Séquençage à très haut débit (Illumina)

La Génopole est actuellement équipée de 3 séquenceurs Illumina: 1 HiSeq2000, 1 HiSeq2500 et un MiSeq.
Les deux HiSeq sont couplés à une machine cBot (Illumina) pour la préparation des lames support du séquençage (flowcell).

Ces appareils permettent de réaliser des expériences de séquençage à des débits et des temps différents, permettant de répondre aux différents projets avec une plus grande souplesse selon leurs besoins.


Spécifications des séquenceurs Illumina

Appareil Nombre de canaux Nombre de lectures / canal Type de run Longueur des lectures (bases) Coût approx. SR50 (€) Coût approx. PE100 (€) Durée d'un run SR50 Durée d'un run
PE100
HiSeq2000 8 150 M SR/PE 50-100 625  1439  2,5 j 12 j 
 HiSeq2500  2 (Rapid) 120-150 M   SR/PE 50-108   656 1304   8 h 27 h 
 HiSeq2500  8  250 M  SR/PE 50-108  625 1583   2,5 j 11 j 
 MiSeq  1  15-25 M  SR/PE 50-250  550  780 5 h  39 h 

Les coûts correspondent au séquençage seul et n'incluent pas la construction des librairies.
Ils n'incluent pas non plus le contrôle qualité des différentes étapes.

SR: Single Read mode = séquençage d'une seule des extrémités du fragment d'intérêt
PE: Paired-ends mode = séquençage des 2 extrémités 
du fragment d'intérêt 
50-100: nombre de cycles du run = nombre de bases lues par séquence (ou read)

Installés à la Plate-forme de séquençage (PF1) ou la plate-forme de Transcritptome et Epigénome (PF2), ces appareils sont utilisés conjointement par l'ensemble des plate-formes de la Génopole. 

         Genome analyser Solexa                    


   La plate forme peut prendre en charge le contrôle qualité des acides nucléiques, la construction des librairies et le séquençage.
Différentes options techniques sont proposées aux utilisateurs.

Pour le RNA seq, le séquençage peut être réalisé sur le transcriptome complet (codant et non codant) ou sur des populations ciblées (polyA, small RNAs...); il peut couvrir toute la longueur des transcrits ou être centré sur les sites d'initiation de la transcription... Pour le RNAseq et le ChIPseq, différents kits ont été validés à la plate-forme. Leurs spécificités sont décrites ici.

Pour le ChIPseq, la plate-forme fournit aux utilisateurs les données de séquençage brutes. Pour le RNAseq, elle peut prendre en charge les analyses bioinformatiques (contrôle qualité de séquences, mapping sur génomes de référence et comptage des séquences...) et statistiques (normalisation, analyse différentielle) des données.