Planning des réunions PF4
Horaire : lundi 11h (sauf cas particulier signalé dans le tableau ci-dessous)
Lieu : salle de réunion au RdC du bâtiment Genopole (sauf cas particulier signalé dans le tableau ci-dessous)
Lieu : salle de réunion au RdC du bâtiment Genopole (sauf cas particulier signalé dans le tableau ci-dessous)
| Orateur |
Équipe | Date | Titre / Résumé | URL |
| Ivan Moszer | PF4 | 15 sep 2008 | Réunion interne | |
| -/- | -/- | 22 sep 2008 | Journées départementales "Génomes et Génétique" | |
| Sandrine Rousseau | PF4 | 29 sep 2008 | GenoScript : la version 3. Avant mon absence de quelques mois, je ferai le bilan des développements intervenus sur l’application GenoScript depuis un peu plus de 6 mois. Ces développements ont consisté en une refonte complète de l’application depuis le schéma conceptuel de la base jusqu’aux interfaces de l’application. La décision de re-penser l’application a été prise principalement afin de s’adapter aux nouvelles technologies dans le domaine des puces à ADN. Je détaillerai donc les différentes étapes de ces développements, les contraintes fonctionnelles et techniques et les choix que nous avons faits. Enfin, je vous présenterai une version "alpha" de GenoScript version 3. |
GenoScript |
| -/- | -/- | 6 oct 2008 | Évaluation "Génomes et Génétique" | |
| Romain Cahuzac | PF4 | 13 oct 2008 | Visualisation web de données de génotypage MLVA par l’utilisation de l’API Flare : L’objectif de ce projet est de développer une application permettant la visualisation web de données de génotypage MLVA (arbres et informations associées) et en particulier la visualisation par Minimum Spanning Tree, générées par la plate-forme PF8. Cette application est basée sur la technologie Flex et l’API ActionScript du projet Flare*.* Le projet Flare est une librairie ActionScript pour créer des visualisations lancées par le player Adobe Flash. Du graphique de base à la représentation complexe de graphes, cette boîte à outils permet également de réaliser des animations. Le plus important est que ce projet permet au développeur de créer des techniques de visualisation "à façon" de haut niveau sans avoir à réinventer la roue. |
Page wiki du projet Page de test |
| Guillaume Meurice | PF4 | 17 nov 2008 | Ré-annotation et reconstruction métabolique de Bacillus subtilis | SubtiliCyc |
| Christophe Rusniok | BBI | 1er déc 2008 | Activités... | |
| Sophie Creno | PF1 | 5 déc 2008 | Présentation Solexa - Séminaire départemental salle BCG à 14h !! |
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| Lionel Frangeul | PF4 | 8 déc 2008 | BlastFamily, Microcystis... | |
| Édouard Hirchaud | PF4 | 15 déc 2008 | PhyloClust... | |
| Catherine Dauga | PF4 | 5 jan 2009 | Phylogénie... | |
| Pierre Lechat | PF4 | 12 jan 2009 | GenoList (intégration Genome Reviews) | |
| Caroline Boursaux-Eude | PF4 | 19 jan 2009 | Annotation / ré-annotation (H. pylori, C. difficile) |
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| Pierre Dehoux | PF4 | 26 jan 2009 | Chlamidiae... |
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| Jessica Torrent | PF4 | 9 mars 2009 | GenoList (calcul et requêtes FindTarget, sélection d’organismes) |
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| Pierre Ventadour | PF4 | 16 mars 2009 | La version 3 de GenoScript. Je présenterai l’ensemble des travaux qui ont été réalisés sur la nouvelle version de GenoScript depuis le départ de Sandrine : les nouveaux outils et les nouvelles parties de l’application. Je parlerai également des collaborations qui ont eu lieu avec les utilisateurs durant mon CDD. Enfin, je ferai une démonstration de la version Béta actuellement en ligne de GenoScript. | |
| Ivan Moszer | PF4 | 30 mars 2009 | Réunion interne PF4 |
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| Véronique Hourdel | PF3 | 27 avr 2009 | ||
| Stéphane Descorps-Declère | PF4 | 4 mai 2009 | Travaux antérieurs (architecture blackboard pour l’annotation, intégration et visualisation de données génomiques) | |
| Bernd Jagla |
PF2 | 18 mai 2009 | geWorkbench | |
| Lionel Frangeul | PF4 | 2 juin 2009 (mardi !) |
Point NGS |
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| -/- | -/- | 8 juin 2009 | JOBIM | |
| JOBIMers | 15 juin 2009 | Retour JOBIM |
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| Édouard Hirchaud + Kirsley Chennen | PF4 | 29 juin 2009 | ||