Ingénieur Bio-Informaticien H/F
réf : 12255LN
MAJ : 16/01/2013
Définition du poste
Un poste d’Ingénieur bio-informaticien (H/F) est à pourvoir à l’Institut Pasteur pour un CDD de 12 mois, dans le cadre d'un programme pluridisciplinaire, mené par deux équipes de l’Institut Pasteur.
Activité :
Vous serez chargé(e) de poursuivre la conception d’un environnement d'analyse de données issues du séquençage à très haut débit. Vous finaliserez l'intégration des outils d'analyse bio-informatique développés par les partenaires du projet dans le système de gestion de « workflow » Galaxy. La mission principale aura pour objectif la conception d’une interface web permettant de consulter les analyses déjà effectuées, les résultats obtenus sur les échantillons traités mais aussi de lancer de nouvelles analyses bio-informatiques. Cette interface sera en communication avec les bases de données pour la gestion des analyses et l’interprétation des résultats ; ces bases de données existent déjà, mais il faudra les pérenniser et éventuellement les adapter. La quantité de données à traiter ne cessant de croître, un important travail d'optimisation sera à réaliser. Cela concernera le choix et l’amélioration des méthodes d’analyse, mais aussi leur intégration dans des environnements informatiques de calcul intensif.
Profil : Diplôme d’ingénieur / Master 2 en bio-informatique, ou informatique complété par une expérience en biologie.
Compétences:
Maitrise indispensable de la programmation, notamment connaissance des languages de scripts (Python de préférence) et de la programmation d'interfaces web
Maîtrise des bases de données relationnelles (My/PgSQL),
Connaissance des systèmes de gestion de « workflow », si possible Galaxy,
Maîtrise de l'environnement UNIX et des systèmes de gestion de versions (SVN / Hg ou Git),
Constituerait un plus : une première expérience d’utilisation de frameworks web tels que Django, Symfony ou Play,
Expérience dans le domaine du traitement des données NGS appréciée,
Aptitude au travail en équipe multidisciplinaire,
Anglais : lu et écrit.