eux, et d’autre part, aux souches vaccinales. Lorsque des profils différents sont observés, ils sont comparés à ceux obtenus à partir d’isolats collectés dans les pays étrangers. Lorsqu’un isolat particulier est collecté, les gènes codant certaines toxines et adhésines sont séquencés dans l’unité Prévention et Thérapie Moléculaires des Maladies Humaines (PTMMH).
- Identification des isolats particuliers avec le séquençage et l’analyse de l’ADNr 16S. 


Collection d’isolats cliniques


Activités d’expertise 
- Evaluation des milieux de cultures mis sur le marché,
- Evaluation des techniques de diagnostic,
- Evaluation des trousses mises sur le marché pour le diagnostic par PCR en temps réel.


Aide au diagnostic
 

- Comment effectuer un prélèvement nasopharyngé ?

- Procédure prélèvement pour diagnostics directs de la coqueluche

Renseignements sur les techniques de diagnostics biologiques :
  . Aide à la mise en place des techniques de diagnostics biologiques dans les laboratoires : PCR en temps réel, culture. 
  . Plusieurs trousses commerciales pour réaliser un diagnostic de détection du matériel génétique des espèces soit de B. pertussis, de B. bronchiseptica, de B. holmesii (pas de différentiation possible) soit de B. parapertussis, ont été testées par le CNR seul ou en collaboration avec des laboratoires de bactériologie du réseau RENACOQ (Réf. article Ph. Lanotte, JCM, 2011).
Nous recommandons d'utiliser les trousses commercialisées par : 
- Focus diagnostics et Argene-Biomérieux avec contrôle d'extraction et d'inhibition de l'amplification génique inclus dans la trousse.
- Cepheid avec contrôle interne inclus dans la trousse.
- Bio-Evolution avec contrôle cellulaire d'extraction inclus dans le coffret.
 
Organisation de contrôles qualité (CQ), nous contacter.

Formation - Conseil

- Cours de formation pour les professions médicales et formation de stagiaires issus du milieu hospitalier,
- Cours de formation pour les professions médicales,
- Activité de vulgarisation dans le cadre des journées portes ouvertes ou visites des écoles.

Transfert de connaissances

Transfert de techniques de diagnostic mises au point par le CNR dans les centres hospitaliers contribuant à la surveillance épidémiologique de la coqueluche en France et au Laboratoire Cerba.
Voir "Données épidémiologiques" dans la rubrique Actualités-Rapports.

Les laboratoires de microbiologie hospitaliers effectuant régulièrement des contrôles qualité avec le CNR sont :
- le laboratoire Cerba à Saint-Ouen l'Aumône,
- le laboratoire Hautepierre à Strasbourg,
- l’hôpital Universitaire Robert-Debré à Paris,
- le centre hospitalier Universitaire Necker - enfants malades à Paris
- le centre hospitalier Universitaire de Nantes,
- le centre hospitalier Universitaire de Poitiers,
- le centre hospitalier Universitaire Jean Minjoz de Besançon,
- le centre hospitalier Universitaire de Saint-Etienne,
- le centre hospitalier de Chambéry,
- l’hôpital d’instruction des armées Robert Picqué à Bordeaux,
- le centre hospitalier Universitaire de Brest,
- le centre hospitalier Universitaire de Limoges,
- le centre hospitalier Universitaire de Reims,
- le centre hospitalier Universitaire de Tours,
- le centre hospitalier Universitaire de Bordeaux,
- le centre hospitalier Universitaire de Nancy,
- le centre hospitalier universitaire d'Angers,
- le centre hospitalier universitaire de Caen,
- le centre hospitalier régional d'Orléans,
- le centre hospitalier de Cahors,
- le centre hospitalier universitaire de Clermont-Ferrand,
- le centre hospitalier universitaire de Toulouse,
- le centre hospitalier universitaire de Aix-en-Provence,
- le centre hospitalier universitaire de Lyon,
- les hôpitaux civils de Colmar,
- le centre hospitalier universitaire de Dijon,
- le centre hospitalier universitaire de Amiens,
- le centre hospitalier universitaire de Lille,
- le centre hospitalier universitaire de Rouen,
- l'hôpital Antoine Béclère à Clamart,
- l'hôpital d'instruction des Armées de Bégin,
- le centre hospitalier Universitaire de Montpellier,
- le centre hospitalier de Versailles,
- l'hôpital L. Mourier à Colombes,
- le centre hospitalier Universitaire de Toulon,
- le laboratoire Lavergne à Paris.

Collaborations et réseaux

Nationales

1. Avec l’Institut de Veille Sanitaire (InVS) et la DGS : participation au Réseau National de Surveillance Hospitalier de la Coqueluche (R.E.N.A.C.O.Q.), mis en place depuis avril 1996. Outre l’InVS et le CNR, ce réseau comprend 44 bactériologistes et 44 pédiatres de Centres hospitaliers.
Voir Données épidémiologiques dans la rubrique "Actualités-Rapports

2. Avec le réseau ACTIV : participation à la surveillance des cas de coqueluche chez des enfants en âge d’être scolarisés 

3. Avec le réseau du Collège de Bactériologie, de Virologie et d’Hygiène des Hôpitaux Généraux de France

Avec le réseau des Instituts Pasteur
Le CNR reçoit des isolats à identifier et accueille des jeunes chercheurs en formation pour le Réseau International des Instituts Pasteur.

Internationales

1. Avec le réseau européen EUPERTSTRAIN : Organisation de réunions européennes pour le développement :
- de techniques des analyses des isolats cliniques et,
- de diagnostics biologiques des bordetelloses.

2. Avec le Réseau International des Instituts Pasteur :
Le CNR reçoit des isolats à identifier et accueille des jeunes chercheurs en formation.


Recherche

Voir les résumés des activités de recherche dans la rubrique "Actualités-Rapports"

Publications scientifiques

Assurance qualité

Le CNR est engagé dans une démarche qualité, s’inscrivant dans le cadre de la politique qualité de l’Institut Pasteur.