Epidémiologie des Maladies Emergentes : Enseignement

Pôle "Epidémiologie et Santé Publique"

Présentation générale

Le Pôle "Epidémiologie et Santé Publique" (EPI) propose depuis septembre 2003 une formation consacrée à l’épidémiologie et à la santé publique dans le domaine des maladies infectieuses et parasitaires. Cette école bénéficie de l’environnement très favorable d’un campus dédié à l’étude des maladies infectieuses, regroupant sur cette thématique près de 100 unités de recherche, 20 centres nationaux de référence, un centre médical, un centre d’information scientifique, et un centre d’enseignement.


De plus, à partir de la rentrée 2007-2008, les formations dispensées par l’EPI permettront aux étudiants qui le désirent d’acquérir un mastère spécialisé de santé publique dans la spécialisation « risque infectieux » au sein de l’Ecole Pasteur/Cnam de santé publique. Ce mastère peut être réalisé sur une ou deux années, et comprend une formation théorique couvrant l’ensemble des disciplines fondamentales de la santé publique (octobre à janvier), une spécialisation « risque infectieux » (février à mai), et un stage (juin à novembre). Les détails concernant l’inscription au mastère de santé publique sont disponibles sur le site web de l’Ecole Pasteur/Cnam de santé publique.

Présentation

Avec l’amélioration de l’hygiène et des conditions sanitaires, l’utilisation des antibiotiques et la généralisation des vaccinations, les maladies infectieuses ont connu un net recul au 20e siècle. Des maladies aussi redoutées que la tuberculose ou la pneumopathie à pneumocoques sont devenues traitables, la variole a été éradiquée, et la mortalité liée aux maladies infectieuses a chuté en l’espace d’un siècle. Cependant, depuis trente ans, la tendance s’est inversée. A la suite de changements écologiques et sociologiques, de nouveaux virus sont apparus (Ebola, VIH), d’autres ont gagné de nouveaux continents (West Nile), et de nouveaux agents ont démontré leur potentiel infectieux (prion de la variante de la maladie de Creutzfeld-Jakob). La recherche sur les vaccins contre le VIH et le paludisme s’avère plus complexe que prévue, et l’apparition de résistances aux anti-infectieux compromet la prise en charge des patients atteints de maladies bactériennes, virales, et parasitaires.

Face à cette situation, la communauté scientifique s’est mobilisée. Une révolution biotechnologique est en cours avec le séquençage du génome des agents infectieux, permettant la mise au point de nouveaux tests diagnostiques (EIA, PCR, puces à ADN), l’identification d’agents non cultivables (ex : le virus de l’hépatite C), la mise au point de nouveaux traitements antiviraux, et le développement de vaccins selon des principes originaux (vaccinologie réverse). De nouvelles disciplines de recherche sont nées, telles la pharmaco-épidémiologie, l’analyse de risque, l’utilisation des systèmes d’information géographique. L’approche des problèmes infectieux en santé publique est devenue multidisciplinaire, associant microbiologistes, épidémiologistes, cliniciens, généticiens, immunologistes, vétérinaires, entomologistes, sociologues, anthropologues, et autres spécialistes.

Il est donc important de proposer aujourd’hui une formation originale centrée sur l’épidémiologie et la santé publique à tous ceux qui souhaitent mieux comprendre ces bouleversements et dégager des réponses adaptées à chaque situation. C’est l’objet de l’Ecole Pasteurienne d’Infectiologie (EPI), créée par l’Institut Pasteur. L’EPI bénéficie du concours de spécialistes d’Universités françaises et étrangères et de nombreux autres organismes impliqués dans les actions de santé publique : Réseau International des Instituts Pasteur, Agences sanitaires et Centres Nationaux de Référence, INSERM, IRD, CIRAD, INRA, Ecoles Nationales Vétérinaires, etc.

Objectifs

Former des épidémiologistes et des spécialistes de santé publique dans le domaine des maladies infectieuses et parasitaires.

Public concerné

L’EPI ne s’adresse pas aux seules professions médicales, mais également à toutes les personnes intéressées par la recherche et l’expertise dans le domaine du risque infectieux : économistes, sociologues, géographes, spécialistes du développement, ingénieurs sanitaires, fonctionnaires des services centraux de l’Etat, administrateurs des établissements de soins, personnels des industries agro-alimentaire et pharmaceutique, des collectivités locales, des ONG, des organisations internationales, des groupes d’assurance, etc. Quelle que soit l’orientation des études préalablement suivies (médecine humaine ou vétérinaire, biologie, sciences sociales, économie,…), les étudiants concernés sont issus des UFR des Universités, des CHU ou des Ecoles vétérinaires, des Grandes Ecoles, ou en cours d’étude dans ces établissements à un niveau au moins équivalent à Baccalauréat + 3. Les étudiants étrangers devront avoir un niveau équivalent.

Programme

L’enseignement regroupe plusieurs cours pouvant être pris indépendamment ou selon des cursus prédéfinis (voir mastère spécialisé de santé publique). L’accent est mis sur les formations pratiques, alliant études de cas et travaux dirigés. Cette école bénéficie du concours de nombreux spécialistes de l’Institut Pasteur, mais également d’universités françaises et étrangères et de nombreux autres organismes impliqués dans les actions de santé publique : Réseau International des Instituts Pasteur, Agences sanitaires et Centres Nationaux de Référence, INSERM, IRD, CIRAD, INRA, Ecoles Nationales Vétérinaires, etc.
Les étudiants n’ayant pas de formation préalable en épidémiologie et biostatistique, et souhaitant suivre les cours « surveillance, alerte, et investigations d’épidémies », « essais cliniques et maladies infectieuses », et « arthropodes vecteurs et santé humaine » sont invités à s’inscrire à la session 2 du cours « épidémiologie et biostatistique ».

Diplômes

La participation à chacun des cours de l’EPI conduit à la délivrance d’un diplôme de l’Institut Pasteur. Certains cours permettent également de valider un diplôme universitaire ou des crédits de master (ECTS).

Liste des cours

Essais cliniques et maladies infectieuses et tropicales (ECMIT)

(A. Fontanet et M. Vray)
. Méthodologie des essais cliniques
. Applications aux maladies infectieuses et tropicales
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Analyse des données avec Stata

(A. Fontanet, L. Le Fouler, L. Chartier et L. Tondeur)
. Introduction à l’analyse de données sur Stata
. Régression logistique sur Stata
. Analyse de survie sur Stata (avec Y. Madec)
Page web

Création et Gestion de Bases de Données sous Microsoft Access et Epidata

(L. Chartier et S. Béchet)
. Les différentes étapes du Data Management
. Introduction aux bases de données
. Introduction à Microsoft Access
. Création de masques de saisie sous Epidata
Page web

Introduction aux Biostatistiques

(A. Fontanet, M. Vray, L.Chartier, L. Le Fouler)
. Notions de variabilité

. Indices de dispersion, position
. Loi Binomiale et Normale
. Intervalle de confiance

.
Théorie des tests
. Principaux tests statistiques (paramétriques et non paramétriques)

Page web
 

Validation des tests diagnostiques

(M. Vray, L.Chartier)
. Différentes phases d'évaluation d'un test diagnostique

. Reproductibilité
. Principales mesures d'évaluation
. Biais

Page web

Circulation des agents infectieux et maîtrise du risque (CAIMR)

(A. Gessain et R. Houin)
. Relation hôte – agent infectieux
. Notions d’éco-épidémiologie des maladies infectieuses
. Surveillance des maladies infectieuses et maîtrise du risque
. Situations épidémiologiques
Page web

Sécurité sanitaire des aliments et Analyse des risques (SEC ALIM)

(R. Pouillot et JC Augustin)
. Maladies d’origine alimentaire et impact économique
. Microorganismes pathogènes et contamination des aliments
. Législation
. Analyse de risques
Page web

Sécurité Transfusionnelle Infectieuse

(JJ. Lefrère et Pr Edward L. Murphy)
. Description des modes de sélection des donneurs de sang
. Description des procédures utilisées en laboratoire pour la qualification des dons
. Formation à la recherche épidémiologique et clinique en vue de l’organisation et de la réalisation d’études sur la sécurité transfusionnelle
Page web

Génétique humaine et maladies infectieuses (GEN HUM)

(L. Quintana-Murci et L. Abel)
. Variabilité du génome humain et génétique des populations : concepts généraux
. Analyse de la variabilité du génome et de la sélection exercée par les agents infectieux
. Identification des facteurs génétiques humains dans les maladies infectieuses
Page web

Arthropodes vecteurs et Santé humaine (AVSH)

(Paul Reiter - Vincent Robert)
. Histoire naturelle, écologie et transmission de maladies transmises par les arthropodes.
. Méthodes de laboratoire, de terrain, télédétection, modélisation mathématique.
Page web

Surveillance, alerte et investigation des épidémies

(Paul Reiter - Jean-Baptiste Meynard)
. Méthode de base en épidémiologie descriptive et analytique.
. Méthode dans le domaine de la surveillance épidémiologique.
. Réalisation d’enquêtes de santé publique.
Page web

Vaccinologie

(A. Phalipon - F. Tangy)
. Introduction aux aspects immunologiques de la vaccination.
. Introduction à la caractérisation des antigènes protecteurs à l’ère post-génomique.
. Les principes de base des essais pré-cliniques et cliniques.
. Les enjeux du développement de vaccins contre les maladies émergentes et négligées.
. Les aspects socio-économiques de la vaccination à l’échelle sociétale.
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Modélisation des Maladies Infectieuses

(P-Y. Boëlle - R. Breban)
. Formalisation de l’histoire naturelle d’une maladie infectieuse sous forme de modèle compartimental
. Méthodes de résolution déterministe et stochastique
. Méthodes d’analyse basées sur les processus de branchements
. Utilisation de données décrivant les réseaux sociaux complexes
. Analyse d’incertitude et de sensibilité des modèles
. Taux de reproduction d’une épidémie
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