Génotypage des eucaryotes
La Genopole de l'Institut Pasteur a fait l'acquisition, fin 2008 d'une plate-forme de Génotypage de SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) à haut débit , accessible à toute la communauté scientifique.
Le domaine d’application de la plate-forme est l’analyse à grande échelle des variations génétiques de l’ADN chez les organismes eucaryotes. La détection à haut débit des polymorphismes de type SNP connus et la détermination de la variation en nombre de copies (CNV) de séquences d’ADN sont réalisées avec la technologie sur billes (BeadArray) d’Illumina (www.illumina.com).
- Le protocole Infinium permet la recherche de variants connus sur le génome humain jusqu’ à 1,2 millions de SNP par individu, mais également pour une échelle de 3000 à 200 000 SNP humains ou non humains à partir de 1152 individus (format iSelect).
- Le protocole GoldenGate permet cette recherche pour des marqueurs de SNP personnalisés à tout génome ou avec des panels standards. Le système est multiplexe, par multiple de 96 SNP avec, au minimum 384 SNP et au maximum 1536 SNP et, pour un minimum de 480 ADN.