Missions spécifiques

Objectifs

En France, le CNR des Fièvres Hémorragiques Virales (FHV), désigné par le Ministère de la Santé, est chargé en liaison étroite avec l’Institut national de Veille Sanitaire (InVS) de contribuer au diagnostic et d’assurer la surveillance épidémiologique des fièvres hémorragiques virales principalement causées par des agents classés dans le Groupe à Risque (GR) 4 et des encéphalites à Hénipavirus, qui sont causées par des virus également classés GR4 (virus Nipah et Hendra). Les FHV induites par des Arbovirus (classés GR3), comme par exemple la dengue ou la fièvre jaune, sont quant à elles du ressort du CNR Arbovirus (IRBA, Marseille). De même, les infections par les Hantavirus, responsables de FHV à syndrome rénal ou à syndrome pulmonaire, sont traitées par le CNR Hantavirus. En revanche, bien qu'étant des Arbovirus, les virus de la FHV d'Omsk et de la maladie de la forêt de Kyasanur demeurent dans le domaine de compétence du CNR FHV de par leur grande pathogénicité.

Rappels sur les fièvres hémorragiques virales et les encéphalites à Hénipavirus

Les FHV sont des zoonoses émergentes ou ré-émergentes, potentiellement mortelles, caractérisées chez l'homme par un syndrome fébrile algique évoluant vers un syndrome hémorragique plus ou moins sévère. La mortalité intervient le plus souvent dans un contexte de choc hypoxique et hypovolémique et peut varier de 1 à 90 % selon le virus incriminé. Malgré leur proximité symptomatologique, les FHV sont provoquées par plusieurs genres viraux : Arénavirus, Filovirus, Nairovirus, Flavivirus, Phlebovirus et Hantavirus (tableau 1). Certains sont des Arbovirus transmis aux hommes via des arthropodes, manipulables en laboratoire de niveau de sécurité biologique (NSB) 3, et dépendent du CNR des Arbovirus, à l’exception notable du virus Crimée-Congo (CCHFV), classé GR4, et des virus de la FHV d'Omsk et de la maladie de la forêt de Kyasanur, qui demeurent tous trois du ressort du CNR FHV. La similitude des syndromes provoqués par les différents virus ainsi que les zones de circulation communes impliquent de fait une étroite collaboration entre les CNR FHV, Arbovirus (IRBA, Marseille, France) et Hantavirus. Les virus intéressant directement le CNR des FHV sont des Filovirus, Arénavirus et Nairovirus, auxquels se rattachent les Hénipavirus, également classés GR4, qui ont été découverts en Malaisie (Nipah) ou Australie (Hendra) et provoquent chez l’homme des syndromes encéphalitiques ou pulmonaires.
 
 
Genre     
Transmission
Maladie (virus)             
Classe
Arbovirus
Flavivirus
Moustiques
Fièvre jaune
3
Dengue
3
Tiques
FH d’Omsk
3
FH de la forêt de Kyasanur
3
Phlebovirus
Moustiques
F de la vallée du Rift
3
Nairovirus
Tiques
FH de Crimée-Congo
4
Non Arbovirus
Arénavirus
Rongeurs
FH de Lassa (Lassa)
4
 
FH à virus Lujo (Lujo)
4
 
FH d’Argentine (Junin)
4
 
FH de Bolivie (Machupo)
4
 
FH du Venezuela (Guanarito)
4
 
FH du Brésil (Sabia)
4
Filovirus
Chauves-souris
FH d’Ebola (Ebola)
4
 
FH de Marburg (Marburg)
4
Hantavirus
Rongeurs
FH à syndrome rénal (Seoul, Dobrava, Hantaan)
3
 
FH à syndrome rénal (Puumala)
2
 
Syndrome pulmonaire à Hantavirus (Sin nombre, Andes, Maripa)
3
Henipavirus
Chauves-souris
Encéphalite/syndrome respiratoire (Nipah, Hendra)
4

 
Tableau 1. Les fièvres hémorragiques virales et les encéphalites à Hénipavirus.
 
Principaux virus responsables de FH, et autres virus associés de GR4. Les virus en bleu sont traités par le CNR Arbovirus et ceux en rouge par le CNR Hantavirus.
Ces virus se transmettent à l'homme par l'intermédiaire de leur réservoir (rongeurs, chauve-souris), par des vecteurs (tiques) ou par contact direct avec des fluides biologiques infectés (Tableau 2). La transmission interhumaine est ensuite fréquente et peut être à l'origine de foyers épidémiques. Il n’existe pas de traitement efficace, même si la ribavirine est utilisée contre les virus Lassa ou CCHF, et aucun vaccin n'est disponible à ce jour. Ce caractère de dangerosité a conduit à classer la plupart de ces virus dans le GR4 entraînant leur manipulation en laboratoire NSB4.

Genre
Virus
Hôte naturel
Distribution
Mortalité
Nairovirus
CCHF
Petits mammifères terrestres, oiseaux (vecteur tiques)
Afrique, Asie, Europe de l’Est
30 %
Filovirus
Ebola Zaire
Chauve-souris
Hypsignathus monstruosus, Epomops franqueti, Myonycteris torquata
RDC, Congo, Gabon
70-90 %
Ebola Sudan
Inconnu
Soudan, Ouganda
40-60 %
Ebola Bundibugyo
Inconnu
Ouganda
35 %
Ebola Tai Forest
Inconnu
Côte d’Ivoire
1 seul cas confirmé
Marburgvirus
Marburg
Chauve-souris
Roussetus aegyptiacus
Ouganda, RDC, Kenya, Angola, Zimbabwe
50-60 %
Arenavirus
Lassa
Mastomys natalensis
Nigéria, Guinée, Libéria et Sierra Léone (probablement aussi Mali et Côte d’Ivoire)
2-10 %
Lujo
Inconnu
Zambie, Afrique du Sud
4/5 cas
Junin
Calomys musculinus
Argentine
25 %
Machupo
Calomys callosus
Bolivie
25 %
Guanarito
Sigmodon alstoni
Vénézuéla
25 %
Sabia
Inconnu
Brésil
1/3 cas
Hénipavirus
Nipah
Chauve-souris
Pteropus
Malaisie, Bengladesh, Cambodge
50 %
Hendra
Pteropus
Australie
3/6 cas

 Tableau 2. Détails des virus impliqués, réservoirs naturels, zones de circulation et mortalité chez l’homme.

Les Filovirus Marburg et Ebola ont émergé respectivement en 1967 et 1976, et sont depuis à l'origine d'épidémies régulières en Afrique Centrale. Le dernier en date, Bundibugyo Ebolavirus a émergé en 2007 en Ouganda et a récemment réémergé. Les infections par les Arénavirus, endémiques en Afrique de l'Ouest, sont responsables de plusieurs milliers de décès chaque année, avec des cas d'importation en Europe réguliers bien que peu fréquents. CCHFV est pour sa part maintenant présent en Europe et son aire de distribution tend à s'étendre, avec des cas réguliers en Europe du Sud-Est (Balkans, Bulgarie, Turquie) et la récente mise en évidence de tiques infectées dans le Sud de l’Espagne. Enfin, il n’y a pas encore eu de cas déclaré d’infection par le virus Nipah en Europe depuis l’épidémie d'émergence décrite en Malaisie et à Singapour en 1998-99, malgré la description d'épidémies en Inde et au Bangladesh quasiment chaque année depuis 2001.

La gravité des syndromes provoqués par les virus des FHV, et l'importante capacité de transmission inter-humaine justifie la mise en place d’une étroite surveillance de ces pathologies. En effet, les virus zoonotiques ciblés par ce CNR sont actuellement absents de France, mais peuvent être importés à tout moment à l’occasion d’un retour d’une personne ou d’un animal infecté comme cela s'est déjà produit, en Allemagne notamment. Des virus proches encore inconnus pourraient de la même manière être à l'origine d'infections en France. De plus, les modifications environnementales, démographiques, et sociétales sont des facteurs qui favorisent l’émergence et la circulation de ces virus dans les pays d’endémie. La multiplication des échanges, le développement des voyages, ainsi que la rapidité des transports sont autant de facteurs favorisant le retour de cas infectés en Europe. Même si les suspicions de cas demeurent peu nombreuses à ce jour, la diversité étiologique de ces pathogènes et leur classement dans le GR4 imposent un lourd plateau technique (modes opératoires nombreux, réactifs très variés), une veille scientifique et technologique (émergence constante de nouveaux virus) et l’utilisation d’un laboratoire NSB4. Enfin, les pathologies induites par ces virus nécessitent une coordination avec des services hospitaliers susceptibles de contribuer en amont, à l’évaluation de risque en lien avec le CNR et en aval, à la prise en charge particulière des patients infectés.
 

Intérêt pour la santé publique

Par arrêté du 26 novembre 2011, le centre national de référence (CNR) des Hantavirus a été désigné pour la période allant du 1er janvier 2012 au 31 décembre 2016 à l’unité de Biologie des Infections Virales Emergentes (UBIVE) de l’Institut Pasteur à Lyon (coordonnateur). Les missions du CNR s’inscrivent dans le cadre des missions générales des Centres Nationaux de Référence et sont les suivantes:
-Coordination du diagnostic et des activités spécifiques du CNR
-Rôle d'expertise microbiologique et de conseil (en particulier auprès des professionnels de santé, laboratoires…)
-Analyses des prélèvements suspects avec :
            Evaluation de la pertinence de la demande
            Gestion des prélèvements à leur arrivée sur le site/logistique
            Identification et caractérisation des souches
            Transfert le cas échéant vers les CNR Arbovirus et/ou Hantavirus
-Communication des résultats obtenus
            Analyse des données
            Confirmation du diagnostic
            Contrôle qualité
-Surveillance épidémiologique et veille technologique et microbiologique
            Investigation des cas de FHV en France et détection des cas groupés, en lien avec l’InVS
            Collaborations avec les réseaux de surveillance internationaux (actions de veille microbiologique, participation à l’investigation d’épidémies survenant à l’étranger)
            Collaborations avec des laboratoires étrangers
-Mission d'alerte des autorités compétentes de santé publique (cas isolés ou épidémies en France ou à l'étranger)
-Gestion de la plate-forme de production de réactifs spécifiques
            Production des standards utilisés en diagnostic
            Développement de nouveaux réactifs (in vitro, in vivo ; prise en compte des nouvelles émergences virales et développement de nouvelles techniques pour les virus déjà connus)
            Contrôle qualité des réactifs produits
-Participer au réseau national des laboratoires BIOTOX-PIRATOX (le Dr Delphine PANNETIER est membre du Conseil Scientifique de ce réseau)
-Gérer la recherche appliquée liée aux activités du CNR et réalisée par les différentes équipes de recherche support