Genopole / Plates-formes / PF2 - Transcriptome et Epigénome

PROTOCOLES

        Utilisation du Spectramax
        Utilisation du Nanodrop
        Spécificités des cyanines
        Spécificité des puces Nano et Pico pour Bioanalyseur Agilent
        Protocole d'accès au système de réservation en ligne des appareils de la plate-forme

Extraction des ARNs et contrôle qualité

Le choix du protocole d’extraction des ARN dépend de plusieurs facteurs et, en premier lieu, de l’organisme étudié, de sa structure, de sa paroi... Il dépend aussi des expériences à réaliser.
Pour les microarrays, le traitement à la DNAse n’est pas obligatoire à condition que le protocole utilisé comporte un traitement au Trizol et qu’une importante marge de sécurité soit prise au moment des prélèvements de phases supérieures aqueuses. Contactez la plate-forme pour plus de précisions.
Le nouveau logiciel, 2100 Expert, intègre le calcul automatique du RNA Integrity Number (RIN), mesure objective -valeurs comprises entre 1 et 10- de la qualité des ARN. Pour les expériences de microarrays, il est conseillé d’utiliser des ARN pour lesquels le R.I.N. est supérieur ou égal à 7.
correlation_ARN-RIN

Microarrays


Compléments

> Les cyanines

Les cyanines
  Cyanine 3 Cyanine 5
Structure
Longueur d’onde d’excitation 550 nm 650 nm
Longueur d’onde d’émission 568 nm 668 nm
Coefficient d’extinction molaire 150 000 M-1 cm-1 250 000 M-1 cm-1
Solution rose bleue
Couleur conventionnelle sur microarray vert rouge
 

> Spécificités des puces Nano et Pico du Bioanalyseur Agilent


Puces Nano et Pico

RNA 6000Nano
RNA
RNA 6000Nano
mRNA
RNA 6000 Pico
total RNA
RNA 6000 Pico
mRNA
Analytical Spécifications 
Quantitative range 25-500 ng/µL
25-500 ng/µL
Qualitative range 5-500 ng/µL
25-500 ng/µL 50-5000 pg/µL in water 250-5000 pg/µL in water
Sensitivity (S/N>3) 5pg/µL in water 25pg/µL in water 50 pg/µL in water
200 pg/µL in TE
250 pg/µL in water 
500 pg/µL in TE
Quantitation reproducibility 10% CV (within a chip) 10% CV (within a chip) 20% CV (within a chip) 20% CV (within a chip)
Quantitation accuracy 20% CV* 20% CV* 30% CV* 30% CV*
Maximum sample buffer strength 100 mM Tris,
0.1 mM EDTA
or 125 mM NaCl
or 15 mM MgCl2
100 mM Tris,
0.1 mM EDTA
or 125 mM NaCl
or 15 mM MgCl2
50 mM Tris,
0.1 mM EDTA
or 50 mM NaCl
or 15 mM MgCl2
50 mM Tris,
0.1 mM EDTA
or 50 mM NaCl
or 15 mM MgCl2
Physical Specifications
Analysis Time 13 minutes 30 minutes 30 minutes 30 minutes
Samples per chip 12 12 11 11
Sample volume 1µL 1µL 1µL 1µL
Kit stability ≥ 4 months at 4°C ≥ 4 months at 4°C ≥ 4 months at 4°C ≥ 4 months at 4°C

* Determined analyzing the RNA ladder as sample