Génotypage des Pathogènes et Santé Publique


La plate-forme Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (PF8) fournit un accès aux technologies de génotypage et de génomique pour la caractérisation moléculaire des microorganismes pathogènes d’importance en Santé Publique.
 

La plate-forme est une des plate-formes de la Génopole de l’Institut Pasteur et fait partie du Département Infection et Epidémiologie de l’Institut Pasteur. Elle est soutenue financièrement par l’Institut Pasteur et l’Institut de Veille Sanitaire (InVS).

Missions

La mission de la plate-forme Génotypage des Pathogènes et Santé Publique est de fournir un appui scientifique et technique aux laboratoires français de surveillance ou d’expertise microbiologique dans les domaines des maladies infectieuses, et notamment dans l’aide à l’identification, à la caractérisation moléculaire et au typage moléculaire des agents pathogènes.

Les laboratoires destinataires de la plate-forme incluent en particulier les Centres Nationaux de Référence français, les Centres Collaborateurs de l’Organisation Mondiale de la Santé, d’autres laboratoires (microbiologie médicale hospitalière par exemple) et la Cellule d’Intervention Biologique  d’Urgence de l’Institut Pasteur.

Axes d’activités de la plate-forme

Les activités de la plate-forme sont organisées autour de trois axes :

1. Un service de séquençage et de génotypage réactif, dédié à la surveillance des agents pathogènes et adapté à l’urgence microbiologique.

2. Des projets de recherche collaboratifs dans le domaine de la découverte, de la génomique et de l’épidémiologie moléculaire des agents pathogènes.

3. Une recherche en biodiversité des bactéries pathogènes émergentes

Types d’activités

1. Production de données (technologie Sanger et analyse de fragments en capillaires ; séquençage Illumina ; puces à ADN de reséquençage, …)

2. Aide à l’analyse et à l’interprétation des données, de la conception à la publication des résultats, incluant des activités de bio-informatique et bio-statistique pour l’analyse des données et l’échange international des données de génotypage de type MLST , MLVA ou CRISPR .

3. Des formations sont organisées et/ou assurées régulièrement par les membres de la plate-forme

Assurance qualité

La plate-forme est engagée dans une démarche d’assurance qualité. Notre équipement est contrôlé par le service de métrologie de l’Institut Pasteur, et la traçabilité des données de séquençage produites est assurée.