La Collection des Champignons de l'Institut Pasteur (UMIP)
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Présentation de la Collection
La Collection des Champignons de l’Institut Pasteur est un service spécialisé qui entretient un ensemble composé, en janvier 2007, de plus de 2500 souches de champignons microscopiques (levures et filamenteux) et d’Actinomycètes. Ces souches ont été pour la plupart isolées de lésions humaines. Remarquablement varié à cet égard, cet ensemble comporte également des souches isolées de l’environnement ou d’invertébrés (insectes essentiellement). Selon les cas, les souches isolées de lésions humaines l’ont été de mycoses superficielles (peau et muqueuses), de mycoses sous-cutanées ou de mycoses profondes. Les espèces en cause peuvent être des levures ou des champignons filamenteux. Ainsi, parmi les souches isolées de mycoses superficielles, on trouve des levures (Candida spp., Malassezia spp.) et des champignons filamenteux, comme les Dermatophytes, responsables des teignes (genres Trichophyton, Microsporum, Epidermophyton).
Cette collection a été progressivement constituée, à partir des années 1950, par les scientifiques pasteuriens, médecins ou non, qui se sont consacrés à la Mycologie médicale. On peut ainsi citer les noms de Gabriel Segretain, de François Mariat, d’Édouard Drouhet, puis ceux de Claude de Bièvre, d’Éveline Guého... L’Institut Pasteur est connu pour le rôle qu’il a joué dans l’établissement et le développement de cette discipline en France. Cette renommée a traversé les frontières, comme le montre le large éventail de nationalités des élèves du cours annuel de Mycologie médicale de l’Institut Pasteur. D’un autre côté, la Collection des Champignons est régulièrement sollicitée pour fournir les cultures nécessaires à la réalisation des travaux pratiques organisés dans le cadre de cours dispensés au niveau de l’enseignement secondaire ou de l’enseignement supérieur, en France comme à l’étranger.
Dans le cas d’espèces en provenance de lésions humaines, la collection s’enrichit soit par dépôt réalisé par des laboratoires publics ou privés ou par des praticiens, soit par échange avec des collections étrangères. Dans le cas des espèces isolées d’insectes, l’augmentation du nombre de souches résulte de prospections réalisées sur le terrain par le personnel de la collection. Rapport annuel 2006.
Aux activités de collection proprement dites s’ajoute une activité d’expertise en matière d’identification de souches isolées de l’environnement : contaminants de process industriels, de milieux ambiants, etc. Contact : papierok@pasteur.fr
S’y ajoutent également des activités de recherche, qui portent essentiellement sur des champignons entomopathogènes, notamment les Zygomycètes de l’ordre des Entomophthorales. La Collection a acquis dans ce domaine une expertise reconnue en matière de systématique, d’écologie et de spécificité parasitaire. Rapport annuel 2006.
La Collection des Champignons est enregistrée sous le numéro 344 avec l’acronyme UMIP dans le World Data Centre for Microorganisms (WDCM). C’est en 2005 qu’elle a rejoint l’European Culture Collections’ Organization (ECCO).
Partie prenante dès l’origine dans la création du Centre de Ressources Biologiques de l’Institut Pasteur, la collection est certifiée depuis avril 2005 suivant le référentiel ISO 9001 version 2000. Elle a entrepris en 2006 une démarche de validation des méthodes de contrôle/caractérisation qu’elle utilise.
Cette collection a été progressivement constituée, à partir des années 1950, par les scientifiques pasteuriens, médecins ou non, qui se sont consacrés à la Mycologie médicale. On peut ainsi citer les noms de Gabriel Segretain, de François Mariat, d’Édouard Drouhet, puis ceux de Claude de Bièvre, d’Éveline Guého... L’Institut Pasteur est connu pour le rôle qu’il a joué dans l’établissement et le développement de cette discipline en France. Cette renommée a traversé les frontières, comme le montre le large éventail de nationalités des élèves du cours annuel de Mycologie médicale de l’Institut Pasteur. D’un autre côté, la Collection des Champignons est régulièrement sollicitée pour fournir les cultures nécessaires à la réalisation des travaux pratiques organisés dans le cadre de cours dispensés au niveau de l’enseignement secondaire ou de l’enseignement supérieur, en France comme à l’étranger.
Dans le cas d’espèces en provenance de lésions humaines, la collection s’enrichit soit par dépôt réalisé par des laboratoires publics ou privés ou par des praticiens, soit par échange avec des collections étrangères. Dans le cas des espèces isolées d’insectes, l’augmentation du nombre de souches résulte de prospections réalisées sur le terrain par le personnel de la collection. Rapport annuel 2006.
Aux activités de collection proprement dites s’ajoute une activité d’expertise en matière d’identification de souches isolées de l’environnement : contaminants de process industriels, de milieux ambiants, etc. Contact : papierok@pasteur.fr
S’y ajoutent également des activités de recherche, qui portent essentiellement sur des champignons entomopathogènes, notamment les Zygomycètes de l’ordre des Entomophthorales. La Collection a acquis dans ce domaine une expertise reconnue en matière de systématique, d’écologie et de spécificité parasitaire. Rapport annuel 2006.
La Collection des Champignons est enregistrée sous le numéro 344 avec l’acronyme UMIP dans le World Data Centre for Microorganisms (WDCM). C’est en 2005 qu’elle a rejoint l’European Culture Collections’ Organization (ECCO).
Partie prenante dès l’origine dans la création du Centre de Ressources Biologiques de l’Institut Pasteur, la collection est certifiée depuis avril 2005 suivant le référentiel ISO 9001 version 2000. Elle a entrepris en 2006 une démarche de validation des méthodes de contrôle/caractérisation qu’elle utilise.
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Contacts
Responsable :
B. Papierok
Équipe Scientifique :
M. Kiredjian
Équipe Technique :
A. Pietfroid - M.-A. Rouffaud
Conservation des souches de champignons
Il existe théoriquement plusieurs moyens pour conserver vivants les champignons microscopiques : conservation de la culture sur gélose nutritive recouverte d’huile de paraffine, lyophilisation, congélation à – 80 °C, congélation dans l’azote liquide.
Dans la pratique, toutefois, les modes de conservation possibles varient selon le groupe taxinomique. Ainsi, la majorité des souches d’Entomophthorales isolées d’insectes ne supportent ni la lyophilisation, ni la conservation sous huile. Elles sont donc congelées. Les souches les plus "difficiles" sont conservées à environ + 10 °C sous forme de culture sur gélose nutritive.
En tout état de cause, les souches de la Collection des Champignons sont conservées sous forme de cultures lyophilisées lorsque c’est possible. De plus, chaque souche est conservée sous au moins deux formes différentes.
Dans la pratique, toutefois, les modes de conservation possibles varient selon le groupe taxinomique. Ainsi, la majorité des souches d’Entomophthorales isolées d’insectes ne supportent ni la lyophilisation, ni la conservation sous huile. Elles sont donc congelées. Les souches les plus "difficiles" sont conservées à environ + 10 °C sous forme de culture sur gélose nutritive.
En tout état de cause, les souches de la Collection des Champignons sont conservées sous forme de cultures lyophilisées lorsque c’est possible. De plus, chaque souche est conservée sous au moins deux formes différentes.
Dénomination des espèces et des souches de champignons
Chaque espèce de champignon est désignée suivant un binôme : nom du genre suivi du nom de l’espèce. Le binôme le plus récent est utilisé, sachant que les révisions taxinomiques effectuées par les spécialistes peuvent aboutir à un changement de dénomination. Ce binôme est suivi du nom de la ou des personnes qui ont décrit l’espèce, le Code de Nomenclature Botanique étant appliqué pour les champignons. Lorsqu’il y a deux noms de personnes (ou deux groupes de noms) dont le premier est entre parenthèses, c’est parce que l’espèce a été transférée dans un autre genre.
Exemple : au sein du genre Metarhizium, l’espèce anisopliae s’écrit de la manière suivante :
Metarhizium anisopliae (Metschnikoff) Sorokin
Elle a été décrite à l’origine par Élie Metschnikoff dans le genre Entomophthora, sous le nom d’espèce anisopliae. Sur la base d’une analyse morphologique comparée, Sorokin l’a ensuite transférée dans le genre Metarhizium.
Exemple : au sein du genre Metarhizium, l’espèce anisopliae s’écrit de la manière suivante :
Metarhizium anisopliae (Metschnikoff) Sorokin
Elle a été décrite à l’origine par Élie Metschnikoff dans le genre Entomophthora, sous le nom d’espèce anisopliae. Sur la base d’une analyse morphologique comparée, Sorokin l’a ensuite transférée dans le genre Metarhizium.
Forficule morte d’une infection à Metarhizium anisopliae
La description des espèces fongiques fait essentiellement intervenir des caractères phénotypiques. Pour les champignons filamenteux microscopiques, on prend en compte des caractères macroscopiques (aspect et couleur de la culture sur des milieux déterminés, vitesse de croissance), et des caractères microscopiques (forme et taille des filaments végétatifs, forme et taille des organes de reproduction, asexuée et sexuée). Des caractères biochimiques, pour la détermination desquels on utilise des galeries, interviennent dans le cas des levures. De plus, avec les progrès de la Science, on dispose aujourd’hui de méthodes moléculaires (PCR, RFLP, RAPD, séquences de parties du génome ou de gènes d’intérêt) permettant une caractérisation de plus en plus précise au niveau infraspécifique (souches).
L’anamorphe et le téléomorphe sont deux formes de la même espèce fongique : la première correspond à la forme asexuée, la seconde à la forme sexuée. Il en résulte que la même espèce de champignon peut être connue sous deux binômes ; c’est le cas lorsque la forme asexuée a été décrite d’un côté, et la forme sexuée d’un autre, par deux auteurs distincts. Lorsque les recherches ultérieures établissent la preuve de la correspondance biologique entre les deux formes, les deux binômes sont reconnus comme correspondant à la même espèce mais c’est le nom du téléomorphe qui devrait être utilisé.
Lorsque, pour la même espèce fongique, il y a anamorphe et téléomorphe, les deux binômes correspondants sont donnés dans le catalogue de la Collection des Champignons.
Le numéro de chaque souche de champignon est obligatoirement précédé de l’acronyme international de la collection (UMIP). Il correspond au numéro d’ordre d’intégration, suivi de l’année au cours de laquelle la souche a été déposée à la collection.
Exemple : la souche de Metarhizium anisopliae portant le numéro UMIP 1693.87 a été déposée en 1987 ; elle est la 1693ème souche déposée dans la collection.
Lorsqu’un numéro est suivi de la lette "T", c’est qu’il s’agit d’une souche type.
Le groupe de pathogénicité (1 ou 2) est celui de la liste publiée dans le Journal Officiel des Communautés Européennes, Directive 2000/54/CE du Parlement Européen et du Conseil du 18 septembre 2000.
L’anamorphe et le téléomorphe sont deux formes de la même espèce fongique : la première correspond à la forme asexuée, la seconde à la forme sexuée. Il en résulte que la même espèce de champignon peut être connue sous deux binômes ; c’est le cas lorsque la forme asexuée a été décrite d’un côté, et la forme sexuée d’un autre, par deux auteurs distincts. Lorsque les recherches ultérieures établissent la preuve de la correspondance biologique entre les deux formes, les deux binômes sont reconnus comme correspondant à la même espèce mais c’est le nom du téléomorphe qui devrait être utilisé.
Lorsque, pour la même espèce fongique, il y a anamorphe et téléomorphe, les deux binômes correspondants sont donnés dans le catalogue de la Collection des Champignons.
Le numéro de chaque souche de champignon est obligatoirement précédé de l’acronyme international de la collection (UMIP). Il correspond au numéro d’ordre d’intégration, suivi de l’année au cours de laquelle la souche a été déposée à la collection.
Exemple : la souche de Metarhizium anisopliae portant le numéro UMIP 1693.87 a été déposée en 1987 ; elle est la 1693ème souche déposée dans la collection.
Lorsqu’un numéro est suivi de la lette "T", c’est qu’il s’agit d’une souche type.
Le groupe de pathogénicité (1 ou 2) est celui de la liste publiée dans le Journal Officiel des Communautés Européennes, Directive 2000/54/CE du Parlement Européen et du Conseil du 18 septembre 2000.
Remise en culture des souches de champignons
D’une manière générale, les champignons filamenteux sont cultivés en routine sur un milieu gélosé à l’extrait de malt ou sur un milieu gélosé à base de pomme de terre et de dextrose (PDA), les levures sur un milieu de Sabouraud. Pour chaque souche, le milieu usuel est précisé dans le catalogue.
Dans le cas où une souche est distribuée sous forme de lyophilisat, il est recommandé de procéder de la manière suivante pour la remise en culture : ouvrir l’ampoule, reprendre le lyophilisat dans 0,1 mL de milieu de Sabouraud liquide, répartir la suspension ainsi créée sur milieu solide dans un ou deux tubes, placer les tubes ainsi ensemencés à l’étuve à la température optimale. Plusieurs jours sont généralement nécessaires pour que le champignon reprenne son développement.
Dans le cas où une souche est distribuée sous forme de lyophilisat, il est recommandé de procéder de la manière suivante pour la remise en culture : ouvrir l’ampoule, reprendre le lyophilisat dans 0,1 mL de milieu de Sabouraud liquide, répartir la suspension ainsi créée sur milieu solide dans un ou deux tubes, placer les tubes ainsi ensemencés à l’étuve à la température optimale. Plusieurs jours sont généralement nécessaires pour que le champignon reprenne son développement.
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Les symboles suivants sont utilisés dans le catalogue
Pour vos commentaires et vos questions, écrire à crbip@pasteur.fr