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PF2 - Transcriptome et Epigénome
La plate-forme Transcriptome et Epigénome de l’Institut Pasteur a été mise en place en 2000.
Elle a pour vocation l’étude des microorganismes modèles et des maladies infectieuses.
Dans ce dernier cas, nous nous intéressons aussi bien aux agents responsables de ces pathologies (génomique comparée et analyse du transcriptome, épigénome) qu’à la réponse de l’hôte à l’infection (analyse du transcriptome, épigénome).
Elle a pour vocation l’étude des microorganismes modèles et des maladies infectieuses.
Dans ce dernier cas, nous nous intéressons aussi bien aux agents responsables de ces pathologies (génomique comparée et analyse du transcriptome, épigénome) qu’à la réponse de l’hôte à l’infection (analyse du transcriptome, épigénome).
Actuellement, plusieurs technologies sont utilisées à la plate-forme:
- Microarrays
Des oligonucléotides sont déposés sur lames de verre et hybridées avec des cibles fluorescentes marquées aux cyanines. Jusque récemment, la plate-forme prenait en charge la fabrication de ces puces. Ces puces sont progressivement remplacées par des puces commerciales (Agilent, Nimblegen) de très bonne qualité et de coût très inférieur .
- Affymetrix
Utilisation de puces commerciales contenant des oligonucléotides courts synthétisés in situ et hybridation avec des cibles fluorescentes (phycoérythrine).
- Séquençage à très haut débit par technologie Solexa
La Génopole vient d’acquérir un séquenceur Solexa (Genome Analyser II, module Paired-ends, IPAR) qui permet l’obtention de 1-1,5 Gigabases de séquence en un run de 3 jours.
la PF2 propose la réalisation des projets d’études de l’expression des gènes (SAGE), de ChIP-seq et l’étude des petits ARNs.
la PF2 propose la réalisation des projets d’études de l’expression des gènes (SAGE), de ChIP-seq et l’étude des petits ARNs.
La plate-forme réalise des projets suite à des appels d'offre internes accessibles tout au long de l'année.
Ces projets sont réalisés sous forme de collaborations.
La plupart des projets retenus ont un cadre national ou européen. La plate-forme collabore également avec des Unités du réseau des Instituts Pasteur et des équipes non Pasteuriennes.