Technologies
Séquençage à très haut débit (Illumina)
Cet appareil a était optimisé en 2009, puis remplacé par un HiSeq 2000, en octobre 2010.
Installé à la Plate-forme de séquençage (PF1), il est utilisé conjointement par PF1, par la plate-forme Puces à ADN ( PF2) et par la plate-forme de Génotypage et Santé publique (PF8).
Schématiquement cet appareil permet de déterminer 100 000 000 de séquences de 50 à 100 bases par échantillon en quelques jours.
Illumina prévoit une amélioration expérimentale (chimie plus performante, augmentation de la surface des supports de séquençage) et logicielle (optimisation de l'analyse d'images, réduction de la taille des fichiers de données...) qui devrait porter le nombre de lectures à 3 milliards de lectures par expérience (exemple: un run de 100 cycles qui produit 3 milliards de séquences permet de séquencer de fait 300 Gigabases, soit 100 000 genomes de Listeria ou 100 génomes humains!).
Chaque run correspond à 8 expériences indépendantes.
Cet appareil permet le reséquençage et le comptage des molécules d’acides nucléiques.
En fonction de la question biologique posée, différentes options sont proposées : le séquençage peut être directionnel ou non, centré sur les sites d’initiation de la transcription ou sur l’entièreté des transcrits, la longueur des lectures peut être de 50 ou 100 bases en single reads ou en paired ends, les échantillons peuvent être multiplexés.
Affymetrix
Genechip® Expression arrays
4 types de Genechip sont proposés par la platefrome Affymetrix pour une analyse transcriptionnelle :
- Puces 3' Expression
Sur ces Genechip Affymetrix, chaque transcrit est interrogé par un jeu de 11 à 16 paires d'oligonucléotides distincts. Les oligonucléotides d'une longueur de 25-mer sont dirigés préférentiellement contre la région 3' des ARN messagers, proche de la queue polyA.
Les Genechip 3' ne sont plus proposées aux collaborateurs si une Genechip WT existe pour votre étude.
- Puces WT (Whole Transcript) Gene ST
Les Genechip Gene ST (version 1.0 ou 2.0) interrogent les transcripts les mieux annotés d'un génome.
Sur ces Genechip, chaque gène est représenté par environ 25 oligonucléotides dirigés contre les exons et répartis sur toute la longueur du gène.
- Genchip WT Exon ST
Sur ces Genechip, chaque exon d'un gène est représenté par environ 4 sondes.
Le contenu de ces Genechip permet l'analyse différentielle d'expression des gènes et la recherche de splicing alternatif.
PF2 dispose d'un scanner GeneChip pour la lecture des puces Exon à très haute densité. Nous prenons en charge l'ensemble des étapes depuis la préparation des sondes jusqu'à l'analyse des données d'expression.
L'équipement permet de réaliser 24 hybridation par jour.
- miRNA Genechip
Les Genechip miRNA sont en constante évolution. Veuillez contacter la plateforme pour obtenir les dernières innovations Affymetrix
Genechip miRNA (plus disponible)
Genechip miRNA 2.0
Genechip miRNA 3.0
