Plate-Forme Génomique (PF1)
Le séquençage des chromosomes demeure le point de départ inévitable de la Génomique. Plusieurs organismes modèles ou agents infectieux sont étudiés parmi les bactéries, champignons et levures. Ainsi la diversité des génomes étudiés et la génomique fonctionnelle permettent de mieux appréhender les mécanismes de virulence et d’envisager de nouvelles approches pour le contrôle des microorganismes bactériens ou fongiques.
La Plate-forme Génomique réalise des projets collaboratifs avec différentes équipes de l’Institut Pasteur. Ces projets de génomique à grande échelle sont réalisés en utilisant des procédures semi-automatisées. Bien que l’essentiel des projets soient consacrés au séquençage de génomes complets de microorganismes, la Plate-forme s’occupe aussi de séquençage de collections d’EST <<Expressed Sequence Tag>> et de typage moléculaire.
Formulaire à téléchager : Demande de projets de séquençage -technique Sanger
La Génopole de l’Institut Pasteur dispose depuis juillet 2008 d’un séquenceur à très haut débit, un Genome Analyzer II (Illumina/Solexa). Cet appareil est utilisé conjointement avec la Plate-forme Puces à ADN (PF2). Le GAII permet la réalisation de projets de re-séquençage de génomes, de séquençage de novo, d’analyse de la méthylation d’ADN, d’analyse du transcriptome, des interactions proteines-acides nucléiques (ChIP-seq).
Formulaire à téléchager : Demande de projets de séquençage à très haut débit - GAII
La Plate-forme Génomique est rattachée au Département Génomes et Génétique.
Exemples de collaboration :
- Collaboration avec la Collection de l’Institut Pasteur sur la recherche sur l’identification et la classification des bactéries basée sur les séquences d’ARN ribosomique 16S
- Collaboration avec l’Institut Pasteur de Madagascar sur l’analyse moléculaire de la diversité allélique de gènes de Plasmodium falciparum impliqués dans la résistance aux anti-paludéens
Leptospira biflexa - collaboration avec le laboratoire des Spirochètes - Picardeau M., et al., 2008 PLoS ONE
