L'analyse des données à la PFID

Localisation de la salle d'analyse




Les plateformes de l'Imagopole (PFID, PFC et PFMU) mettent à la disposition des utilisateurs des logiciels pour traiter et analyser leurs images et données sur place ou depuis leur laboratoire. Tous les postes d'analyse ont un accès au réseau interne Pasteur et sont réservables via PPMS.

Formation sur les logiciels d'analyse

A partir de Janvier 2013, la plateforme PFID organise des modules de formation sur les logicels commerciaux ou gratuits. Ces modules comportent une session théorique suivie d'une session pratique par binome.

Ces modules s'adressent principalement aux débutants et couvrent les domaines suivants :

  • Analyse d'image : concepts de base (Fiji, ImageJ, Icy)
  • Biostatistiques: concepts de base (Prism)
  • Déconvolution : théorie et pratique (Huygens, Volocity)
  • Colocalisation : Comparaison des différentes méthodes (Axiovision, Imaris, Volocity, ImageJ)

Un tutorial basé sur chaque formation sera donné aux participants.
Des modules avancés seront organisés dans un second temps en fonction des demandes.

Liste des logiciels d'analyse de données (en cours de réalisation)


Logiciels Version Logo Fonctions
 Acapella     2.0  
 Axiovision OffLine    
Bio Station IM offline 2.0 (free)   Visualisation et exportation des images time lapse provenant de la Biostation
Definiens  6.0  
Huygens Pro       Déconvolution (Description du logiciel)
 Igor Pro         4.09       
 ImageJ                1.42 (free)   Description et téléchargement de ce logiciel
 
Imaris                 
 5.5.3  3D et 4D visualisation, colocalisation.
Living Image                  3.1 Outils d’analyse pour des images en bioluminescence.
 LSM510  3.5.0 Projection 3D, rotation 3D, analyse quantitative des signaux de fluorescence, colocalisation et orthogonalité.
 Metamorph  7.1 3D Déconvolution, 3D reconstruction, comptage de cellules, morphométrie…