La plate-forme Transcriptome et Epigénome (précédemment appelée plate-forme puces à ADN) a été créée en avril 2000.

Elle a pour objectif le développement d’approches à haut débit pour des études de transcriptomique et d’épigénomique.

Initialement, les puces à ADN (puces fabriquées sur site puis puces commerciales de type Agilent, Nimblegen et Affymetrix) étaient la technologie principalement utilisée à la plate-forme.

En 2008, la Génopole a fait l’acquisition d’un séquenceur haut débit Illumina. Le séquençage à haut débit (NGS) a progressivement remplacé les puces à ADN pour l’analyse de l’expression des gènes chez les procaryotes et eucaryotes inférieurs.

Pour de nombreux projets d’analyse des transcriptomes murins ou humains, nous utilisons toujours la technologie Affymetrix, notamment quand les quantités d’ARN disponibles sont faibles.
 

Le séquençage à haut débit a également ouvert la voie à de nouvelles applications que nous ne développions pas précédemment :

• Annotation complète du transcriptome (RNA-seq : identification des sites d’initiation de la transcription, de nouveaux transcrits...)

• Etude des interactions ADN – protéines (ChIP-Seq : identification de sites de fixation de facteurs de régulation, des effets de modification d’histones...)

• Etude des profils de méthylation (MedIP-Seq)

La plate-forme n’a pas d’activité de recherche propre mais développe des projets collaboratifs avec des équipes de recherche du Campus et non pasteuriennes.
Elle exerce également une activité de service (représentant 20% de l’activité globale).


Depuis l’acquisition du séquenceur Illumina, près de 60 projets ont été réalisés ou sont en cours de réalisation. Au cours de la période 2010-2011, une trentaine de projets basés sur les puces à ADN ont été réalisés. Environ 80% des projets de la plate-forme sont centrés sur l’analyse du transcriptome.