Plate-Forme Génomique (PF1)

Le séquençage des chromosomes demeure le point de départ inévitable de la Génomique. Plusieurs organismes modèles ou agents infectieux sont étudiés parmi les bactéries, champignons et levures. Ainsi la diversité des génomes étudiés et la génomique fonctionnelle permettent de mieux appréhender les mécanismes de virulence et d’envisager de nouvelles approches pour le contrôle des microorganismes bactériens ou fongiques.

La Plate-forme Génomique réalise des projets collaboratifs avec différentes équipes de l’Institut Pasteur. Bien que l’essentiel des projets soient consacrés au séquençage de génomes de microorganismes, la Plate-forme réalise ponctuellement des projets de séquençage de produits PCR ou de clones plasmidiques avec la technologie Sanger .

 La Génopole de l’Institut Pasteur dispose depuis juillet 2010 d’un séquenceur à très haut débit, un HiSeq 2000 (Illumina). Cet appareil est utilisé conjointement avec la Plate-forme Transcriptome et Epigénome (PF2) et la Plate-forme de Génotypage des Agents Pathogènes et santé publique (PF8). Le HiSeq 2000 permet la  réalisation de projets de re-séquençage de génomes, de séquençage de novo, d’analyse de la méthylation d’ADN, d’analyse du transcriptome, des interactions proteines-acides nucléiques (ChIP-seq).

Formulaire à téléchager : Demande de projets de séquençage à très haut débit

La Plate-forme Génomique est rattachée au Département Génomes et Génétique.

Exemples de collaboration :

• Collaboration avec l’Institut Pasteur de Madagascar (2005-2010) sur l’analyse moléculaire de la diversité allélique de gènes de Plasmodium falciparum impliqués dans la résistance aux anti-paludéens