PF Bioanalyse Génomiques (PFBaG)


La plate-forme 4 (PF4) - Intégration et Analyse Génomiques - est une composante de Pasteur Genopole® Île-de France, qui destine la majeure partie de ses ressources à l’étude des maladies infectieuses.

PF4 exerce une activité en bioinformatique dédiée à la production, l’organisation, et l’analyse des informations issues des génomes de micro-organismes pathogènes et de génomes modèles.

Cette activité comporte plusieurs facettes :
  • assemblage, annotation et  ré-annotation de génomes ;
  • construction de bases de données spécialisées ;
  • études fondamentales sur les propriétés des génomes.

Activité

L’intitulé « Intégration et Analyse Génomiques » met en exergue les deux axes majeurs de notre activité : l’analyse des informations génomiques afin d’en extraire des données biologiquement pertinentes, et l’intégration de l’ensemble de ces informations et des données fonctionnelles expérimentales, afin de fournir un support adéquat pour les phases suivantes d’analyse, enrichissant ainsi de nouveau les données au travers d’un cycle continu.

La liste des projets développés est disponible sur la page « Thèmes et Projets ».
Les logiciels et bases de données résultants sont présentés sur la page « Logiciels et Bases de données ».

Fonctionnement

Le fonctionnement de la plate-forme s’appuie sur un Comité de Plate-Forme et sur le Comité Stratégique de Pasteur Genopole® Île-de France, qui étudient notamment les demandes de projets soumis dans le cadre d’un appel à propositions permanent.

Nos travaux sont menés en relation avec les autres plates-formes de Pasteur Genopole® Île-de France, au travers de collaborations avec les unités de l’Institut Pasteur et divers laboratoires extérieurs. Ces collaborations sont généralement concrétisées par la participation de la plate-forme aux publications résultantes.

La plate-forme ne réalise que peu de prestations de service. La plupart de nos activités correspondent à des projets collaboratifs avec des unités de recherche, et à des développements propres à la plate-forme.

Liaison avec le groupe Logiciels et Banques de Données

À l’Institut Pasteur, le groupe Logiciels et Banques de Données (LBD) du Pôle Informatique assure la mise à jour de banques de données biologiques utilisées par le campus et par l’extérieur, et la mise à disposition de programmes d’analyse de séquences sur son site bioweb, accessible depuis le monde entier.
Le Pôle Informatique prend également en charge la majorité des cours d’Informatique et de Bioinformatique délivrés sur le campus de l’Institut Pasteur, activités d’enseignement auxquelles PF4 participe également.

En raison de la complémentarité des activités de PF4 et du groupe LBD, ces deux structures se sont coordonnées pour obtenir le label « plate-forme opérationnelle » du GIS IBiSA (anciennement Comité RIO – Réunion Inter-Organismes).

PF4 et LBD sont rattachés au département « Génomes et Génétique » de l’Institut Pasteur.
Dernière mise à jour : 8 avril 2010
Commentaires : ivan.moszer@pasteur.fr