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La Collection des Cyanobactéries  de l'Institut Pasteur  (PCC)

Photo groupe Cyano2

La Collection des Cyanobactéries fait partie du CRBIP depuis avril 2006. Sa base de données accessible via le site du CRBIP étant encore sous construction, les informations sont actuellement incomplètes et ne couvrent qu’une partie des souches déposées dans la PCC.

Présentation de la PCC

La PCC a été créée dans le Département de Bactériologie de l’Université de Californie à Berkeley, Californie, Etats-Unis, où Roger Y. Stanier, qui depuis longtemps avait reconnu le caractère procaryote des « algues bleues», accepta que Mary Mennes Allen étudie ce groupe d’organismes pour sa thèse de doctorat. Grâce aux améliorations qu’elle apporta aux conditions de croissance de ces organismes sur milieu gélosé (Allen, 1968), largement basées sur le travail de pionnier de Gerloff et al. (1950), M. B. Allen (1952), Kratz & Myers (1955), Hughes et al. (1958) et Van Baalen (1962), la première collection de souches axéniques a vu le jour en 1968, les propriétés physiologiques et génétiques de ces souches ont été décrites quelques années plus tard (Stanier et al., 1971).

Heureusement, lors de son départ de Berkeley en 1971 pour l’Institut Pasteur, Roger Y. Stanier put emporter avec lui la Collection de Berkeley et encouragea son équipe (Josette Deruelles, Rosmarie Rippka et John B. Waterbury) à isoler, purifier et caractériser un plus grand nombre de souches de ce groupe de procaryotes photosynthétiques pour lequel il proposa le nom de cyanobactéries (Stanier, 1974). Une description détaillée d’environ 170 souches de cyanobactéries en cultures axéniques a été publiée par Rippka et al. (1979). 

Depuis lors, le nombre de souches axéniques de la PCC a dépassé le chiffre de 750, ce qui représente une collection d’un grand nombre de genres et d’espèces isolés d‘habitats très divers. Ce résultat n’a pu être obtenu que grâce à l’expertise et à la patience de beaucoup de collègues de l’Unité de Physiologie Microbienne, appelée depuis 2001 Unité des Cyanobactéries, à l’Institut Pasteur. En outre, beaucoup de souches ont été déposées à l’état impur ou axénique, par des chercheurs d’autres laboratoires du monde entier. Il n’est pas possible dans cette introduction de remercier chacun de ces collaborateurs individuellement. Cependant, leurs noms sont cités et leurs contributions accréditées sous la rubrique « histoire des souches ». 

Cette base de données temporaire de la PCC sur le site du CRBIP résume l’histoire de tous les isolats déposés dans la PCC avant 1993 et prend en compte quelques récents changements de nomenclature par rapport au catalogue de la PCC publié en 1992 (Rippka & Herdman, 1992). Les souches acquises plus récemment, qui ne sont pas mentionnées sur ce site mais citées dans la littérature, sont disponibles sur demande. 

La « Pasteur Culture Collection of Cyanobacteria » (PCC) est financée par l’Institut Pasteur qui fournit l’espace et les installations nécessaires à la PCC depuis 1971 et par le Centre National de la Recherche Scientifique (URA 2172). 

Les souches de la PCC sont conservées à l’état axénique dans l’Unité des Cyanobactéries. La PCC est l’une des Collections spécialisées de l’Institut Pasteur. 

La PCC est membre de la « World Federation for Culture Collections » enregistrée dans la « World Data Centre for Microorganisms » sous le numéro WDCM 481. 

Conformément aux instructions de l’ECCO (European Culture Collections’ Organization) la PCC assure les services suivants : 

     • la conservation des souches de cyanobactéries à l’état axénique en accord avec les critères de qualité préconisés ; 

     • la distribution des souches de cyanobactéries sans restriction d’acquisition autre que celles qui sont imposées d’un point de vue légal ou éthique ; 

     • l’accroissement constant de la collection par acquisition de nouvelles souches ;

     • la publication d’un catalogue mentionnant toutes les souches disponibles ; 

     • l’information concernant les cultures ; 


La PCC est aidée dans ces tâches par la CNCM (Collection Nationale de Culture de Micro-organismes), qui assure l’administration, le conditionnement et l’expédition des souches.

Personnel de la PCC :

Muriel Gugger 
(Ingénieur de recherche, responsable de la PCC) 

Thierry Laurent - Thérèse Coursin 
(Equipe technique) 

Bénédicte Bénédic
(Secrétaire) 

Personnel de la CNCM :

Sabine Garçonnet 
(Secrétariat) 

Georges Wagener 
(Directeur administratif)

Pour des informations sur la taxonomie des cyanobactéries, le visiteur du site CRBIP est invité à consulter la seconde édition du « Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology , Volume 1 : The Archaea and the Deeply Branching and Phototrophic Bacteria (2001). D.R. Boone, R.W. Castenholz et G.M. Garrity (Eds.). Springer, New York ».

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Description et propriétés des souches de cyanobactéries

L'information donnée dans la description de chaque souche sur le site CRBIP est présentée dans l'ordre suivant.

Histoire des souches

L’information pour chaque souche est présentée comme suit. Le numéro de la souche est suivi par le nom de la personne ayant purifié et déposé la souche dans un état axénique à la PCC. Les souches reçues en état impur sont indiquées par << (I), suivi par le nom du déposant. Si le déposant a reçu la souche d’une autre personne, la source primaire de l’isolat axénique est indiquée par << (P). Cette information est suivie dans la mesure du possible par une plus ample description de l’histoire de la souche avant son entrée dans la PCC.

Nature, Lieu et Année d'isolement

Ces indications sont précisées lorsqu’elles sont connues

Co-identité et Collections

Certaines souches de la PCC sont également disponibles dans d’autres collections majeures. Ces isolats dupliqués ("co-identiques") sont cités sous les acronymes respectifs de ces collections et les numéros de souches correspondants. Si des souches équivalentes portent des noms génériques et spécifiques différents de ceux qui sont utilisés à la PCC, ces informations sont précisées. Les références bibliographiques pour ces souches sont également indiquées, même si elles font référence à d’anciennes éditions de catalogues d’autres collections, et/ou décrivent des souches ayant été perdues dans ces collections ou ayant été renommées par la suite. 

Bien que quelques collections indiquent l’état de pureté de leurs souches, cette propriété étant susceptible de changer cette information n’est pas indiquée sur le site du CRBIP.

Commentaires taxonomiques

Certaines indications sur la taxonomie des souches de la PCC sont indiquées dans cette section.

Remarques

Cette partie comporte notamment des commentaires sur la taxonomie, la physiologie ou l’histoire des souches.

Références bibliographiques

Seules les références majeures sont indiquées.

Conditions de croissance

Le milieu utilisé pour la culture de chaque souche est indiqué par un numéro. La plupart des souches sont maintenues sur des milieux gélosés en pente à 22°C, ou à 37°C pour les souches thermophiles, même si leur optimum de croissance est à une plus haute température. Pour les cyanobactéries planctoniques, les cultures sont réalisées en milieu liquide. Les cultures reçoivent généralement une densité de flux photosynthétique de photons (PPFD) d’environ 3-5 µmol quanta mol-2 s-1 (mesurée avec un radiomètre photomètre LICOR LI-185B équipé d’un détecteur quantique LI-190SB), fournie par des tubes fluorescents « Cool white » avec un régime lumière/obscurité de 14 h/10 h.

Propriétés des souches

Les informations concernant les propriétés des souches (taille des cellules, adaptation chromatique, production de toxine, mobilité, tolérance aux sels, potentiel hétérotrophe, fixation de l’azote, sensibilité aux cyanophages, pourcentage en G+C de l’ADN et taille du génome) ne sont pas encore intégrées dans le site CRBIP. Si elles ont été connues ou applicables avant 1991, elles sont résumées dans la première édition du catalogue de la PCC (Rippka & Herdman, 1992) qui rassemble les données issues des références bibliographiques majeures ci-dessous groupées par sujet. 

Taille des cellules, caractéristiques structurales et développementales : Stanier et al. (1971) ; Rippka et al. (1974, 1979) ; Waterbury & Stanier (1977 ; 1978) ; Rippka & Cohen-Bazire (1983) ; Guglielmi et al. (1984). 

Pigments et adaptation chromatique complémentaire : Tandeau de Marsac (1977) ; Bryant (1982). 

Pourcentage G+C de l’ADN et taille du génome : Stanier et al. (1971); Herdman et al. (1979a, 1979b); Stam (1980); Lachance (1981); Wilmotte & Stam (1984). 

Tolérance et besoin en sel : Stanier et al. (1971); Rippka et al. 1979; Waterbury & Stanier (1977 ; 1978); Reed et al. (1984) ; Mackay et al. (1984). 

Sensibilité aux cyanophages : Safferman & Morris (1963; 1964); Rippka & Cohen-Bazire (1983) et références incluses. 

Souche type
: Seules les souches Prochlorothrix hollandica PCC 9006T (Burger-Wiersma et al. ,1986; 1989) et Prochlorococcus marinus subsp. pastoris PCC 9511T (Rippka et al., 2000) ont été validées selon le Code de Nomenclature Bactériologique. 

Souche de référence : Les souches désignées par Rippka et al. (1979) comme souches référence pour un genre sont signalées à la fin de la description des souches concernées. Si par la suite, il y a eu des changements dans le choix d’une souche de référence ou des changements de nomenclature (Waterbury & Rippka, 1989; Rippka & Herdman, 1992 ; Herdman et al., 2001; Rippka et al., 2001a, b ; Herdman et al., 2005), ces informations sont également mentionnées.

Les symboles suivants sont utilisés dans les fiches du catalogue  :

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