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Projets réalisés à PF1

Projets de Séquençage Nouvelle Génération (NGS)

Photo_PF1_dec2011
  1. Analyse génomique de souches d'Acinetobacter baumannii
    Bruno Périchon - Patrice Courvalin - Unité des Agents Antibactériens
  2. Rosenfeld

Projets de Séquençage "technologie Sanger"réalisés depuis 2000

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  1. Complete genomic sequence of Candida glabrata
    Bernard Dujon - Unite de Génétique Moléculaire des Levures
    Koszul03
    Dujon04
    Talla05
    GDR 2354 - Génolevures2

     
  2. Comparative Genomic - Tuberculosis complex
    Karin Eiglmeier et Thierry Garnier - Unité de Génétique Moléculaire Bactérienne

     
  3. Genome sequencing of Mycobacterium ulcerans
    Timothy Stinear - Unité de Génétique Moléculaire Bactérienne
    Stinear07

     
  4. EST sequencing of Aspergillus nidulans
    Christophe d’Enfert - Unite Biologie et Pathogénicité Fongiques
    Galagan05

     
  5. PCR products sequencing - ORF of Helicobacter pylori
    Agnès. Labigne - Unité de Pathogénie Bactérienne des Muqueuses

     
  6. Molecular evolution of snake venom enzymes
    Valérie Choumet - Unite des Venins
    Guillemin03

     
  7. EST sequencing of Entamoeba histolytica
    Nancy Guillen - Unité postulante de Biologie Cellulaire du Parasitisme
    Weber06

     
  8. EST sequencing of Plasmodium yoelli
    George Snounou - Unité de Parasitologie Biomédicale
    Gruner05

     
  9. EST sequencing of Theileria annulata
    Gordon Langsley - Laboratoire de Signalisation Immunoparasitaire
    Pain05

     
  10. Multilocus Sequence Typing of Candida albicans strains
    Christophe d’Enfert - Unité Biologie et Pathogénicité Fongiques
    Bougnoux03
    Bougnoux06
    Bougnoux08
    Diogo08

     
  11. Genome sequencing of Legionella pneumophila (souche Paris)
    Carmen Buchrieser - Laboratoire de Génomique des Microorganismes Pathogènes
    Cazalet04

     
  12. Séquençagedu génome de la souche de Streptococcus gallolyticus NEM2135
    Patrick Trieu-Cuot Unité de Biologie des bactéries pathogènes à Gram-positif et Philippe Glaser, Laboratoire de Génomique des Microorganismes Pathogènes
    Rusniok10

     
  13. Séquence du génome d’une souche de Mycobacterium leprae d’origine brésilienne
    Nadine Honoré, Unité de Génétique moléculaire bactérienne
    Monot09

     
  14. Complete genomic sequence of Microcystis aeruginosa
    Nicole Tandeau de Marsac - Unité des Cyanobactéries
    Sielaff03
    Mlouka04
    Kehr06
    Carre-Mlouka06
    Louvel06
    Guljamow07
    Ziemert08
    Zilliges08
    Cadel-Six08
    Frangeul08
    Ishida09

     
  15. Allelic diversity of Plasmodium falciparum
    Odile Puijalon - Unité d’Immunologie Moléculaire des Parasites
    Kim04
    Jambou05
    Khim05
    Ariey06
    Noranate07
    Ekala07
    Legrand07
    Niang08
    Lim09
    Steenkeste09
    Noranate09
    Bob10
    Jambou10
    Legrand
     
  16. Genome sequencing of Vibrio lentus (souche Mel 32)
    Didier Mazel - Unité postulante Plasticité du Génome bactérien
    Le Roux09

     
  17. Séquençage du génome de Legionella longbeachae, souche NSW150
    Carmen Buchrieser - Laboratoire de Génomique des Microorganismes Pathogènes
    Cazalet10

     
  18. Détermination de la séquence génomique d’une souche d’Helicobacter pylori associée à un lymphome du MALT (Mucosa Associated Lymphoïd Tissue)
    Agnés Labigne - Unité de Pathogénie bactérienne des muqueuses
    Thiberge10

     
  19. Séquençage du génome du spirochète aquicole Leptospira biflexa
    Mathieu Picardeau, Laboratoire des Spirochètes
    Picardeau08

     
  20. Etude de l’organisation des gènes codant pour les parties variables et constantes des chaines lourdes des immunoglobulines de l’alpaga (lama pacos)
    Pierre Lafaye - Unité de Génétique et Biochimie du Développement
    Achour08

     
  21. Analyse génétique de l’hépatoblastome
    Marie-Annick Buendia - Unité de Rcherche Oncogenèse et Virologie moléculaire

     
  22. Diversité de gènes de l’immunité et infection chez l’homme : les récepteurs de la famille Toll-like
    Lluis Quintana-Murci - Unité postulante Génétique évolution humaine
    Barreiro09

     
  23. Diversité de la séquence des microRNAs humains
    Lluis Quintana-Murci - Unité postulante Génétique évolution humaine
    Quach09

  24.  
  25. Diversité de la séquence des récepteurs IFN humain
    Lluis Quintana-Murci - Unité postulante Génétique évolution humaine
    Manry11
    Manry11b

     
  26. Microévolution des séquences du pathogène Candida glabrata et de levures phylogénétiquement proches
    Cécile Fairhead - Unité de Génétique moléculaire des levures
    Thierry08
    Bouchier09
    Green
     
  27.  Séquençage de plasmides de multirésistance aux antibiotiques de Yersinia pseudotuberculosis
    Elisabeth Carniel - Unité de recherche Yersinia

     
  28. Analyse de la diversité génétique de la famille des Rhabdoviridae
    Hervé Bourhy - Unité psotulante de recherche et d’expertise Dynamique des lyssavirus et adaptation à l’hôte
    Delmas08
    Dacheux09

     
  29. Séquençage de clones d’une banque d’ADNc d’Entamoeba histolytica
    Nancy Guillen-Aghion - Unité de recherche Biologie Cellulaire du Parasitisme
    Solis09

     
  30. Séquençage de clones d’une banque d’ADNc du tract reproductif des moustiques mâles d’Anopheles gambiae
    Karine Eiglmeier - Unité de Biochimie et de Biologie Moléculaire des Insectes  

     
  31. Diversité allélique de Plasmodium vivax et de Plasmodium falciparum
    Didier Ménard - Unité de Recherche sur le Paludisme, Institut Pasteur de Madagascar
    Barnadas09
    Barnadas08
    Menard08
    Barnadas08
    Mariette08
    Andriantsoanirina09a
    Andriantsoanirina09b
    Andriantsoanirina10
    Ménard10
    Andriantsoanirina10b
    Andriantsoanirina10c
    Andriantsoanirina11

     
  32. Diversité allélique de Plasmodium
    Didier Ménard - Unité d'Epidémiologie Moléculaire, Institut Pasteur de Cambodge
    Khim11
    kim11
    Khim12

     
  33. Génomique comparative des Escherichia coli pathogènes et non pathogènes : séquence du génome de la souche pathogène intestinale E. coli 55989 incluant le chromosome et un plasmide portant les gènes de virulence.
    Chantal le Bouguenec - Unité de Recherche Biologie de Bactéries pathogènes à Gram-positif
    Touchon09
    Martinez

     
  34. Diversité allélique de Taenia solium
    Jean-François Carod - Unité Cysticercose, Institut Pasteur de Madagascar
    Michelet10
     

Collaboration avec la Collection de l'Institut Pasteur (CIP)

Typage moléculaire des souches types bactériennes de la CIP par le séquençage du gène codant l'ARNr 16S. Cette méthode a été accréditée sous la norme ISO 17025 de 2006 à 2008.
Chantal Bizet - Collection de l'Institut Pasteur
Clermont09
Ivanova09

Collaboration avec la CIP dans le cadre d'un projet européen, EMbaRC (7eme Programme Cadre Infrastructures - INFRA-2008-1.1.2.9 : Biological Ressources Centres) - Février 2009-Septembre 2012
Cousin12a
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