Activités de service

 
•           Expertises (diagnostic)
•           Principaux thèmes de recherche
•           Collaborations et réseaux  
•           Assurance Qualité


Expertises (diagnostic)

En France métropolitaine, le CNR contribue au diagnostic des fièvres hémorragiques virales (FHV) pour lesquelles il n’existe pas de kit de diagnostic commercialisé et où un laboratoire de haute sécurité de niveau de sécurité biologique (NSB) 3 ou 4 est requis.
 
Attention : avant tout envoi d’échantillon vers les CNR lire attentivement le chapitre "Informations pratiques" afin d’appliquer la procédure spécifique à ces agents.
 
En effet, compte tenu du grand nombre et de la diversité de répartition géographique des virus responsables de FHV, il est impératif pour le CNR de disposer de renseignements cliniques et épidémiologiques afin d’orienter au mieux le diagnostic étiologique. En particulier, il est impératif de prendre contact avec les responsables du CNR FHV avant tout envoi de prélèvement au CNR. De plus, les échantillons biologiques envoyés pour le diagnostic de FHV doivent être emballés et acheminés conformément à la réglementation prévue pour le transport des matières infectieuses. La responsabilité du respect de cette réglementation incombe à l’expéditeur.
 
De plus, la plupart des virus qui sont de la responsabilité du CNR FHV sont classés dans la catégorie Micro-organismes et toxines hautement pathogènes et sont donc soumis à une réglementation particulière quant à leur manipulation, stockage et transport.

 

Surveillance épidémiologique et alerte

Les virus responsables de FHV qui sont dans le domaine de compétence du CNR FHV ne circulent pas en France métropolitaine, ni d'ailleurs dans une large mesure dans les territoires et département d'outre-mer. Ces maladies peuvent donc être considérées comme des viroses d’importation. Une des principales missions du CNR FHV est donc de réaliser la surveillance épidémiologique de ces infections, afin d'être capable d'alerter et de répondre rapidement et efficacement en présence d'un ou plusieurs patients atteints par l'un de ces virus.
 
De plus, le CNR FHV participe à la surveillance de ces maladies virales émergentes à l’échelon européen et international. Pour mener à bien cette tâche, le CNR FHV participe à de nombreux réseaux et développe des collaborations avec des équipes internationales (voir paragraphe (Collaborations et réseaux).

 

Autres expertises, collection de souches

Dans le cadre du CNR: constitution et entretien d’une souchothèque représentant de nombreuses espèces virales de différentes familles (Nairovirus, Arenavirus, Filovirus, Flavivirus, Henipavirus)
 
Dans le cadre du Centre Collaborateur OMS: expertises demandées par différents pays suite à des épisodes épidémiques. Par exemple: Guinée en 2000, Côte d’Ivoire en 2001, Soudan en 2002 et 2005, Mali 2005, réponse à l’épidémie de fièvre hémorragique à virus Ebola au Gabon et au Congo (12/2001-01/2002).

 

Formation, transfert de connaissances

- Maintien et diffusion de matériel biologique de référence
- Mise au point, évaluation et diffusion de techniques de diagnostic
- Enseignements
- Formation de stagiaires étrangers (Europe, Afrique, Asie)

Principaux thèmes de recherche

Les recherches menées par le CNR en collaboration avec plusieurs partenaires extérieurs, sont principalement liées à celles de l’Unité de Biologie des Infections Virales Emergentes (UBIVE) et sont axées sur les thématiques suivantes:
 
-Physiopathogenèse et réponses immunes au cours de la fièvre de Lassa
Le principal axe de recherche de l’UBIVE depuis dix ans concerne la fièvre de Lassa et par extension les Arénavirus. La fièvre de Lassa est une fièvre hémorragique causée par le virus Lassa. Elle est endémique en Afrique de l’Ouest où elle est responsable de 100 – 300.000 cas par an et de 5 – 6.000 décès (1). La possible transmission inter-humaine et les fréquentes épidémies nosocomiales en font un problème majeur de santé publique. Nous nous intéressons plus spécifiquement à la pathogenèse et aux réponses immunes associées à cette maladie, dans des modèles in vitro humains, mais aussi dans des modèles primates non-humains. Dans ces modèles, le virus Lassa est comparé à un autre Arénavirus très proche génétiquement (75% d’homologie) et hébergé par le même réservoir, mais non pathogène pour l’homme et les primates non-humains : le virus Mopeia.
            Nous avons ainsi pu montrer que les cellules présentatrices d’antigènes (CPA) étaient les principales cibles de ces virus, et que la capacité du virus Mopeia, mais pas du virus Lassa, à activer les CPA et à induire la production des IFN de type I était corrélée à l’absence de pathogénicité (2-4). De plus, les réponses différentes des CPA à l’infection par ces virus ont pour conséquences des réponses lymphocytaires T spécifiques opposées. Ainsi, des réponses robustes et fonctionnelles sont induites par le virus Mopeia, tandis que le virus Lassa ne génère que des réponses défectueuses (5). Afin de mieux comprendre les mécanismes conduisant à la différence de réponse IFN de type I, les voies d’activation cellulaire utilisées ou inhibées par ces virus (TLR, hélicases) sont en cours de caractérisation. Nous avons également mis en place un modèle in vivo de la fièvre de Lassa basé sur l’infection de singes cynomolgus (Macaca fascicularis) et avons pu démontrer que l’issue favorable à la fièvre de Lassa était associée à l’induction d’une réponse lymphocytaire T CD4+ et CD8+ précoce et robuste et au contrôle rapide de la réplication virale (6). Au contraire, l’issue fatale était caractérisée par des altérations majeures de la formule sanguine, une faible réponse immune et une réplication virale incontrôlée. Enfin, un système de génétique inverse pour le virus Lassa a été développé afin de caractériser le rôle des différents facteurs viraux dans la pathogénicité et la modulation de la réponse immune de l’hôte (7). Des virus Lassa mutants ont ainsi été déjà générés. Ces virus ont perdu la capacité à inhiber la réponse IFN de type I, ce qui les rend particulièrement atténués et immunogènes dans des modèles in vitro humains.
 
-Etude des réponses immunes adaptatives au cours de l’infection par le virus Ebola
Le virus Ebola Zaïre est régulièrement responsable d’épidémies associées à une mortalité de 80 – 90% en Afrique centrale (8, 9). Cependant, les mécanismes immunitaires associés à la survie ou au décès sont peu connus. Nous avons mené des investigations, en collaboration avec l’équipe d’Eric Leroy (Centre International de Recherche Médicale de Franceville, Gabon), sur des patients infectés par le virus Ebola lors des épidémies survenues au Gabon entre 1996 et 2003. Ainsi, les charges virales et la production d’anticorps ont été quantifiées chez les patients survivants ou décédés. De même, la production de différentes cytokines a été évaluée (10). Par ailleurs, afin de mieux comprendre les mécanismes immunitaires associés à l’infection par ce virus, nous analysons en ce moment les réponses lymphocytaires T CD4+ et CD8+ induites in vitro par des cellules dendritiques humaines infectées, ainsi que l’évolution du répertoire TCR Vb. En effet, nous avons précédemment montré que certaines familles de TCR Vb étaient altérées chez les patients infectés par le virus Ebola (11).  
 
-Recherche d’Arénavirus chez des petits mammifères sauvages de l’océan Indien
Les prélèvements de rongeurs/insectivores capturés dans l’océan indien (Madagascar, La Réunion, Mayotte) ont été reçus par l’UBIVE dans le cadre d’une collaboration avec l’Institut Pasteur de Madagascar et de Guyane (ACIP) et d’une autre avec l’INRA. Ils ont été testés avec les outils sérologiques et moléculaires disponibles. Les résultats sont en cours d’analyse.
 
-Etude de la séroprévalence chez des professionnels de santé à risque pour CCHF
Le CCHFV a été rarement isolé à Madagascar et son épidémiologie y est mal connue. Ceci a poussé l’équipe de l’Institut Pasteur de Madagascar en collaboration avec l’Institut Pasteur du Cameroun, le CDC et le CNR FHV, à évaluer la circulation et la distribution géographique du CCHFV parmi les populations à risque à Madagascar. Sur 1995 travailleurs d’abattoir testés, une seule infection (0,05%) récente (IgM seulement) par le CCHFV a été détectée. Quinze personnes (0,75%) ont montré des traces d’infection passées (IgG seulement). On peut donc conclure que la prévalence parmi les populations à risque de Madagascar est très faible comparée à d’autres régions d’endémie (12). Une étude de la prévalence chez le bétail serait nécessaire pour confirmer ce faible taux d’endémicité à Madagascar.
 
Références bibliographiques
1.         Russier M, D Pannetier and S Baize. 2012. La fièvre de Lassa: réponses immunes et pathogenèse. Virologie 16:390-401.
2.         Baize S, D Pannetier, C Faure, P Marianneau, I Marendat, M-C Georges-Courbot and V Deubel. 2006. Role of interferons in the control of Lassa virus replication in human dendritic cells and macrophages. Microb Infect. 8:1193-1422.
3.         Pannetier D, C Faure, M-C Georges-Courbot, V Deubel, and S Baize. 2004. Human macrophages, but not dendritic cells, are activated and produce type I interferons in response to Mopeia virus infection. J Virol. 78:10516-10524.
4.         Baize S, J Kaplon, C Faure, D Pannetier, M-C Georges-Courbot and V Deubel. 2004. Lassa virus infection of dendritic cells and macrophages is productive but fails to activate cells. J Immunol. 172:2861-2869.
5.         Pannetier D, S Reynard, M Russier, A Journeaux, N Tordo, V Deubel and S Baize. 2011. Human dendritic cells infected with the non-pathogenic Mopeia virus induce stronger T-cell responses than with Lassa virus. J Virol. 85:8293-8306.
6.         Baize S, P Marianneau, P Loth, S Reynard, A Journeaux, M Chevallier, N Tordo, V Deubel and H Contamin. 2009. Early and strong immune responses are associated with control of viral replication and recovery in Lassa virus-infected cynomolgus monkeys. J Virol. 83:5890-5903.
7.         Carnec X, S Baize, S Reynard, L Diancourt, V Caro, N Tordo and M Bouloy. 2011. Lassa virus nucleoprotein mutants generated by reverse genetics induce robust type I IFN response in human dendritic cells and macrophages. J Virol. 85:12093-12097.
8.         Leroy EM, J-P Gonzalez and S. Baize. 2011. Ebola and Marburg haemorrhagic fever viruses: major scientific advances, but a relatively minor public health threat for Africa. Clin Microbiol Infect. 17:964-976.
9.         Leroy E, S Baize and J-P Gonzalez. 2011. Les fièvres hémorragiques à virus Ebola et Marburg: l'histoire au présent des filovirus. Médecine Trop. 71:111-121.
10.       Wauquier N, P Becquart, C Padilla, S Baize and EM Leroy. 2010. Human Fatal Zaire Ebola Virus Infection Is Associated with an Aberrant Innate Immunity and with Massive Lymphocyte Apoptosis. PLoS Negl Trop Dis. 4:e837.
11.       Leroy EM, P Becquart, N Wauquier and S Baize. 2011. Evidence for Ebola virus superantigen activity. J Virol. 85:4041-4042.
12.       Andriamandimby SF, P Marianneau, J-T Rafisandratantsoa, PE Rollin, J-M Heraud, N Tordo, and J-M Reynes. 2011. Crimean-Congo hemorrhagic fever serosurvey in at-risk professionals, Madagascar, 2008 and 2009. J Clin Virol. 52:370-372.
Pour plus de détails voir le rapport d’activité de l’Unité de Biologie des Infections Virales Emergentes

 

Collaborations et réseaux

Le CNR FHV participe à de nombreux réseaux de surveillance européens et internationaux:
 
-Global Alert and Response(GAR, ex GOARN). L’UBIVE et le laboratoire P4 appartiennent à ce réseau piloté par l’OMS, et sont donc susceptibles d’être mobilisés sur le terrain en cas d’épidémie. Ce réseau met en commun des moyens humains et techniques pour identifier le pathogène en cause, confirmer le diagnostic, et trouver les réponses rapides et adéquates face aux épidémies internationales.
 
-European Network of Imported Viral Diseases(ENIVD, DG Sanco – ECDC, Stockholm). Ce réseau regroupe des laboratoires spécialisés de 27 pays européens. Les objectifs de ce réseau sont de surveiller l’introduction et la circulation de ces virus en Europe, de définir les conduites à tenir en cas d’importation de ces virus, d’échanger réactifs et matériel biologique et de standardiser les techniques de diagnostic. L’UBIVE est impliquée dans ce réseau par l’intermédiaire de l’Institut Pasteur (JC Manuguerra), ainsi que le laboratoire P4. Ce réseau vise à faciliter le diagnostic des maladies émergentes en Europe.
 
-Quality Assurance Exercises and Networking on the Detection of Highly Infectious Pathogens (QUANDHIP). Le CNR FHV participe à ce réseau par l'intermédiaire du Laboratoire P4. En effet, ce consortium composé de 38 laboratoires issus de 23 pays européens a pour but la standardisation des techniques de diagnostic concernant les pathogènes hautement infectieux. Des exercices de contrôle qualité sont notamment organisés régulièrement au niveau européen.
 
-Réseau national des laboratoires BIOTOX-PIRATOX. Le CNR est impliqué dans ce réseau par l'intermédiaire du Dr Delphine PANNETIER, qui est membre de son Conseil Scientifique.
 
-Réseau International des Instituts Pasteur. Le CNR FHV est membre actif du Réseau International des Instituts Pasteur et Instituts Associés. A ce titre, il effectue en collaboration avec ces Instituts des investigations de terrains, comme notamment l’étude épidémiologique du virus Nipah en Asie du Sud-Est (Cambodge, Vietnam). De plus, le CNR FHV apporte son expertise et peut fournir des réactifs nécessaires au diagnostic afin que les équipes des Instituts outre-mer puissent réaliser la surveillance de ces infections.
 
Enfin, via la coordination du réseau européen ERINHA, le laboratoire P4 développe également de fortes interactions avec les structures en charge de la santé publique au niveau européen (ECDC) ou mondial (OMS).

 

Assurance Qualité

Le CNR est engagé dans une démarche qualité, s’inscrivant dans le cadre de la politique qualité de l’Institut Pasteur. De plus, conformément à l’ordonnance n°2010-49 du 13 janvier 2010 relative aux activités de biologie médicale, le CNR s’est engagé dans le processus d’accréditation au référentiel ISO 15189, avec pour objectif une accréditation complète avant le 1 novembre 2016.