Thèmes et Projets


Les activités de PF4 s’articulent autour de trois axes principaux, en faisant appel à une combinaison entre problématiques et connaissances biologiques d’une part, et méthodologies informatiques et statistiques d’autre part :
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  • assemblage, annotation et ré-annotation de génomes microbiens (développement d'outils, veille technologique, formation aux unités, production de données) ;
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  • développement logiciel de bases de données génomiques spécialisées intégrées (conception et implémentation) ;
  • analyse in silico de données génomiques (comparaison de génomes, biodiversité, données transcriptomiques, métabolisme bactérien, etc.), et études de <a href
L’objectif directeur sous-jacent réside dans la mise en place d’un environnement intégré pour l’exploration de la fonction et de l’évolution des génomes microbiens.

Ainsi, les bases de données agissent comme un carrefour de l’information, où se rencontrent des données de qualité organisées selon des schémas adéquats, et des outils d’interrogation et d’analyse pertinents, accessibles depuis des interfaces utilisateur conçues en premier lieu pour répondre aux besoins des biologistes.
Cela doit permettre à l’ensemble de tenir un rôle d’aide à la découverte de connaissances, au travers d’interactions homme-machine et de représentations visuelles judicieusement élaborées.

Les projets sont généralement définis dans le cadre de collaborations, établies en réponse à l’appel à propositions ouvert en permanence, dont les demandes sont examinées par le Comité de Plate-Forme.

Ponctuellement, PF4 peut fournir une activité de service : elle accueille et conseille les scientifiques ayant des problèmes liés à l’analyse de données génomiques, et leur propose le cas échéant des mini-projets communs.

Il est également possible de consulter nos rapports d’activité de l’Institut Pasteur : 2007 et années précédentes.

Projets en cours

  • Développement d'un logiciel d'aide aux étapes de finition et à l'annotation de contigs pour les projets « shotgun », <a href
  • Assemblage, annotation, et analyse de génomes de levures hémiascomycètes (programmes Génolevures) (L. Frangeul) : coll. Unité de Génétique Moléculaire des Levures (IP), B. Dujon - PF1 Génomique (IP), C. Bouchier [<a href
  • Assemblage et annotation du génome de Microcystis aeruginosa (L. Frangeul) : coll. Unité des Cyanobactéries (IP), N. Tandeau de Marsac - PF1 Génomique (IP), C. Bouchier [<a href
  • Annotation du génome de Leptospira biflexa (C. Boursaux-Eude) : coll. Unité de Biologie des Spirochètes (IP), M. Picardeau - Atelier de Génomique Comparative (Génoscope), C. Médigue [<a href
  • Annotation de génomes de Helicobacter pylori (C. Boursaux-Eude) : coll. Unité de Pathogénie Bactérienne des Muqueuses (IP), A. Labigne - Atelier de Génomique Comparative (Génoscope), C. Médigue
  • Ré-annotation du génome de Bacillus subtilis et reconstruction métabolique (G. Meurice, I. Moszer) : coll. Unité de Génétique des Génomes Bactériens (IP), A. Danchin - Unité de Mathématique, Informatique et Génome (INRA), V. Fromion - Atelier de Génomique Comparative (Génoscope), C. Médigue
  • Ré-annotation du génome de Clostridium difficile (C. Boursaux-Eude) : coll. Unité des Toxines et Pathogénie Bactérienne (IP), B. Dupuy - Atelier de Génomique Comparative (Génoscope), C. Médigue
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  • Développement d'un environnement intégré d'analyse des génomes microbiens, <a href
  • Mise en place d'une base de données génomique sur Candida albicans et levures apparentées, CandidaDB (P. Lechat, I. Moszer) : coll. Unité de Biologie et Pathogénicité Fongiques (IP), C. d'Enfert [<a href
  • Développement d'un environnement intégré d'analyse de données de transcriptome, <a href
  • Mise en place d'une base de données transcriptomiques sur Yersinia pestis et Yersinia pseudotuberculosis (S. Rousseau) : coll. Unité des Yersinia (IP), S. Chauvaux - PF2 Puces à ADN (IP), J.-Y. Coppée
  • Mise en place d'une base de données transcriptomiques sur Entamoeba histolytica (S. Rousseau) : coll. Unité de Biologie Cellulaire du Parasitisme (IP), N. Guillen - PF2 Puces à ADN (IP), J.-Y. Coppée [<a href
  • Mise en place d'une base de données transcriptomiques sur Legionella pneumophila (S. Rousseau) : coll. postulante Unité de Biologie des Bactéries Intracellulaires (IP), C. Buchrieser
  • Mise en place d'une base de données transcriptomiques sur Listeria monocytogenes (S. Rousseau) : coll. Unité postulante de Biologie des Bactéries Intracellulaires (IP), C. Buchrieser
  • Mise en place d'une base de données transcriptomiques sur Bordertella bronchiseptica (S. Rousseau) : coll. Unité de Prévention et Thérapie Moléculaires des Maladies Humaines (IP), S. Guillot - PF8 Génotypage des Pathogènes et Santé Publique, G. Guigon
  • Mise en place d'une base de données transcriptomiques sur Streptococcus agalactiae (S. Rousseau) : coll. Unité de Génomique des Microorganismes Pathogènes (IP), M. Brochet
  • Mise en place d'une base de données transcriptomiques sur Clostridium difficile (S. Rousseau) : coll. Unité des Toxines et Pathogénie Bactérienne (IP), B. Dupuy
  • Mise en place d'une base de données de génétique humaine pour l'étude des polymorphismes chez des malades de la dengue ou du paludisme (S. Rousseau) : coll. Laboratoire de Génétique de la Réponse aux Infections chez l'Homme (IP), H. Blanc
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  • Développement de stratégies phylogénétiques pour la détection des transferts de gènes entre espèces proches, PhyTTT (C. Dauga, Y. Radondy) : projet propre PF4
  • Développement d'un outil de génomique comparative pour l'analyse fonctionnelle et évolutive de grandes familles de gènes, PhyloClust (C. Dauga, P. Dehoux, E. Hirchaud) : projet propre PF4
  • Étude de la transmission de souches d'Helicobacter pylori par « clustering » phylogénétique pour l'analyse de « macroarrays » (C. Dauga) : coll. Unité de Pathogénie Bactérienne des Muqueuses (IP), A. Labigne - Unité postulante de Pathogénèse de Helicobacter (IP), H. de Reuse - IP de Dakar (coll. IP Nouvelle Calédonie & IP Cambodge), S. Suerbaum - Service de Bactériologie (Hôpital Cochin), J. Raymond [<a href
  • Étude phylogénétique de la famille des protéases à Sérine d'Anopheles gambiae (P. Dehoux, C. Dauga, E. Hirchaud) : coll. Unité de Biochimie et Biologie Moléculaire des Insectes (IP), K. Eiglmeyer, I. Holm, C. Roth
  • Prédiction de fonctions et caractéristiques évolutives des gènes impliqués dans le système immunitaire des moustiques vecteurs de la Fièvre de la vallée du Rift et du chikungunya  (C. Dauga, P. Dehoux, E. Hirchaud) : coll. Unité de Génétique Moléculaire des Bunyaviridés (IP), E. Martin, A.-B. Failloux
  • Génomique comparative de nouvelles familles de protéines chez les Chlamydiaceae (P. Dehoux, C. Dauga - PTR 264) : coll. Unité de Biologie des Interactions Cellulaires (IP), A. Subtil - Unité de Génétique Moléculaire des Levures (IP), F. Tekaia - Unité de Bioinformatique Structurale (IP), P.L. Chau [<a href
  • Distribution et évolution des halogénases de 2 clusters NRPS du génome de Microcystis (Cyanobacteria) (C. Dauga) : coll. Unité des Cyanobactéries (IP), S. Cadel, N. Tandeau de Marsac
  • Recherche de l'origine biogéographique de Taenia solium, agent de la cysticercose à Madagascar (C. Dauga) : coll. Unité Cysticercose (IP Madagascar), J.-F. Carod - Service des maladies infectieuses, parasitaires et tropicales (Groupe Pitié-Salpêtrière), L. Michelet, F. Gay
  • Biodiversité, phylogéographie et dynamique évolutive des moustiques vecteurs de deux arboviroses émergentes, Fièvre de la vallée du Rift et chikungunya (C. Dauga - ACIP 41163 et ACIP A25/2006) : coll. Unité de Génétique Moléculaire des Bunyaviridés (IP), A.-B. Failloux - Instituts Pasteur du Réseau (Tunisie, Sénégal, Cameroun, Madagascar)
  • Analyse du mode évolutif des gènes de résistance aux agents infectieux de Phaseolus vulgaris (génotypes andin et mésoaméricain) (C. Dauga) : coll. Institut de Biotechnologie des Plantes (INRA, Université Paris Sud), V. Geffroy
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  • Développement de pipelines d'analyse des séquences protéiques (P. Dehoux, C. Dauga) : projet propre PF4
  • Développement d'un outil de visualisation de résultats de BLAST par classification hiérarchique (R. Cahuzac, L. Frangeul) : projet propre PF4
  • Développement d'une visualisation graphique interactive de données de typage microbiennes par minisatellite/microsatellite (outil pour la base de données <a href
  • Analyse de deux plasmides de résistance aux antibiotiques isolés de Yersinia pathogènes (L. Frangeul, P. Dehoux) : coll. Unité des Yersinia (IP), E. Carniel
  • Identification des bases moléculaires et cellulaires du rhinosclérome, une maladie rare causée par Klebsiella rhinoscleromatis (L. Frangeul) : coll. PF8 Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (IP), S. Brisse - Unité de Pathogénie Microbienne Moléculaire (IP), R. Tournebize

Projets termin&eacute;s

  • Détermination de la séquence d'amorces nucléotidiques spécifiques de sept souches de Staphylococcus aureus (L. Frangeul) : coll. Unité des Staphylocoques (IP), N. El Solh [<a href
  • Annotation de 14 000 gènes de Candida albicans (L. Frangeul) : coll. Unité de Biologie et Pathogénicité Fongiques (IP), C. d'Enfert [<a href
  • Détermination de la séquence d'amorces nucléotidiques spécifiques pour Bordetella pertussis (L. Frangeul) : coll. Institut Pasteur de Lille, C. Locht
  • Évaluation du logiciel Genostar (C. Boursaux-Eude) : projet propre PF4
  • Ré-annotation de génomes d'Helicobacter pylori (I. Moszer) : coll. Unité de Pathogénie Bactérienne des Muqueuses (IP), I.G. Boneca [<a href
  • Annotation et ré-annotation de génomes mycobactériens (J.-C. Camus, M. Pryor, D. Simon, G. Meurice) : coll. Unité de Génétique Moléculaire Bactérienne (IP), S. Cole [<a href
  • Annotation du génome d'Anopheles gambiae (P. Dehoux) : coll. Unité de Biochimie et Biologie Moléculaire des Insectes (IP), C. Roth [<a href
  • Reconstruction métabolique des génomes de mycobactéries (D. Simon) : projet propre PF4 - coll. Unité de Génétique Moléculaire Bactérienne (IP), S. Cole
  • Mise en place d'une base de données transcriptomiques sur Plasmodium falciparum (S. Moreira) : coll. Unité d'Immunologie Moléculaire des Parasites (IP), P. David - PF2 Puces à ADN (IP), J.-Y. Coppée
  • Mise en place d'une base de données transcriptomiques sur Bacillus anthracis (S. Moreira) : coll. Unité des Toxines et Pathogénie Bactérienne (IP), O. Mary-Possot - PF2 Puces à ADN (IP), J.-Y. Coppée
  • Développement d'une base de données pour la biodiversité génotypique de souches parasitaires (S. Moreira) : projet propre PF4 - coll. Institut Pasteur Dakar, R. Jambou
  • Analyse des protéines sécrétées chez Anopheles gambiae (P. Dehoux) : projet propre PF4 - coll. Unité de Biochimie et Biologie Moléculaire des Insectes (IP), C. Roth [<a href
  • Reconstitution de l'histoire évolutive des amidases d'Helicobacter pylori (C. Dauga) : coll. Unité de Pathogénie Bactérienne des Muqueuses (IP), H. de Reuse [<a href
  • Étude phylogénétique de deux gènes hypervariables pour le suivi de la transmission familiale de souches d'Helicobacter pylori (C. Dauga) : coll. Unité de Pathogénie Bactérienne des Muqueuses (IP), A. Labigne - Hôpital Saint Vincent de Paul, J. Raymond [<a href
  • Détermination de l'origine biogéographique d'une nouvelle population de vipères (C. Dauga) : coll. Unité Insectes et Maladies Infectieuses (IP), A.-B. Failloux [<a href
  • Phylogéographie des moustiques vecteurs du virus de la dengue (C. Dauga) : coll. Unité de Génétique Moléculaire des Bunyaviridés (IP), A.-B. Failloux [<a href
  • Systématique évolutive de souches d'Enterobacter sakazakii isolées d'infections nosocomiales chez les nouveaux-nés (C. Dauga) : coll. Université d'Édimbourg, S. Forsythe [Dauga & Breeuwer, 2008]
  • Identification phylogénétique de bactéries non cultivables : découverte de 2 nouvelles divisions bactériennes, WWE1 et WWE3 (C. Dauga) : coll. Génoscope, J. Weissenbach - Université d'Évry, A. Sghir [<a href
  • Identification phylogénétique de Cloacibacillus evryensis, une nouvelle bactérie de la division des Synergistes (C. Dauga) : coll. Génoscope - Université d'Évry, A. Sghir [Ganesan et al., in press]
  • Métagénomique du tube digestif dans la maladie de Crohn (L. Frangeul) : coll. Unité d'Écologie et de Physiologie du Système Digestif (INRA), J. Doré [<a href
  • Biodiversité génomique du virus chikungunya (L. Frangeul) : coll. PF8 Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (IP), S. Brisse [<a href
Dernière mise à jour : 8 avril 2010
Commentaires : ivan.moszer@pasteur.fr