Genopole / Plates-formes / PF2 - Transcriptome et Epigénome





La plate-forme Transcriptome et Epigénome (précédemment plate-forme Puces à ADN) de la Génopole a pour objectif le développement et l'utilisation d'approches à haut débit  pour des études de transcriptomique et d'épigénomique.


Deux technologies sont utilisées à la plate-forme, les puces Affymetrix et le Séquençage à haut débit basé sur la technologie Illumina (Séquenceurs Hiseq2000 et MiSeq).

Les puces Affymetrix sont utilisées essentiellement pour les projets d'analyse des transcriptomes humains et murins.
Le séquençage Illumina est utilisé pour le RNA-seq (analyse différentielle d'expression, cartographie des transcrits), le ChIP-seq (étude des interactions ADN-protéines) et le MedIP-seq (étude des profils de méthylation).

La plate-forme est accessible aux équipes du campus ou non pasteuriennes. La très grande majorité de nos projets est réalisée sous forme de collaborations. Ces projets couvrent une large gamme d'organismes: virus, bactéries, champignons, protozoaires, mammifères.

La plate-forme participe (le plus souvent comme partenaire) à de nombreux projets financés par l'ANR, AVIESAN, le programme PTR de l'Institut Pasteur...

La plate-forme exerce une activité de biologie humide et de biologie sèche:

  • pour Affymetrix: contrôle qualité des acides nucléiques, marquages et hybridations, analyse des images, analyses statistiques des données (normalisation et analyse différentielle)

  • pour Illumina: contrôle qualité des acides nucléiques, construction des librairies, runs de séquence, prétraitement des données, mapping sur génome de référence et analyse statistique des données (normalisation et analyse différentielle)