Epidémiologie des Maladies Emergentes : Enseignement

Analyse de données avec Stata

Objectifs du cours

Cette formation, comprenant 3 modules indépendants et pouvant être suivis séparément, a pour objectif de former à l’utilisation du logiciel d’analyse statistique Stata et de pouvoir s’en servir afin de mener des analyses statistiques (régression logistique et analyse de survie) sur des bases de données biomédicales.
L’enseignement comporte trois sessions, qui peuvent être prises séparément.

Chacun des trois modules d’une durée de 5 jours à temps complet, s’organise en une partie théorique le matin complétée par des travaux dirigés l’après-midi qui sont l’occasion de travailler individuellement sur des cas concrets avec le logiciel Stata.

Session 1 : Commandes Stata et tests univariés

Apprendre à explorer une base de données, en vérifier la qualité et la « nettoyer » ; initiation aux tests statistiques de base pour comparer des variables continues et discrètes entre deux ou plusieurs groupes ; calcul de la taille d’échantillon.

Session 2 : Régression logistique

Analyser une base de données et construire un modèle de régression logistique en utilisant le logiciel Stata ; prise en compte de facteurs de confusion ; prise en compte d’interaction ; construction de modèles.

Session 3 : Analyse de survie et modèle de Cox

Effectuer une analyse de survie avec le logiciel Stata (méthodes non paramétriques de Kaplan-Meier, modèle de Cox, modèles paramétriques)

Pré-requis

Session 1 : CESAM ou équivalent ou cours "Création et gestion de bases de données sous Access et Epidata".
Session 2 : CESAM ou équivalent ou cours "Introduction à l’Epidémiologie et aux Biostatistiques et Validation des Tests Diagnostiques"
(+ connaissance de Stata).
Session 3 : CESAM ou équivalent ou cours "Introduction à l’Epidémiologie et aux Biostatistiques et Validation des Tests Diagnostiques"
(+ connaissance de Stata).

Ces trois sessions sont dispensées en français (décembre) et en anglais (avril).

Le cours comprendra une alternance de parties théoriques (30%) et de travaux dirigés (70%). La salle de cours est équipée de 30 postes informatiques et chaque étudiant aura son propre ordinateur pour les travaux dirigés.

Diplômes

Diplôme de l’Institut Pasteur pour les étudiants ayant suivi l’ensemble des sessions 1 à 3 et passé avec succès les examens de fin de cours.

Crédits pour le Master (2ème année) "Santé Publique et Management de la Santé" spécialité "Epidémiologie" de l’Université Pierre et Marie Curie-Paris 6, pour les étudiants inscrits dans cet établissement (Vers le tableau des masters)

Crédits pour le Mastère de l’Ecole Pasteur/ Cnam de Santé Publique (pasteur-cnam)

Modules d’Ecoles Doctorales (Vers le tableau des modules)

Planning

 

Session 1 : COMMANDES STATA ET TESTS UNIVARIES

Jour 1
9h00-9h30 Accueil des étudiants

A. Fontanet, L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur

9h30-12h00 Introduction à l’analyse de données sur Stata L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
14h00-17h00 Exploration d’un fichier de données L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
Jour 2
9h00-12h00 Création de variables L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
14h00-17h00 Organisation d’une base de données L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur

Jour 3

9h00-10h00 Contrôle de qualité des données / nettoyage L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
10h00-11h00 Commandes pour faire des graphiques L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
Jour 4
9h00-10h00 Comparaison de variables continues entre deux / plusieurs groupes
A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
10h00-11h00 Comparaison de variables discrètes entre deux / plusieurs groupes
A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
Jour 5
9h00-10h00 Taille d’échantillon / Révisions A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
10h00-11h00 Examen et présentation des résultats de l’examen
A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur

 

Session 2 : REGRESSION LOGISTIQUE

Jour 1
9h00-9h30 Accueil des étudiants A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
9h30-10h30 Introduction à la régression logistique A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
10h45-12h00 Exercices commentés A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
14h00-17h00 Travaux dirigés A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
Jour 2
9h00-10h30 Comment évaluer l’effet d’un facteur de confusion ? A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
10h45-12h00 Exercices commentés A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
14h00-17h00 Travaux dirigés A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
Jour 3
9h00-10h30 Comment évaluer une interaction entre deux facteurs ? A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
10h45-12h00 Exercices commentés A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
14h00-17h00 Travaux dirigés A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
Jour 4
9h00-10h30 Comment construire un modèle ?  A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
10h45-12h00 Exercices commentés

A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur

14h00-17h00 Travaux dirigés A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
Jour 5
9h00-12h00 Révisions A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur
14h00-17h00 Examen  A. Fontanet,  L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur

 

Session 3 : ANALYSE DE SURVIE ET MODELES DE COX

Jour 1
9h00-9h30 Accueil des étudiants  A. Fontanet, Y. Madec, L. Le Fouler, L. Chartier et L.Tondeur
9h30-10h30 Introduction aux analyses de survie et utilisation du logiciel Stata
Y. Madec, L. Le Fouler, L. Chartier et L.Tondeur
10h45-12h00 Exercices commentés Y. Madec, L. Le Fouler, L. Chartier et L.Tondeur
14h00-17h00 Travaux dirigés Y. Madec, L. Le Fouler, L. Chartier et L.Tondeur
Jour 2
9h00-10h30 Méthode de survie non-paramétrique (estimateur de Kaplan-Meier)
 Y. Madec, L. Le Fouler, L. Chartier et L.Tondeur
10h45-12h00 Exercices commentés Y. Madec, L. Le Fouler, L. Chartier et L.Tondeur
14h00-17h00 Travaux dirigés Y. Madec, L. Le Fouler, L. Chartier et L.Tondeur
Jour 3
9h00-10h30 Méthode de survie semi-paramétrique Y. Madec, L. Le Fouler, L. Chartier et L.Tondeur
10h45-12h00 Exercices commentés Y. Madec, L. Le Fouler, L. Chartier et L.Tondeur
14h00-17h00 Travaux dirigés Y. Madec, L. Le Fouler, L. Chartier et L.Tondeur
Jour 4
9h00-10h30 Méthodes de survies paramétriques Y. Madec, L. Le Fouler, L. Chartier et L.Tondeur
10h45-12h00 Exercices commentés Y. Madec, L. Le Fouler, L. Chartier et L.Tondeur
14h00-17h00 Travaux dirigés  Y. Madec, L. Le Fouler, L. Chartier et L.Tondeur
Jour 5
9h00-12h00 Révisions Y. Madec, L. Le Fouler, L. Chartier et L.Tondeur
14h00-17h00 Examen Y. Madec, L. Le Fouler, L. Chartier et L.Tondeur

Contacts

Directeur Directeur-adjoint

Arnaud FONTANET
Institut Pasteur
Unité de Recherche et d’Expertise Epidémiologie des Maladies Emergentes

Tél : 01 40 61 37 63
Fax : 01 45 68 88 76
E.mail : arnaud.fontanet@pasteur.fr

Yoann MADEC
Institut Pasteur
Unité de Recherche et d’Expertise Epidémiologie des Maladies Emergentes

Tél : 01 40 61 38 28
Fax : 01 45 68 88 76
E.mail : yoann.madec@pasteur.fr

Chefs de travaux / Enseignants

Lenaig Le Fouler
Institut Pasteur
Unité de Recherche et d’Expertise Epidémiologie des Maladies Emergentes

Tél : 01 45 68 83 23
Fax : 01 45 68 88 76
E.mail :
lenaig.le-fouler@pasteur.fr

Loïc CHARTIER
Institut Pasteur
Unité de Recherche et d’Expertise Epidémiologie des Maladies Emergentes

Tél : 01 40 61 32 42
Fax : 01 45 68 88 76
E.mail : loic.chartier@pasteur.fr

Muriel VRAY
Institut Pasteur
Unité de Recherche et d’Expertise Epidémiologie des Maladies Emergentes

Tél : 01 40 61 39 82
Fax : 01 45 68 88 76
E.mail : muriel.vray@pasteur.fr

Laura Tondeur
Institut Pasteur
Unité de Recherche et d’Expertise Epidémiologie des Maladies Emergentes

Tél : 01 40 61 39 85
Fax : 01 45 68 88 76
E.mail : laura.tondeur@pasteur.fr


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