La plate-forme



La plate-forme fait partie du centre d'Innovation Technologique (CITECH) et a un rattachement scientifique au département de Génomes et Génétique. Elle a pour objectif le développement et l'utilisation d'approches à haut débit pour des études de transcriptomique et d'épigénomique. Nous utilisons la technologie de séquençage Illumina et disposons également d'une station Affymetrix.

La plate-forme est accessible aux équipes du campus, du réseau et aux équipes non pasteuriennes.
Elle propose une activité de service (passage sur séquenceurs de banques préparées par les utilisateurs) mais la très grande majorité des projets sont réalisés sous forme de collaborations (dans ce cas, la plate-forme intervient dans les différentes étapes du projet depuis la mise en place du plan d'expérience jusqu'à l'analyse des données).

 
Depuis l'acquisition du premier séquenceur en 2008, plus d'une centaine de projets ont été réalisés ou sont en cours de réalisation. 
Ces projets couvrent une large gamme d'organismes : virus, bactéries, champignons, protozoaires, mammifères....
Ils sont centrés sur les thématiques suivantes (liste non exhaustive):
  • Etude des factures de virulence

  • Etude des interactions hôte-pathogène et réponse de l'hôte à l'infection

  • Etude de l'effet des pressions environnementales (stress, pression immune, pression médicamenteuse...) sur le pathogène

  • Comparaison de transcriptomes inter-espèces

  • Identification des cibles de régulateurs (virulence, motilité..)

  • Biologie du développement

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    Séquençage Illumina

    La plate-forme a accès à trois séquenceurs Illumina: Miseq, Hiseq2000 et Hiseq2500.

    Le séquençage Illumina est utilisé pour le RNA-seq (analyse différentielle d'expression, cartographie des transcrits) et le ChiP-seq (étude des interactions ADN-protéines).

    La plate-forme exerce une activité de biologie humide et de biologie sèche: contrôle qualité des échantillons, construction des librairies, séquençage, prétraitement informatique des séquences, mapping sur les génomes de référence, analyse statistique des données (normalisation, analyse différentielle). 

    Les informations détaillées concernant les capacités des séquenceurs, les coûts des expériences et les différents types de séquençage proposés sont disponibles ici.
    Les quantités d'acides nucléiques nécessaires sont précisées ici.

     

     Puces Affymetrix

    La plate-forme dispose d'une station Affymetrix (fluidique et scanner) accessible aux utilisateurs. Des sessions de formation à l'utilisation des puces Affymetrix peuvent être organisées pour les équipes souhaitant utiliser cette technologie.

     


    Localisation : Bâtiment N° 14 Jules Bordet N° 28, rue du Dr Roux - 2ème étage

     

    Contact: JY Coppée (email:  jycoppee@pasteur.fr ; tel: 0145688651)