Ingénieur informatique H/F
réf : 12172CP
MAJ : 20/09/2012
Définition du poste
Un poste d’Ingénieur Informatique « Pipeline de Séquençage » est à pourvoir au sein du Centre d’informatique pour la Biologie (CIB).
Rattaché à la Direction déléguée aux systèmes d’information de l’Institut Pasteur, le Centre d’Informatique pour la Biologie (CIB) a en charge la réponse aux besoins informatiques des scientifiques du campus.
Dans le cadre de ses missions, le CIB met à disposition du campus des logiciels scientifiques, des banques de données et un portail Web d’accès aux ressources bio-informatiques disponibles pour l’institut. Le CIB fait également évoluer le SI existant en développant de nouvelles fonctionnalités et en intégrant de nouveaux outils demandés par les scientifiques.
Le CIB intervient tout particulièrement en soutien à la Genopole de l’Institut Pasteur qui réunit un ensemble d’équipements de pointe et de compétences scientifiques pour la réalisation de projets en génétique et génomique. Une étape importante de ces projets concerne la liaison entre la production des données informatisées par les équipements de pointe et l’analyse des données utiles par les équipes scientifiques. Cette étape d’acquisition, de traitement et de mise en qualité des données est désignée par le terme de « Pipeline Illumina ».
Tâches principales :
Rattaché(e) au responsable du CIB, vous serez chargé(e) :
- de l'installation et la maintenance du pipeline Illumina sur les serveurs centraux,
- du développement et de la maintenance des applicatifs/automates utilisant ce pipeline,
- de l'optimisation des outils d'analyse utilisés pour le traitement de données volumineuses issues du NGS.
Profil :
Diplômé BAC + 5 (écoles d’Ingénieur) ou équivalent, vous disposez des compétences suivantes :
- Très bonnes connaissances de l'environnement UNIX.
- Très bonnes connaissances des langages de programmation C et de scripting (Perl, Python).
- La connaissance des systèmes de batch (SGE) serait un plus.
Compétences :
Idéalement vous disposez également de connaissances en biologie et analyses génomiques ainsi qu’en outils bioinformatiques dédiés aux analyses génomiques, et en particulier aux NGS.
Vous savez travailler en équipe. Vous parlez anglais couramment. Vous savez être force de proposition. On vous reconnaît des qualités de méthodes et de rigueurs, même lorsque vous devez gérer plusieurs sujets en parallèle.