Recherche / Plates-formes technologiques / Genopole / Plates-formes / PF2 - Transcriptome et Epigénome / Thèmes et Applications
Applications
- Analyse de l’expression des gènes chez les procaryotes et eucaryotes inférieurs
- Analyse des transcriptomes murins ou humains avec la technologie Affymetrix (notamment quand les quantités d’ARN disponibles sont faibles)
- Etudes comparatives du génome et typage (CGH ou Comparative Genomic Hybridization)
- Etude des miRNA, petits ARN régulateurs impliqués dans les phénomènes de différenciation et le développement
Le séquençage à haut débit a également ouvert la voie à de nouvelles applications que nous ne développions pas précédemment :
- Annotation complète du transcriptome (RNA-seq : identification des sites d’initiation de la transcription, de nouveaux transcrits...)
- Etude des interactions ADN – protéines (ChIP-Seq : identification de sites de fixation de facteurs de régulation, des effets de modification d’histones...)
- Etude des profils de méthylation (MedIP-Seq)
Thématiques
Pour illustrer ce qu'il est possible de réaliser grâce aux outils de PF2, voici une liste non exhaustive des axes de recherche sur lesquels portent les projets de la plate-forme
- Etude des factures de virulence
- Etude des interactions hôte-pathogène et réponse de l'hôte à l'infection
- Etude de l'effet despressions environnementales (stress, pression immune, pression médicamenteuse...) sur le pathogène
- Comparaison de transcriptomes inter-espèces
- Identification des cibles de régulateurs (virulence, motilité..)
- Biologie du développement
- Neurosciences
- ...
La technologie utilisée pour votre projet sera choisie au cas par cas, en fonction d'éléments variés (budget, quantité d'ARN disponible, type d'organisme, application...).
