Centre d’Informatique pour la Biologie


Rattaché à la DSI
(Direction des Systèmes d’Informations), le CIB (Centre d’Informatique pour la Biologie) a pour objectif de répondre aux besoins informatiques des scientifiques du campus par le développement, la mise à disposition et le déploiement d’outils, ou par une expertise informatique.

Les missions du CIB sont les suivantes :

  • proposer, à destination de l’ensemble des unités du campus,  des développements informatiques (interfaces web, bases de données, développements d’outils, automatisation, scripts, parallélisation & calcul haute performance) : les prestations de services informatiques se font sur projet  en étroite collaboration avec les scientifiques
  • effectuer une veille technologique et proposer des thèmes d’innovation informatique ; apporter de l'assistance, du conseil et de l'expertise sur ses activités
  • organiser des cycles de formations en bio-informatique ; animer la communauté bio-informatique du campus notamment sur la dimension informatique
  • offrir aux biologistes des outils performants et les banques de données nécessaires à la bio-analyse, installer de nouveaux outils à leur demande.
  • collaborer avec les différentes plateformes bio-informatiques françaises ou étrangères : le CIB, en liaison avec la plateforme PFBaG, héberge en la plateforme bio-informatique Pasteur. La plateforme Pasteur est labélisée par le GIS-IBISA, et fait partie des réseaux APLIBIO – RENABI.
  • valoriser les outils développés par l’Institut Pasteur
  • mettre à disposition du campus des experts informatiques pour accompagner les projets de recherche, notamment en réalisant des détachements temporaires.
  • maintenir en condition opérationnelle l’ensemble des services proposés et formant le SI Pasteur
Les outils bio-informatiques sur la plateforme de l’Institut Pasteur sont disponibles, soit par l’interface mobyle (ouverte à tous), soit directement en ligne de commande sous unix (accès restreint aux pasteuriens).
Logiciels pour la biologie : ce moteur de recherche vous permet de rechercher un outil en mode full-text, par sujet, ou type d’opération (catégories EDAM), de visualiser les banques disponibles, de voir les derniers outils installés et de connaître les outils développés à l’Institut Pasteur

Vous trouverez plus d’informations sur la page intranet du CIB

Activités récentes :

Logiciels pour la biologie

Les scientifiques ont accès à un ensemble croissant de 230 paquetages regroupant environ 1350 programmes. De nouvelles applications sont ajoutées à la demande des biologistes qui ont besoin d’utiliser ces nouveaux logiciels. En complément, nous avons construit 280 interfaces Web qui donnent à l'utilisateur un accès convivial à la plupart des logiciels installés localement.
http://bioweb2.pasteur.fr/

Développement individuel

Un développement ou un déploiement de logiciels scientifiques sont proposés aux chercheurs qui ont besoin de nos compétences pour leurs projets ou pour présenter leurs résultats, en utilisant les techniques du Web et des bases de données. Récemment, nous avons ajouté une étape d’étude et de spécification pour chaque nouveau projet.

Le projet Mobyle

Son but est de fournir un portail d’accès convivial pour présenter les logiciels de bioinformatique. Ce portail est ouvert pour le campus et pour l'extérieur, c’est un service comparable à ceux que fournissent le NCBI, l'EBI ou le SIB aux chercheurs du monde entier.
In 2009-2011, Mobyle s’est inscrit dans deux collaborations:
  • MobyleNet : Mobyle bioinformatics portal Network, projet incluant 9 plateformes ReNaBi en France.
  • BMID : collaboration avec le NIAID/NIH pour créer une interface utilisateur commune pour publier des outils sur le Web et améliorer leur usage auprès des scientifiques.
http://mobyle.pasteur.fr

Banques de données pour la biologie

Les banques de données sont mises à jour fréquemment. Les banques originales sont accédées pour créer des copies locales. La difficulté de la tâche réside dans le volume important des données à gérer. La place occupée sur disques pour la totalité des formats représente au total 4,7 To. Actuellement 40 banques sont disponibles, dont Embl, GenBank, RefSeq, Uniprot, Nrprot, Genpept et Pdb.

Bases de données

Un outil « BiblioList » a été développé pour nettoyer, mettre à jour ou insérer une nouvelle référence bibliographique dans GenoList. Les publications sont automatiquement liées soit par le nom du gène, soit par la description du gène de  l’organisme à mettre à jour. Les résultats doivent être validés par l’annotateur pour être exportés.

Maintenance et développement de logiciels pour le Centre de Ressources Biologiques de l’Institut Pasteur

Nous maintenons BRC-LIMS, le logiciel de gestion de collections de ressources biologiques du CRBIP.
Ce système est utilisé par 24 collections de micro-organismes (bactéries, virus, cyanobactéries et champignons) sur le campus, mais également à l'extérieur, par d'autres CRB partenaires (CIRM-INRA, CRB-Leishmania, CRB-Toxoplasma).
Ce logiciel récent (mis en production en janvier 2013) est le fruit d'un projet soutenu par IBiSA.
Cette application permet de gérer toutes les données se rapportant à l'acquisition, à  la caractérisation, à la production, à  la conservation ainsi qu'à  la distribution des ressources biologiques, tout en étant générique, portable, interopérable et ergonomique.
Dans ce contexte, nous maintenons également l'application web FBRCMi-catalog  qui fait office de catalogue commun pour l'ensemble des CRB partenaires du projet BRC-LIMS.
Nous développons et maintenons aussi l'application Web CRBIP-catalog permettant la visualisation du catalogue du CRBIP et la création de commandes.

Formation de bioinformatique

Un cours de bioinformatique est inclus dans le cours de master 2 « Analyse des Génomes ».

Contribution au « séquençage à haut débit »

Nous sommes en charge de l’installation et du développement des logiciels spécifiques requis pour l’analyse NGS. Le pipeline est installé par notre groupe, pour être utilisé par les chercheurs du campus. La parallélisation a été ajoutée pour accélérer les applications demandant beaucoup de temps calcul sur le cluster (le temps a été divisé par 30.
L’outil de visualisation de génomes GBrowse a été installé sur le serveur de la Génopole pour manipuler et afficher les données produites à l’IP. Cet outil permet aux chercheurs de découvrir, confirmer ou réannoter des génomes précédemment séquencés et annotés. Il permet de se pencher sur des régions spécifiques du génome pour identifier des gènes d’intérêt pour développer de nouvelles attaques et solutions contre les virus et les bactéries et les virus.

Aujourd’hui l’organisation du cluster est en refonte pour suivre la demande de calcul du séquençage à haut débit, avec plus de charge de calcul, plus de mémoire et plus de débit en entrée-sortie.