Bioinformatics tools in protein sequence and structure analysis Course

Ce cours sera présenté en anglais.

Ce cours théorique et pratique a pour but de former à l'utilisation d'outils bioinformatiques pour retrouver, visualiser, comparer et analyser des séquences et des structures de protéines. Les candidats doivent avoir une bonne pratique de l'utilisation des navigateurs sur ordinateur et un niveau de la fin de première année de Master ou une formation en biologie moléculaire ou biochimie. Aucune pratique en programmation informatique n'est requise.

Recherche de séquences et de groupes de séquences dans les banques publiques (BLAST, PSI-BLAST, PHI-BLAST, HMM search). Recherche à partir de motifs flous (Motif). Generation de profils à partir de groupes de sequences (Jalview, Logo, HMMer). Alignement de 2 sequences, de sequences multiples (Align, Alix, ClustalW/X, 3D-Coffee). Operation logiques, auto et correlations croisées sur des groupes de sequences (Evoluswap). Recherche de peptide signaux (SignalP), de segments transmembranaires (TMHMM), de sites de glycosylation, de sites d'acylation, de sites de phosphorylation. Recherche de signatures fonctionnelles (Prosite). Prédiction de structures secondaires et tertiaires et construction de modèles 3D par homologie (Psi-pred, SCWRL, Swiss-model, Modeller, Robetta). Validation des modèles (Colorado3D). Affichage des résidus conservés durant l'evolution et reconnaissance des résidus important pour le maintien de la structure ou de ses fonctions (Colorado3D). Recherche de sites compatibles avec la fixation de ligands (SUMO).

Chaque élève disposera d'un ordinateur relié sur le reseau interne et externe. L'ensemble des travaux pratiques et les corrections seront accessibles sur le portail du cours.

Validations :
Un diplôme de l'Institut Pasteur sera délivré aux étudiants ayant passé avec succès l'examen de fin de cours,
Modules d’Ecoles Doctorales (lien vers la page des modules).

Plein temps, du 16 au 21 juin 2014

Nombre d'élèves : 16

Clôture des inscriptions : 15 mars 2014

Inscription en ligne : cliquez ici

Membres du Comité du Cours :

O. Ozier-Kalogéropoulos (Institut Pasteur), C. Parsot (Institut Pasteur) et Thierry Rose (Institut Pasteur).