Epidémiologie des Maladies Emergentes : Enseignement
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Analyse de données avec Stata |
Objectifs du cours
L’enseignement comporte trois sessions, qui peuvent être prises séparément.
Chacun des trois modules d’une durée de 5 jours à temps complet, s’organise en une partie théorique le matin complétée par des travaux dirigés l’après-midi qui sont l’occasion de travailler individuellement sur des cas concrets avec le logiciel Stata.
Session 1 : Commandes Stata et tests univariés
Apprendre à explorer une base de données, en vérifier la qualité et la « nettoyer » ; initiation aux tests statistiques de base pour comparer des variables continues et discrètes entre deux ou plusieurs groupes ; calcul de la taille d’échantillon.
Session 2 : Régression logistique
Analyser une base de données et construire un modèle de régression logistique en utilisant le logiciel Stata ; prise en compte de facteurs de confusion ; prise en compte d’interaction ; construction de modèles.
Session 3 : Analyse de survie et modèle de Cox
Effectuer une analyse de survie avec le logiciel Stata (méthodes non paramétriques de Kaplan-Meier, modèle de Cox, modèles paramétriques)
Pré-requis
Session 2 : CESAM ou équivalent ou cours "Introduction à l’Epidémiologie et aux Biostatistiques et Validation des Tests Diagnostiques" (+ connaissance de Stata).
Session 3 : CESAM ou équivalent ou cours "Introduction à l’Epidémiologie et aux Biostatistiques et Validation des Tests Diagnostiques" (+ connaissance de Stata).
Ces trois sessions sont dispensées en français (décembre) et en anglais (avril).
Le cours comprendra une alternance de parties théoriques (30%) et de travaux dirigés (70%). La salle de cours est équipée de 30 postes informatiques et chaque étudiant aura son propre ordinateur pour les travaux dirigés.
Diplômes
Crédits pour le Master (2ème année) "Santé Publique et Management de la Santé" spécialité "Epidémiologie" de l’Université Pierre et Marie Curie-Paris 6, pour les étudiants inscrits dans cet établissement (Vers le tableau des masters)
Crédits pour le Mastère de l’Ecole Pasteur/ Cnam de Santé Publique (pasteur-cnam)
Modules d’Ecoles Doctorales (Vers le tableau des modules)
Planning
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Session 1 : COMMANDES STATA ET TESTS UNIVARIES |
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| Jour 1 | ||
| 9h00-9h30 | Accueil des étudiants |
A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier |
| 9h30-12h00 | Introduction à l’analyse de données sur Stata | Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 14h00-17h00 | Exploration d’un fichier de données | Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| Jour 2 | ||
| 9h00-12h00 | Création de variables | Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 14h00-17h00 | Organisation d’une base de données | Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
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Jour 3 |
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| 9h00-10h00 | Contrôle de qualité des données / nettoyage | Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 10h00-11h00 | Commandes pour faire des graphiques | Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| Jour 4 | ||
| 9h00-10h00 | Comparaison de variables continues entre deux / plusieurs groupes |
A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 10h00-11h00 | Comparaison de variables discrètes entre deux / plusieurs groupes |
A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| Jour 5 | ||
| 9h00-10h00 | Taille d’échantillon / Révisions | A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 10h00-11h00 | Examen et présentation des résultats de l’examen |
A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
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Session 2 : REGRESSION LOGISTIQUE |
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| Jour 1 | ||
| 9h00-9h30 | Accueil des étudiants | A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 9h30-10h30 | Introduction à la régression logistique | A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 10h45-12h00 | Exercices commentés | A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 14h00-17h00 | Travaux dirigés | A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| Jour 2 | ||
| 9h00-10h30 | Comment évaluer l’effet d’un facteur de confusion ? | A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 10h45-12h00 | Exercices commentés | A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 14h00-17h00 | Travaux dirigés | A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| Jour 3 | ||
| 9h00-10h30 | Comment évaluer une interaction entre deux facteurs ? | A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 10h45-12h00 | Exercices commentés | A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 14h00-17h00 | Travaux dirigés | A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| Jour 4 | ||
| 9h00-10h30 | Comment construire un modèle ? | A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 10h45-12h00 | Exercices commentés |
A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 14h00-17h00 | Travaux dirigés | A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| Jour 5 | ||
| 9h00-12h00 | Révisions | A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 14h00-17h00 | Examen | A. Fontanet, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
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Session 3 : ANALYSE DE SURVIE ET MODELES DE COX |
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| Jour 1 | ||
| 9h00-9h30 | Accueil des étudiants | A. Fontanet, Y. Madec, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 9h30-10h30 | Introduction aux analyses de survie et utilisation du logiciel Stata |
Y. Madec, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 10h45-12h00 | Exercices commentés | Y. Madec, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 14h00-17h00 | Travaux dirigés | Y. Madec, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| Jour 2 | ||
| 9h00-10h30 | Méthode de survie non-paramétrique (estimateur de Kaplan-Meier) |
Y. Madec, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 10h45-12h00 | Exercices commentés | Y. Madec, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 14h00-17h00 | Travaux dirigés | Y. Madec, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| Jour 3 | ||
| 9h00-10h30 | Méthode de survie semi-paramétrique | Y. Madec, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 10h45-12h00 | Exercices commentés | Y. Madec, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 14h00-17h00 | Travaux dirigés | Y. Madec, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| Jour 4 | ||
| 9h00-10h30 | Méthodes de survies paramétriques | Y. Madec, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 10h45-12h00 | Exercices commentés | Y. Madec, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 14h00-17h00 | Travaux dirigés | Y. Madec, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| Jour 5 | ||
| 9h00-12h00 | Révisions | Y. Madec, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
| 14h00-17h00 | Examen | Y. Madec, Lénaig Le Fouler, L. Chartier et S. Béchet |
Contacts
| Directeur | Directeur-adjoint | ||||||||
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| Chefs de travaux / Enseignants |
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