Coûts des expériences
Les coûts sont donnés à titre indicatif et susceptibles de modifications. Il faut également prendre en compte les spécificités de votre projet qui peuvent occasionner des variations non négligeables sur le budget global de votre projet.
Mise à jour: septembre 2012
- Coût des expériences de séquençage haut débit Illumina
- Coût des expériences Affymetrix
- Coût des contrôles qualité des ARN
Coût des expériences Solexa
Le coût moyen de chaque expérience est raisonnable: environ 800 € par échantillon en lecture simple de 50 bases (single read) ou 1500 € en lecture double de 100 bases chacune (paired-ends), ce qui, rapporté au coût à la base de séquence, revient à diviser par 100 le coût du séquençage traditionnel de type "Sanger".
Le coût de base des consommables pour la réalisation des expériences de séquençage à très haut débit réalisées via la technologie Solexa, commercialisée par la société Illumina, intègre 4 éléments:
- Coût des kits de préparation des échantillons (kit "sample") pour 8-10 échantillons, 24 à 48 échantillons en kits TruSeq
- Coût des kits d’amplification (kit "cluster") des produits fixés sur le support de séquençage (Flow cell)
- Coût des kits de séquençage ( kit "séquence" avec nombre de cycles de 50 ou 100 au choix)
- Type de run: lecture simple dite single read (SR) ou lecture par paires appariées dite paired-ends (PE), multiplexage ou non
Pour une expérience sur 8 échantillons, il faut au minimum 1 kit "sample", un kit "cluster" et un kit "séquence".
Au coût de base, il faut prévoir un surcoût variable selon que l’unité demandeuse fait partie de l’Institut Pasteur ou non.
Dans tous les cas, des devis "à façon" seront effectués avant le démarrage de votre projet.
| Prix par échantillon | ||||||
| Prix (euros) |
SR50 | SR100 | PE50 | PE100 | ||
| Génomique ou ADN-ChIP | 707 € | 889 € | 1137 € |
1501 € |
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| miRNA | 763 € | / | / | / | ||
| mRNA standard | 744 € | 926 € | 1166 € | 1530 € | ||
| mRNA directionnel | 782 € | 964 € | / | / | ||
| Identification sites d'initiation | 945 € | 1151 € | / | / | ||
* Le taux de conversion utilisé par Illumina est actuellement ( mai 2012) de 1, 24 $ pour 1 €.
Il est indispensable d’utiliser les 8 canaux de la Flow Cell à chaque expérience, sachant qu’un canal est en principe dédié à un contrôle technique indispensable (qualité de la séquence, focus).
Une Flow Cell partiellement remplie occasionne des surcoûts très importants par échantillon...
Affymetrix
Contrôle qualité des acides nucléiques
| Kit | Prix de réalisation d'une puce |
| Lab-on-a-chip Nano-Pico Series II | 30 € |
| Lab-on-a-chip DNA 1000 | 30 € |
Tarif des Chips Bioanalyseur Agilent