Applications

     Le séquençage Illumina est utilisé pour 2 applications principales chez une large gamme d'organismes allant des virus aux mammifères:
 
 
RNA-seq: 
Analyse de l'expression différentielle (séquençage des mRNAs, miRNAs...)
Cartographie des transcrits (identification des sites d'initiation de la transcription, d'ARN non codants...)
 
ChIP-seq:
Identification des sites de fixation de facteurs de régulation, d'effets de modifications d'histones...
 
 
Pour ces deux applications, différents kits et protocoles peuvent être utilisés. Leurs spécificités et les quantités et qualités d'acides nucléiques nécessaires sont décrites ci après. 
Application Quantité de matériel de départ Kit
miRNA seq 10 à 50 ng miRNA (10 -30 nt)  Illumina TruSeq SmallRNA sample prep kit
ChIPSeq 10 ng ADN Illumina TruSeq ChIP kit


RNAseq transcriptome complet
 
 
100 ng minimum à 1 µg ARN total Illumina TruSeq Stranded kit 
2 ng à 100 ng ARN total Clontech SMARTer Universal low input RNA kit + Illumina Nextera XT kit
100 pg à 100 ng ARN total  Clontech SMARTer Stranded RNAseq kit 
RNAseq polyA 100 ng à 4 µg d'ARN total Illumina TruSeq Stranded kit