PROTOCOLES

        •Utilisation du Spectramax
        •Utilisation du Nanodrop
        •Spécificités des cyanines
        •Spécificité des puces Nano et Pico pour Bioanalyseur Agilent
        •Protocole d'accès au système de réservation en ligne des appareils de la plate-forme

Le choix du protocole d’extraction des ARN dépend de plusieurs facteurs et, en premier lieu, de l’organisme étudié, de sa structure, de sa paroi... Il dépend aussi des expériences à réaliser.
Pour les microarrays, le traitement à la DNAse n’est pas obligatoire à condition que le protocole utilisé comporte un traitement au Trizol et qu’une importante marge de sécurité soit prise au moment des prélèvements de phases supérieures aqueuses. Contactez la plate-forme pour plus de précisions.

Le nouveau logiciel, 2100 Expert, intègre le calcul automatique du RNA Integrity Number (RIN), mesure objective -valeurs comprises entre 1 et 10- de la qualité des ARN. Pour les expériences de microarrays, il est conseillé d’utiliser des ARN pour lesquels le R.I.N. est supérieur ou égal à 7.

> Les cyanines

Les cyanines

	Cyanine 3	Cyanine 5
Structure
Longueur d’onde d’excitation	550 nm	650 nm
Longueur d’onde d’émission	568 nm	668 nm
Coefficient d’extinction molaire	150 000 M-1 cm-1	250 000 M-1 cm-1
Solution	rose	bleue
Couleur conventionnelle sur microarray	vert	rouge

 

> Spécificités des puces Nano et Pico du Bioanalyseur Agilent

Puces Nano et Pico

	RNA 6000Nano RNA	RNA 6000Nano mRNA	RNA 6000 Pico total RNA	RNA 6000 Pico mRNA
Analytical Spécifications
Quantitative range	25-500 ng/µL	25-500 ng/µL
Qualitative range	5-500 ng/µL	25-500 ng/µL	50-5000 pg/µL in water	250-5000 pg/µL in water
Sensitivity (S/N>3)	5pg/µL in water	25pg/µL in water	50 pg/µL in water 200 pg/µL in TE	250 pg/µL in water  500 pg/µL in TE
Quantitation reproducibility	10% CV (within a chip)	10% CV (within a chip)	20% CV (within a chip)	20% CV (within a chip)
Quantitation accuracy	20% CV*	20% CV*	30% CV*	30% CV*
Maximum sample buffer strength	100 mM Tris, 0.1 mM EDTA or 125 mM NaCl or 15 mM MgCl2	100 mM Tris, 0.1 mM EDTA or 125 mM NaCl or 15 mM MgCl2	50 mM Tris, 0.1 mM EDTA or 50 mM NaCl or 15 mM MgCl2	50 mM Tris, 0.1 mM EDTA or 50 mM NaCl or 15 mM MgCl2
Physical Specifications
Analysis Time	13 minutes	30 minutes	30 minutes	30 minutes
Samples per chip	12	12	11	11
Sample volume	1µL	1µL	1µL	1µL
Kit stability	≥ 4 months at 4°C	≥ 4 months at 4°C	≥ 4 months at 4°C	≥ 4 months at 4°C

* Determined analyzing the RNA ladder as sample