Modalités d'accès à la Plate-Forme de Génotypage Illumina
- Prestations proposées
- La plate-forme est en mesure de réaliser le génotypage de SNP avec le protocole Infinium sur les puces suivantes :
- lames HumanOmni1-Quad, Human1M-Duo, Human660W-Quad, HumanCytoSNP-12
Et le génotypage à façon en GoldenGate en format de lames de 12 ou 32 échantillons
- Le contrôle qualité des ADN reçus est systématiquement réalisé par la plate-forme par dosage au picogreen et migration sur gel d’agarose.
Il vous est cependant conseillé de tester préalablement la qualité de vos échantillons avant de nous les transmettre.
- Les résultats :
Les données de SNP sont filtrées avec le module Genotyping du logiciel GenomeStudio Illumina et rendues au format désigné par les demandeurs.
L’ analyse des CNVest réalisée à la plate-forme avec les outils suivants :
cnvPartition
PennCNV
QuantiSNP
- Contribution financière des équipes
Une participation forfaitaire est demandée pour contribuer aux coûts des contrats de maintenance du matériel de la plate-forme (cf tableau ci-dessous).
4446 GoldenGate l’échantillon - hors réactifs 15 17 4447 Infinium l’échantillon - hors réactifs 30 33
N° code produit
PRESTATIONS
Unité ( ADN)
Tarif Public
Tarif Industriel
Pour plus d’information, contacter Béatrice Regnault.
Dès que le projet a été défini avec la responsable de la structure, un devis est adressé à l’utilisateur qui retournera un bon de commande avant le début des expériences.
En parallèle, le demandeur devra passer sa commande auprès de Illumina (contact Patrick Sageat) des puces choisies (prévoir un délai de 4-6 semaines) et demander la livraison sur le site de la plate-forme de l’Institut Pasteur.
Formulaires à remplir
- Formulaire de demande de prestation
- Formulaire de description des échantillons ADN.