Puces à ADN

Illumina BeadArray Technology

Infinium

Génotypage simultané de milliers à plusieurs millions de loci.
Génome entier accessible à l'analyse
Requiert peu d'ADN génomique: 200-400 ng

Génotypage murin

Infinium HD BeadChip Nombre d’échantillons                   Marqueurs par échantillon                     
MegaMUGA:
Mega Mouse Universal Genotyping Array
24 80K


Génotypage humain

Infinium HD BeadChip Nombre d’échantillons Marqueurs par échantillon
Human Omni 2.5 v1.1

8

 2 379 855

Human Omni 5 v.1.1 4

4 301 331

Human Core 12 240 K + custom
Human_Omni 5_Exome 4  
Human1M-Duo 2 > 1 million
Human660W-Quad 4 > 658000
HumanCytoSNP-12 12 ~ 300000

Puces Méthylation

 Infinium HD BeadChip  Nombre d’échantillons  Marqueurs par échantillon
 HumanMethylation450  12  450 K Methylation sites

GoldenGate

GoldenGateAssay

La méthode GoldenGate est basée sur l’extension d’un primer spécifique d’un allèle, suivie d’une amplification générique par PCR. 
Les produits sont hybridés sur billes et les cibles fluorescentes sont détectées par le iScan.
 La réaction permet de multiplexer au maximum 1536 SNP sur des lames de 12 ou 32 échantillons.

 
L’ADN (250 ng) est biotinylé puis immobilisé sur des particules traitées à la streptavidine.
L’hybridation se fait en présence de 3 primers : 2 primers spécifiques d’allèles (ASO) et un primer spécifique du locus (LSO).
L’étape suivante inclut une réaction d’extension du ASO vers les LSO, suivie d’une ligation. 
Les produits obtenus sont amplifiés par une PCR générique avec des primers fluorescents, dénaturés puis hybridés sur une puce sur laquelle chaque bille contient une séquence complémentaire de l’Illumicode porté par LSO.