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Migration de plaques de réactions de séquence

Conditions d'accès des différentes équipes de l'Institut Pasteur aux séquenceurs 96 capillaires (juillet 2012)

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Utilisation des séquenceurs capillaires

Compte-tenu du mode de fonctionnement de la Plate-forme Génomique, nous ne sommes pas en mesure de réaliser des prestations de séquençage à façon. En revanche, sous réserve de la disponibilité du séquenceur capillaire ABI 3730 (96 capillaires), il est possible de l’utiliser avec des plaques de 96 puits.

Nous prenons en considération UNIQUEMENT les plaques de 96 réactions de séquence purifiées préparées comme indiqué ci-dessous.

Réactions de séquence

Les plaques DOIVENT être composées par colonne (A1—H1, A2—H2,…). Les réactions de séquence DOIVENT être réalisées avec les réactifs ABI BigDye :

  • soit version 3.1 (disponibles au magasin général, ref. 99219)
  • soit version 1.1 (disponibles au magasin général, ref. 98150)

dans des plaques 96 puits Abgene AB-1100 (disponibles au magasin général, ref. 42741) ou Applied BioSystems (ref. fournisseur N8010560 ou 4316813) (cf. rubrique Protocole de ce site).

Purification des réactions de séquence

Les réactions de séquence peuvent être purifiées :

  • soit par une précipitation à l’éthanol (stockage à - 20°C sous forme de culot sec) (cf. rubrique Protocole de ce site)
  • soit par filtration sur G50 (volume minimal requis 10 µl - stockage à + 4°C pendant 24 heures).

Identification des plaques

Les plaques DOIVENT être nommées selon le modèle suivant :
« nom de l’unité sous forme abrégée »- numéro (qui s’incrémentera au fur et à mesure)

exemple : NOMUNITE-23. Le nom de la plaque DOIT figurer sur la tranche de la plaque.

Les caractères spéciaux (y compris les caractères accentués) et les espaces sont PROSCRITS dans les noms.

  • nom de la plaque associé à la coordonnée du puits.

Dépôt des plaques

Le dépôt des plaques DOIT être précédé de l’envoi d’un email (pf1@pasteur.fr) précisant :

  • le nom des plaques,
  • la chimie employée,
  • le nombre de colonnes utilisées en cas de plaque incomplète
  • l’adresse email d’envoi des résultats.

Les plaques doivent être apportées à la Plate-forme Génomique (3ème étage du Bât. Génopole - 14A - Pièce 05/06  de 9h à 17h) AVEC un bon de cession interne signé par le gestionnaire.

Chaque plaque est facturée 62 euros à créditer sur le compte ADN plasmidique (n° E024391-P790013).

La planification pour le passage des plaques se fait en fonction des disponibilités des séquenceurs (dûes à l’activité propre de la plate-forme) et de l’ordre de réception des plaques.

Envoi des résultats

Les électro-chromatogrammes sont des fichiers au format PC. Ces fichiers sont mis à votre disposition via F*EX (File Exchange service) durant 5 jours sous forme d’un dossier zippé. Un email est envoyé à l’adresse (que vous nous aurez préalablement indiquée) contenant un code et un mot de passe à copier et à coller sur la page F*EX.

Sur Windows et Mac OS X, vous pouvez visualiser les électro-chromatogrammes avec  CodonCodeAligner (ouverture de plusieurs électro-chromatogrammes en même temps). Ce dernier est gratuit en version Démo, mais se limite à la visualisation. Un tutoriel en Flash est accessible ici

Renseignements

Pour toute demande de renseignements, contacter pf1@pasteur.fr