La plate-forme



 

La plate-forme Transcriptome et Epigénome (PF2) de la Génopole a pour objectif le développement et l'utilisation d'approches à haut débit  pour des études de transcriptomique et d'épigénomique.

 

Technologies

Deux technologies sont utilisées à la plate-forme, les puces Affymetrix et le Séquençage à haut débit basé sur la technologie Illumina (Séquenceurs Hiseq2000 et MiSeq).

La plate-forme exerce une activité de biologie humide et de biologie sèche:

pour Affymetrix: contrôle qualité des acides nucléiques, marquages et hybridations, analyse des images, analyses statistiques des données (normalisation et analyse différentielle)

 

pour Illumina: contrôle qualité des acides nucléiques, construction des librairies, runs de séquence, prétraitement des données, mapping sur génome de référence et analyse statistique des données (normalisation et analyse différentielle)

 

Mode de fonctionnement

La plate-forme est accessible aux équipes du campus ou non pasteuriennes. La majorité de nos projets est réalisée sous forme de collaborations mais la plate-forme exerce également une activité de service. Elle participe (le plus souvent comme partenaire) à de nombreux projets financés par le programme des PTR ou par des programmes nationaux (ANR, AVIESAN, VLM...). Un formulaire de soumission de projet est à utiliser pour les projets collaboratifs et permet de définir précisément le cadre du projet.