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Bio-informatique, Bio-statistique et bases de données


La plate-forme met à disposition des logiciels d’analyse de données de génotypage, peut contribuer à des développements d’outils bioinformatiques et statistiques, et maintient des bases de données permettant la coordination internationale sur la nomenclature des génotypes bactériens, ainsi que des enzymes responsables de résistances aux antibiotiques.

Expertise pour l'analyse de données

La plate-forme propose :
  • Un appui bio-statistique : design des expériences, traitement et analyse des données, tests d’hypothèses, ….
  • Un appui bioinformatique : dessin d’oligonucléotides, utilisation de logiciels, …
  • Des outils de bioinformatique peuvent être développés à la plate-forme en fonction des besoins des différents projets collaboratifs. Pour les développements importants, une collaboration avec des groupes d’informatique/bioinformatique est possible.
  • Une expertise scientifique dans les domaines de la génétique des populations, de la phylogénie et de l’évolution des agents infectieux.
Pour solliciter ce type d'expertise, merci de remplir le formulaire de l'appel à projets.

Outils d'analyse

La plate-forme fournit un accès aux logiciels suivants :


BioNumerics v6.6 (Applied-Maths, Belgique) qui permet de stocker et d’analyser différents types de données de caractérisation génétique des pathogènes (séquences, profils de bandes, données biochimiques, spoligotyping, matrices de distances, …), utile en particulier pour la surveillance et la microévolution des agents pathogènes.

 


GeneMapper® v4.0 (Applied Biosystems, USA) qui permet l’analyse de taille de fragments d’ADN. Il est utilisé pour l’analyse de micro- ou mini-satellites pour le typage ou les études de génétique des populations chez les bactéries, champignons et insectes vecteurs.

                  


Bases de données MLST

Le typage par l’approche Multilocus Sequence Typing (MLST, ou séquençotypage multilocus) est une méthode de référence pour déterminer la structure génétique des populations bactériennes et le suivi épidémiologique international des clones émergents. Notre plate-forme joue le rôle de curateur et/ou fournit un accès à des bases de données MLST pour de nombreuses espèces pathogènes dont Klebsiella pneumoniae, Listeria monocytogenes et Acinetobacter baumannii.

Accés aux bases de données MLST

MLVA-NET : un système standardisé pour le typage MLVA-VNTR

MLVA-NET est un système flexible destiné à accueillir les données de type MLVA-VNTR (minisatellite/microsatellite) pour des microorganismes haploïdes. Sur le modèle des sites MLST, ce système développé à la plate-forme permet une standardisation internationale et un langage commun pour les génotypes MLVA.

Bases de données CRISPR

Les marqueurs CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) présents dans de nombreux génomes bactériens permettent le typage des souches dans certaines espèces bactériennes dont les salmonelles et les légionelles.

Variants des beta-lactamases LEN, OKP et OXY

Les béta-lactamases contribuent de façon significative à la résistance des bactéries aux antibiotiques de la famille des béta-lactamines (pénicillines, céphalosporines, ...). La caractérisation précise de ces enzymes est utile pour adapter le traitement et pour le suivi épidémiologique des souches résistantes. Notre plate-forme a en charge la standardisation internationale de la nomenclature des enzymes des types LEN, OKP et OXY.

Accès aux bases de données LEN, OKP et OXY