ENDNOTE 9

Introduction

puce jaune Logiciels de gestion de bibliographie
puce jaune Objectifs de la formation
puce jaune Panorama des logiciels de gestion de bibliographie
puce jaune EndNote à l'Institut Pasteur
puce jaune Gérer ses bibliographies
puce jaune Les nouveautés de la version 9
puce jaune Installation du plug-in "Cite While You Write "

Les bibliothèques de références
puce jaune Ouverture/fermeture des bibliothèques
puce jaune Description d'une bibliothèque
puce jaune Les références
puce jaune Description d'une référence
puce jaune Création des références
puce jaune Typologie des documents
puce jaune Modification des références
puce jaune Rechercher dans une référence
puce jaune Insertion d'images, de figures ou de tableaux
puce jaune Lier une référence à...

Opérations sur les bibliothèques
puce jaune Les recherches
puce jaune Les tris
puce jaune Les dictionnaires
puce jaune Mise à jour des dictionnaires
puce jaune Utilisation concrète des dictionnaires
puce jaune Cas particulier du dictionnaire des journaux

Importation de références
puce jaune Importations depuis les bases de la Médiathèque scientifique de l'Institut Pasteur
puce jaune Description d'un filtre
puce jaune Création, modification d'un filtre

Edition de documents
puce jaune Les styles
puce jaune Créer un nouveau style
puce jaune Insérer des citations
puce jaune Composer la bibliographie
puce jaune Utilisation des modèles de manuscrits
puce jaune Edition de bibliographies thématiques
puce jaune Copier des références formatées

Ressources disponibles
puce jaune Sur internet


Introduction

puce jaune Logiciels de gestion de bibliographie Retour haut de page
Logiciels permettant de gérer de façon individuelle des fichiers de références bibliographiques alimentés manuellement ou automatiquement, et de les formater et reformater à volonté en vue de les intégrer à des publications, ou de les éditer en tant que telles.

puce jaune Objectifs de la formationRetour haut de page
Prendre connaissance de EndNote 9 :
puce jaune créer et manipuler des fichiers de références bibliographiques
puce jaune importer des références depuis des bases de données
puce jaune intégrer des citations dans un texte et formater automatiquement une bibliographie.

puce jaune Panorama des logiciels bibliographiquesRetour haut de page
Il existe plusieurs logiciels de ce type sur le marché. Les plus fréquemment rencontrés (et notamment présents sur le campus de l'Institut Pasteur) sont EndNote, Reference Manager et Procite. Citons également Bibliographix, Citation, Library Master, Papyrus, Bibliogic, Bookends Plus...

Quelques critères de comparaison entre ces logiciels :
puce jaune les formats de références disponibles (et la possibilité d'en créer de nouveaux)
puce jaune la possibilité de générer une liste de références à partir d'un traitement de texte
puce jaune les formats d'édition fournis (et la possibilité d'en créer de nouveaux)
puce jaune la possibilité d'importer depuis différentes sources bibliographiques
puce jaune la capacité de la base (nombre de références et taille des champs)
puce jaune les outils de recherche (utilisation d'opérateurs...) et de tris dans les bibliothèques de références
puce jaune les options, comme chez EndNote l'interfaçage avec un traitement de texte, ou chez BiblioMacPC, la possibilité d'éditer des demandes de tirés à part, photocopies... directement à partir de formulaires intégrés.
Pour plus d'informations, vous pouvez consulter le site de l'ISI pour une comparaison de leurs quatre logiciels (EndNote, Reference Manager, Procite et WriteNote) : http://www.isiresearchsoft.com/rscompare.asp

puce jaune EndNote à l'Institut PasteurRetour haut de page
La présence en réseau de plusieurs bases bibliographiques (Medline, les Current Contents, Science Citation Index et Biosis), accessibles par PubMed ou le Web of Knowledge de l'Institute for Scientific Information, représente une source importante d'informations dans laquelle l'étudiant ou le chercheur peut puiser depuis son bureau. Il possède donc les outils nécessaires à la gestion de son propre "stock" bibliographique ; le module d'importation permettant très facilement de récupérer des notices issues de ces bases bibliographiques afin de les importer dans EndNote. Une partie du cours sera consacrée à l'importation des données.

puce jaune Gérer ses bibliographiesRetour haut de page
puce jaune Faire ses recherches méthodiquement et régulièrement
puce jaune Cibler les sources principales
puce jaune Sélectionner les sources et contrôler les contenus
puce jaune Elaborer des stratégies adaptées
puce jaune Ne pas accumuler sans discernement.

puce jaune Les nouveautés dans Endnote 8 et 9Retour haut de page
puce jaune Supporte le format Unicode. La gestion des références se fait désormais dans n'importe quelle langue, quels que soient l'alphabet, les caractères et l'accentuation
puce jaune Taille illimitée des bases de données. La version précédente se limitait à 32,000 références. Vous pouvez ajouter à vos références jusqu'à 50K ou 10 pages de texte.
puce jaune ï Nouveaux types de référence : journaux électroniques, livres électroniques, rapport de conférence ouvrage non publié, entre autre....
puce jaune Elaborer des stratégies adaptées
puce jaune Champs additionnels : numéro de ressource électronique (doi), lien vers un fichier pdf, notes de recherche, date d'accès, date de dernière modification,auteur traduit, titre traduit, nom de la base de données, éditeur de la base de données, langue

puce jaune Installation des fonctions "Cite WhileYou Write" dans Word Retour haut de page
EndNote Plug-in Module pour Microsoft Word

EndNote fonctionne avec la plupart des logiciels de traitement de texte utilisés sous MacIntosh (MacWrite, MacWrite II, MacWrite Pro, Microsoft Word, WordPerfect, WriteNow, Nisus, FrameMaker...). Néanmoins, le logiciel est livré avec un module spécifique, le EndNote Plug-in Module for Microsoft Word, qui permet d'utiliser EndNote depuis "l'intérieur" même de Microsoft Word, en ajoutant à celui-ci des commandes dans le menu "Outils".

Figure 1

Fig.1: Le menu Outils de Microsoft Word X après installation du Plug-In Module


Pour cela, il faut aller placer les fichiers "EndNote7 CWYW commands" et "EndNote7 CWYW word X" du dossier "Word X" de "Cite While You Write" d'EndNote dans votre menu de démarrage Word. Vous trouverez ce dernier sur votre disque dur dans le dossier "Microsoft office X", "Office", puis "Démarre", puis "Word X".



Retour haut de page Les bibliothèques de références (= Libraries)

Un fichier contenant des références dans EndNote est appelé Library, c'est-à-dire Bibliothèque. Nous emploierons donc ce terme de bibliothèque, ou bibliothèque de références, pour les désigner.

Figure 2

Fig.2: Une bibliothèque ouverte


Une bibliothèque est donc un ensemble de références, chacune étant assimilée à une fiche, et pouvant correspondre à des types de documents différents. Voir plus loin quelques éléments indispensables de typologie des documents.

EndNote permet de gérer plusieurs bibliothèques simultanément. Il est en effet pratique de pouvoir répertorier ses références sous plusieurs fichiers différents : bien que les tris soient faciles à effectuer, par date, mots-clés ou autre, les faibles volumes sont toujours plus faciles à manipuler. Il est d'ailleurs fortement recommandé de toujours effectuer une sauvegarde d'une bibliothèque avant toute modification (Menu File/Save a Copy...).


puce jaune Ouverture/fermeture des bibliothèquesRetour haut de page

Figure 3

Fig.3: La barre de menu de EndNote


puce jaune Création d'une bibliothèque : à partir du menu File/New... Attribuer un nom et une destination comme pour tout fichier.

puce jaune Ouvrir une bibliothèque : Si EndNote n'est pas ouvert, cliquer sur l'icone de la bibliothèque. EndNote sera lancé simultanément. Si EndNote est déjà ouvert, menu File/Open... .

Le menu EndNote/Preferences ... permet, entre autres, de choisir une bibliothèque qui sera ouverte automatiquement à chaque fois que vous lancerez EndNote 7 (votre bibliothèque principale ou unique), mais aussi les champs visualisables dans la bibliothèque ou encore le mode de sélection des doublons.

puce jaune Description d'une bibliothèque Retour haut de page
Nom de la bibliothèque. Les possibilités d'écriture des noms de bibliothèques sont les mêmes que pour tout autre fichier MacIntosh.

Références affichées. IMPORTANT : la mention Showing x references out of y, permet de savoir si la bibliothèque entière, ou seulement une partie est affichée. En effet, on peut choisir de n'afficher dans la fenêtre que les références sélectionnées (voir sélection des références) en utilisant le menu References/Show Selected (en alternance avec Show All = "pomme" M pour voir toutes les références). Après une recherche, seules les références correspondant au résultat de la recherche sont affichées dans la fenêtre de la bibliothèque. De nombreuses opérations (recherches, tris, modifications...) ne sont effectuées que sur les références présentes à l'écran. Certaines proposent l'alternative : la commande concerne toutes les références de la bibliothèque,  ou bien la commande ne concerne que les références affichées.

Affichage des références : une ligne par référence, avec de gauche à droite, la signalisation d'image, le nom de l'auteur, l'année et le titre. Par défaut, les références sont affichées par ordre alphabétique d'auteurs (voir fig. 2). Pour changer de critère de tri, cliquez sur l'intitulé de la colonne et pour changer l'ordre du tri, cliquez sur la flèche à droite de la colonne.
On peut ouvrir plusieurs bibliothèques (plusieurs fenêtres) simultanément.
Refermer une bibliothèque, File/Close Library ou fermer la fenêtre.

Détruire une bibliothèque : simplement tirer son icône vers la poubelle.

Figure 4

Fig.4: Jeter une bibliothèque


puce jaune Les référencesRetour haut de page
Numérotation des références. Les références reçoivent un numéro à la création. Ce numéro leur est propre et sera perdu si la référence est détruite. Le numéro d'une référence détruite ne peut pas être réutilisé.

Sélection des références. Dans une bibliothèque ouverte, on peut opérer des sélections. Pour une référence, cliquer une fois sur la ligne auteur/année/titre. Pour la désélectionner, cliquer à nouveau dessus, mais en appuyant sur la touche "pomme" en même temps. Pour sélectionner plusieurs références consécutives, cliquer sur les lignes souhaitées en maintenant la touche Shift enfoncée. Pour faire une sélection discontinue, cliquer sur les lignes souhaitées en maintenant la touche "pomme" enfoncée. Pour sélectionner toutes les références, menu Edit/Select All ("pomme"A). Pour dé-sélectionner, même opération.


Figure 5

Fig.5: Sélectionner des références


Ouverture des références. Toutes les références sélectionnées (dans la limite de 10) seront ouvertes quand vous utiliserez le menu References/Edit, ou lorsque vous ferez un double-clic sur une d'entre elles.

puce jaune Description d'une référenceRetour haut de page

Figure 6

Fig.6: Une référence ouverte


Le titre de la fenêtre est composé du nom de l'auteur, année #numéro de la notice dans la bibliothèque. Exemple : Chandler, 1968 #40 (ce numéro correspond à son numéro d'entrée).

Le type de document (Reference Type)(voir Typologie des documents) est une liste déroulable.

Les différents champs et leur contenu .Tous les champs existant pour un type de document sont affichés pour chaque référence, même si ces champs sont vides (n'ont pas été saisis ou alimentés).


Fermeture des références. Fermer les fenêtres avec la souris (une par une) ou menu File/Close Reference pour fermer la fenêtre active. Fermer toutes les références ouvertes : appuyer simultanément sur "pomme" et "alt" en cliquant sur la croix en haut à gauche de la référence active.

Destruction de références. Menu References/Delete... ("pomme" D). Rappel : une référence détruite emporte avec elle son numéro.

Prévisualisation des références. Menu Tools/Show Preview... Cette fonction permet de visualiser la première référence sélectionnée dans le style prédéfini, directement dans la bibliothèque.

puce jaune Création de référencesRetour haut de page

Figure 7

Fig.7: Créer une nouvelle référence


Création. Menu References/New ("pomme" N).On ne peut pas créer de référence en dehors d'une bibliothèque. On ne peut créer de nouvelle référence si une autre est déjà ouverte.

Par défaut, le type de document est le type Journal Article. Pour le modifier, cliquer sur ce nom pour ouvrir la liste.

En fonction du type choisi, les champs proposés pour construire la référence seront différents.

puce jaune Typologie des documentsRetour haut de page
EndNote est destiné à traiter des documents de type secondaire (des références), c'est-à-dire des descriptions de documents primaires (ou documents complets, en texte intégral). C'est l'origine du contenu, la forme première de son édition qui détermine ensuite le type de description : articles, communications effectuées lors de congrès, ouvrages ou parties d'ouvrages, thèses, rapports, brevets... Dans chacun de ces cas, si on trouve des informations descriptives communes (auteur, titre et année), les autres éléments pourront être très différents.
Ainsi pour un article : le titre du journal, son ISSN, le volume, le numéro... ne se retrouveront pas dans d'autres types de documents. Pour un brevet : le numéro d'enregistrement. Pour un congrès : le lieu, l'intitulé, les dates... Chaque élément de l'information descriptive, sera donc introduit dans une zone de saisie particulière appelée champ. Par conséquent, on ne mettra pas dans des champs de même intitulé des informations de nature différente (sauf champ Notes).


puce jaune Modification des référencesRetour haut de page
puce jaune Les champs bibliographiques
Pour accéder au contenu d'un champ, cliquer dessus : on est alors en mode écriture, avec les fonctions élémentaires d'un traitement de texte.
Pour passer d'un champ à un autre, utiliser la touche de tabulation (déplacement dans la liste des champs de haut en bas).
Pour revenir en arrière, taper Shift et tabulation simultanément.
Aucun champ n'est obligatoire. Il suffit qu'un champ soit rempli pour que la notice soit créée.


puce jaune Modifications globales
Remplacer du texte. Menu Edit/Change text... ("pomme" R) s'applique à tous les champs simultanément (Any field) ou à un seul, qui contiennent le texte à remplacer. On peut spécifier Match case pour respecter la casse  (alternative majuscule/minuscule) dans le texte recherché. Attention : dans la plupart des cas, on maintiendra Match Words : les modifications s'appliquent strictement aux termes recherchés en tant que mots complets et non en tant que parties de mots (ex. : gas --> air. Sinon on obtiendra "airtrique" pour "gastrique")
Retain capitalization : appliquer la même casse au texte de remplacement que celle du texte remplacé (à éviter). S'applique aux références affichées seulement.

Figure 8

Fig.8: Remplacer du texte


Modification du contenu d'un champ. Menu References/Change and Move Fields... On peut ainsi : insérer du texte au début ou à la fin du champ, remplacer le contenu complet d'un champ, vider la totalité d'un champ.


Figure 9

Fig.9: Ajouter du texte


Déplacement du contenu d'un champ. Menu References/Change and Move Fields/Move Fields...Il est aussi possible de déplacer tout un champ vers un autre. On peut ainsi insérer le contenu d'un champ au début, ou à la fin d'un autre, ou encore remplacer entièrement le contenu d'un champ par un autre.


Figure 10

Fig.10: Déplacer le contenu d'un champ


  • Règles de saisie
    En général, on évitera toute saisie manuelle. Mieux vaut attendre de récupérer des notices dans la base de données habituelle (pour récupérer toute l'information et sous la bonne forme), quitte à créer une bibliothèque de transit. Cependant la saisie manuelle est inévitable, car l'origine des références est souvent diversifiée : bibliographie d'un article, conseil de lecture...

    Certains champs sont souvent utilisés pour la recherche à l'intérieur des bibliothèques de références, ou pour réaliser des tris. Il importe que leur contenu soit normalisé pour qu'on ne trouve qu'une seule forme pour un même critère (maladie de Creutzfeld, Creutzfeldt, Creuzfeldt, Creuzfeld... Jacob, Jakob... ?).

    Donc, si on est amené à saisir manuellement, il faut respecter certaines règles :
    • Orthographiques pour les champs qui servent à la recherche (auteurs, mots-clés), éviter de créer des formes supplémentaires quand il en existe déjà (utiliser les listes de termes)

    • Auteurs.
      • Un auteur par ligne.
      • Ecrire Smith, J. M. ou John Mason Smith ou J. M. Smith.
      • Mettre des points, et/ou espaces, entre les initiales de prénoms si celles-ci figurent avant le nom.
      • Noms composés : préférer la forme avec le prénom rejeté (habituelle dans les bases de données bibliographiques). Exemple : Monod, Jacques.
      • Collectivités auteurs : faire suivre le nom d'une virgule. Exemple : American Society for Microbiology,

    • Année de publication sur 4 chiffres. On peut également entrer du texte ("in press", par exemple).

    • Titres. Ne jamais entrer de fin de paragraphe (retour) avant la fin du titre.

    • Mots-clés. Pas de spécification particulière. Recherche sur les chaînes de caractères (troncature automatique tant à droite qu'à gauche). On peut entrer les termes à la suite les uns des autres, en utilisant ou non des séparateurs. Néanmoins, il est préférable de toujours utiliser la même forme, adaptée à tous les besoins : les termes sont séparés par un indicateur de fin de ligne (retour) comme pour les auteurs.

    • Pagination. Pas de spécification particulière. Mais préférer une écriture simple du type 124-132, sans mentionner p. ou pp.

    • Notes et résumés. Ces champs peuvent contenir jusqu'à 32 000 caractères, soit 8 pages de texte.

    • Date de saisie. Il n'y a pas de champ spécifique, mais il peut être important de pouvoir faire des recherches ou trier sa bibliothèque selon ce critère. On peut donc utiliser un champ de Notes, ou introduire un nouveau champ. Dans ce cas on prendra garde au moment de la saisie de cette date de plutôt utiliser une écriture numérique qu'alphabétique, afin que Août ne sorte pas avant Juin par exemple.

    • Police, taille et style de caractère. Par défaut, les références seront enregistrées en format Plain Font. Cela signifie que, lorsque vous éditerez vos références dans un article, celles-ci prendront la forme du texte de l'article (même police, taille, style). On peut néanmoins utiliser des styles différents, voire s'en servir pour distinguer certaines parties de texte, qui ne seront pas modifiées ensuite (Italiques pour certains noms, caractères spéciaux telles que caractères grecs...). Pour tout changement de format, utiliser les menus Text/Font, Text/Size et Text/Style.

    Ces spécifications sont importantes, car elles vont conditionner le succès des recherches dans la base, ainsi que la qualité du reformatage au moment des éditions.

puce jaune Rechercher dans une référenceRetour haut de page
Lorsqu'une référence contient énormément de texte, vous avez la possibilité d'effectuer une recherche au sein de celle-ci. Pour cela, ouvrez la référence puis cliquez sur References/Go To..., entrez le texte que vous recherchez et cliquez sur "Find Next".

puce jaune Insertion d'images, de figures ou de tableauxRetour haut de page
Il est maintenant possible d'insérer une image, une figure ou un tableau dans les références de sa bibliothèque. Ainsi, on peut associer une image à sa référence bibliographique, voire gérer les figures et les tableaux que l'on désire faire apparaître dans son article, au sein de sa bibliothèque EndNote.

Le type de document que vous choisirez alors pour votre figure ou votre tableau est très important, car c'est de lui que dépendra le bon formatage de votre manuscrit.
Il faut donc utiliser le type de document "Chart or Table" pour les graphiques ou les tableaux, et "Images ou Equation" pour les figures.


puce jaune Insertion d'une image dans une référence bibliographique :
Il faut ouvrir la référence puis aller dans le menu References/Insert Picture... et aller chercher l'image à insérer.


puce jaune Créer un référence pour une figure ou un tableau :
Il faut cliquer sur References/New Reference, choisir le type de document adéquat, remplir les champs intéressants, puis cliquer sur References/Insert Object... et aller chercher la figure ou le tableau à insérer.


Figure 11

Fig.11: Insertion d'une image


puce jaune Lier une référence à...Retour haut de page
Il est possible de lier une référence d'une bibliothèque à un fichier. Par exemple, au fichier pdf de l'article en texte intégral ou à un document word ou rtf contenant une synthèse de cet article. Pour lier la référence au fichier, il faut cliquer sur "References/Link To..." et aller chercher le fichier à lier.

Figure 12

Fig.12: Lier une référence


Retour haut de page Opérations sur les bibliothèques
puce jaune Les recherchesRetour haut de page
puce jaune Menu References/Search...
Le tableau de recherche autorise un choix de plusieurs critères simultanés, des opérateurs de recherche classiques (booléens : AND, OR, NOT) et des options de recherche comme :
puce jaune Save : la sauvegarde des stratégies.
puce jaune Contains : troncature automatique, pour chercher dans une partie du mot ou une partie de champ.
puce jaune Is : recherche du terme exact.
puce jaune Is less than : opérateurs.
puce jaune Items : ajouter, insérer ou effacer des critères. Combinaisons de critères et de recherche. Il n'y a pas d'ordre logique de priorité entre les différents critères de recherche. L'ordre respecté est celui de l'entrée. Ainsi, les 2 premiers critères seront réunis par le premier opérateur, puis le résultat de cette recherche sera combiné au troisième critère par le deuxième opérateur et ainsi de suite.
puce jaune Match case : respecter la casse.
puce jaune Match word : chercher le mot entier.
puce jaune Use Full Text index : utiliser les index.

Figure 13

Fig.13: Le module de recherche

puce jaune Les trisRetour haut de page
On a le choix entre deux modes de tris :
puce jaune Un tri simple, directement dans la bibliothèque, par un simple clic en haut de la colonne. Ex. : si on clique sur "Year", on triera automatiquement la bibliothèque par année de publication, du plus ancien au plus récent.
puce jaune Un tri plus fin, permettant de combiner plusieurs clefs de tri, en passant par le menu References/Sort Library...

Figure 14

Fig.14 : Tris


Tableau dans lequel on spécifie successivement les clés de tri, et pour chacune d'entre elles le type de tri (croissant ou décroissant).


puce jaune Les dictionnaires (Term Lists)Retour haut de page
On utilise ici le terme de Dictionnaire pour Liste de Termes, l'appellation d'Index recouvrant un sens différent : les dictionnaires ne permettent pas de faire des recherches sur les bibliothèques.
Les dictionnaires permettent de contrôler le vocabulaire utilisé dans les champs importants (sur lesquels peuvent être effectués des tris ou des recherches : les auteurs, les mots-clés, et les titres de journaux), ce qui n'exclut pas d'autres champs.
Les dictionnaires sont d'autant plus utiles que plusieurs personnes utilisent et gèrent les mêmes bibliothèques de références, afin d'en contrôler le contenu.

Caractéristiques : pas de limite du nombre de termes. 31 dictionnaires différents peuvent être créés pour une même bibliothèque. Un dictionnaire est spécifique d'une bibliothèque et ne peut être ouvert que si cette bibliothèque est ouverte.

Ouvrir et créer un dictionnaire. Par défaut, les trois dictionnaires principaux (Auteurs, mots-clés et journaux) sont pré-créés pour chaque bibliothèque. Il suffira donc de les ouvrir. Pour ouvrir un dictionnaire menu Tools/Open Term Lists... choisir un des dictionnaires existants. Une fenêtre s'ouvre : Lists/Update List... pour intégrer les nouveaux mots.


Figure 15

Fig.15: Tools/Open Term Lists...


Figure 16

Fig.16: Tools/Define Term List...


Figure 17

Fig.17: Une liste de journaux


Figure 18

Fig.18: Terms/New Term...

puce jaune Mise à jour des dictionnaires.Retour haut de page
Une mise à jour permet de rajouter des termes au dictionnaire, depuis les notices nouvellement créées ou importées. ATTENTION : avant de faire une mise à jour, assurez-vous que la bibliothèque à partir de laquelle on veut la faire soit complète (Showing n references out of n).

Si les termes à indexer sont séparés par un caractère plutôt que par un retour chariot, il faut être certain que ce séparateur est toujours le même, et qu'il est toujours employé entre les termes. Il conviendra donc de se méfier si on utilise plusieurs types de création de notices (saisie manuelle, déchargement), voire plusieurs sources pour un même type de récupération (bases de données, autres bibliothèques, autres logiciels bibliographiques).

Vérifier également le contenu du champ à indexer (choix des termes, orthographe...). Exemple : pour les notices importées de Medline, des mots-clés identiques apparaissent sous plusieurs déclinaisons (précédés d'un astérisque pour les Major Subject Headings, et/ou suivis de un ou plusieurs Subheadings). Si on ne souhaite pas récupérer cette information, il faudra penser à nettoyer au préalable les champs en utilisant, par exemple, les possibilités de modifications globales.


Figure 19

Fig.19: Mise à jour d'un dictionnaire

puce jaune Utilisation concrète des dictionnaires. Retour haut de page
Pour réutiliser les termes d'un dictionnaire, il suffit de se positionner sur le champ à compléter dans la notice, d'ouvrir le dictionnaire, de cliquer sur le terme sélectionné, puis de l'importer par Tools/Open Term Lists/Insert Terms...
A partir de la version 4.0, l'utilisation des dictionnaires est automatique pendant la saisie. Si on se place dans un champ pour lequel un dictionnaire a été créé et que l'on commence à saisir un terme, on verra apparaître des propositions extraites du dictionnaire dans l'ordre alphabétique.

puce jaune Cas particulier du dictionnaire des journaux.Retour haut de page
Ce dictionnaire permet de gérer également les abréviations, soit à la mise à jour, soit ultérieurement (Terms/Edit Term). Lors de la mise à jour, il est proposé de décharger les informations de plusieurs champs en fonction de leur contenu : de Journal vers Full Journal, de Alternate Journal vers Abbreviation 1... (puis de deux autres champs au choix vers des Abbreviation 2 et Abbreviation 3).
Exemple de transferts depuis Medline : si on recupère l'information Abbreviated Source dans le champ Alternate Journal, on pourra l'introduire dans Abbreviation 1.

De plus, ce dictionnaire des journaux peut servir de table de correspondance entre les différentes formes des titres et ainsi permettre, lors de la rédaction d'un article, de remplacer automatiquement le titre entier par la première abréviation ou inversement, selon les instructions aux auteurs de la revue dans laquelle on désire publier définies dans les fichiers de style (voir Edition de documents).
Pour cela, il suffit de lier le style de cette revue à la liste des journaux à partir du Menu Tools/Link Term Lists... puis de sélectionner la liste adéquate en face du champ à modifier :


Figure 20

Fig.20: Lier une liste à un style


Remarque : Il existe 3 listes, Chemical, Humanities et Medical dans le dossier Terms de l'application.


Retour haut de page Importation de références bibliographiques

Le module d'importation d'EndNote 9 est destiné à intégrer des références capturées à partir de diverses bases de données bibliographiques dans EndNote. L'objectif est d'assurer le transfert de l'information contenue dans chacun des champs désignés de la base d'origine, vers les champs correspondants des notices EndNote. Ce module contient une série de filtres qui instruisent EndNote sur la façon d'interpréter les différents formats rencontrés dans les bases de données. La plupart des grandes bases sont représentées dans la collection des filtres proposés, mais de nouveaux filtres peuvent être créés pour répondre à des besoins particuliers.

puce jaune Importations depuis les bases de la Médiathèque scientifique de l'Institut PasteurRetour haut de page
Plusieurs bases de données sont consultables depuis l'Institut à travers trois interfaces : le Web of Knowledge, PubMed, et BioLib.

puce jaune Sélection et sauvegarde des références.

puce jaune Depuis le Web of Knowledge (Current Contents, Web of Science) : sélectionnez vos références, cliquez sur "Update List" pour enregistrer votre sélection. Ensuite, allez dans votre liste de sélection en cliquant sur "My List". Sélectionnez les champs utiles qu'Endnote puisse gérer. Ensuite, vérifiez que le format d'export sélectionné par défaut est bien "Field Tagged" et cliquez sur "Export to Reference Software..." pour exporter vos références directement dans EndNote sans passer par la sauvegarde sur votre poste (si ça ne fonctionne pas, n'hésitez pas à me contacter : Agnès Raymond-Denise ardenise@pasteur.fr). Vous pouvez aussi sauvegarder le fichier de vos sélections en cliquant sur "Save" et en indiquant où sauvegarder le fichier "exportisi.txt" éventuellement après l'avoir renommé. Pour en savoir plus sur les bases du données du Web of Knowledge, vous pouvez consulter les supports de cours à l'adresse suivante : http://www.pasteur.fr/infosci/biblio/formation/forma.html#liste

puce jaune Dans PubMed (Medline) : sélectionnez vos références, choisissez le format MEDLINE de "display". Puis, sélectionnez File à la place de Text à droite du bouton "Send To", puis cliquez sur Send To. Sauvegardez le fichier query.fcgi sur votre poste au format texte ou sélectionnez directement l'application EndNote. Si vous sélectionnez directement EndNote, sélectionnez la bibliothèque dans laquelle importer vos références puis le filtre à utiliser pour l'import. Pour en savoir plus sur PubMed, déchargez le support de cours à l'adresse : http://www.pasteur.fr/infosci/biblio/formation/pubmedweb.pdf

puce jaune Dans BioLib (PubMed) : sélectionnez vos références, cliquez sur l'îcone : "Icône d'export EndNote". Sauvegardez le fichier export.enw sur votre poste au format texte ou sélectionnez directement l'application EndNote. Si vous sélectionnez directement EndNote, sélectionnez la bibliothèque dans laquelle importer vos références puis le filtre à utiliser pour l'import.

puce jaune Importation des références.

Ouvrir une bibliothèque, puis cliquez sur File/Import.
Dans la fenêtre, choisir le fichier à importer, et le filtre adéquat (Import options), puis Import.

On peut également choisir : soit d'importer toutes les références (Import all), soit de rejeter les doublons (Discard duplicates), ou encore de transférer en même temps les doublons reconnus dans une bibliothèque créée automatiquement au moment du transfert (Import Into Duplicates Library).

Quel filtre pour quelle base de données :
puce jaune si vous exportez des références depuis les Current Contents du Web of Knowledge, il faut utiliser le filtre d'import Current Conts Connect de l'ISI,
puce jaune si vous exportez des références depuis le Science Citation Index du Web of Knowledge (appelé Web of Science), il faut utiliser le filtre d'import Web of Science de l'ISI,
puce jaune si vous récupérez les références d'une alerte provenant du Web of Knowledge, il faut utiliser le filtre d'import WOK Alert de l'ISI,
puce jaune si vous exportez des références depuis PubMed, il faut utiliser le filtre d'import PubMed de la National Library of Medicine (NLM),
puce jaune si vous exportez des références depuis BioLib, il faut utiliser le filtre d'import BioLib.
puce jaune enfin, si l'importation concerne des références d'une autre bibliothèque, on choisira dans Import options, l'option Endnote Library. Mais on peut également, si le nombre de références à importer ne dépasse pas la cinquantaine, procéder par copier/coller d'une bibliothèque à l'autre. Dans la bibliothèque source : Edit/Copy ("pomme" C). Dans la bibliothèque de destination : Edit/Paste ("pomme" V).

Remarque : Faites attention, vérifiez que vos filtres sont à jour. Vous trouverez les filtres à jour à l'adresse suivante : http://www.endnote.com/support/enfilters.asp.

ATTENTION : l'importation directe dans une bibliothèque existante comporte toujours un risque. Si la source de la nouvelle importation est différente de la source "originale" (base différente, logiciel différent), si les choix sont différents (choix des champs), ou enfin, si l'importation n'a pas été correctement réalisée, on s'expose à importer des données qui ne seront pas conformes à l'ensemble de la bibliothèque "mère". (Exemples : bases différentes : mots-clés différents, champs différents, abréviations de titres de journaux différentes...)

Résultat :
  1. Il se peut qu'EndNote ne puisse pas reconnaître les doublons
  2. on introduit dans les index des termes nouveaux qui vont rendre plus difficiles les recherches
  3. les différences de format peuvent poser des problèmes au moment du formatage en vue de l'édition.

C'est pourquoi il est conseillé de toujours créer une nouvelle bibliothèque et de procéder en deux temps :
  1. importer depuis le fichier texte vers la nouvelle bibliothèque (provisoire)
  2. après "normalisation" de cette bibliothèque, transférer vers la bibliothèque "mère"
puce jaune Description d'un filtre Retour haut de page
Ouvrir un filtre : Menu Edit/Import Filters/Open Filter Manager...

Figure 21

Fig.21: Le "Filters Manager"


Figure 22

Fig.22: Rechercher un filtre


Figure 23

Fig.23: Le filtre d'import Current Contents Connect



Type de référence, Liste des champs, Options :

Colonne de gauche (Tag ) : étiquette des champs dans la référence de départ (format texte).

Colonne de droite (Field ) : nom du champ Endnote dans lequel seront transférées les données contenues dans le champ de départ.

puce jaune La transcription est le remplacement de l'information (variable) des champs des références par le nom de leur champ de destination sous EndNote. Transcription littérale de tout ce qui ne doit pas être transféré (texte et ponctuations d'accompagnement). Remplacement de l'information qui ne doit pas être récupérée par la formule IGNORE.

puce jaune Si l'écriture d'un champ dans une base possède des variantes (en fonction du type de document décrit par exemple : le champ source sera différent pour un livre et pour un article), on doit trouver dans le filtre autant de transcriptions que de variantes d'écriture de ce champ.

puce jaune Création, modifications Retour haut de page
Selon les règles précédentes, on adapte l'écriture des champs dans les filtres à celle des références du fichier source. Edit/ Import Filters /New Filter... Choisir un type de référence par défaut (Reference type). Par défaut on utilise Journal article. Dans certaines bases, on trouve plusieurs types de documents (Biosis par ex.). Afin de transférer l'information dans les bons champs, il faut qu'EndNote puisse interpréter ces différents types. Dans le corps du filtre, on indiquera donc l'information à interpréter, sans avoir oublié de choisir le champ qui la contient dans la base au moment de la sauvegarde.

Edition de documentsRetour haut de page

puce jaune Rappel. L'objectif est de faciliter la publication de documents contenant une bibliographie. Les contraintes de format imposées par les éditeurs commerciaux, ou par les normes, sont rigoureuses, très variables, et leur application scrupuleuse dans l'édition d'un document est une tâche fastidieuse.

puce jaune Principe. Au cours de la composition d'un texte, on insère des citations qui renvoient à des références composant une bibliographie terminale. L'insertion et la composition de ces deux éléments dans un format correct sont effectuées automatiquement à partir des références choisies sous EndNote. Pour faciliter le travail, une collection de styles correspondant aux principales revues internationales est livrée avec le logiciel. On peut également créer des styles personnalisés pour répondre à des besoins spécifiques.

puce jaune Les stylesRetour haut de page
Visualiser le style sélectionné. Edit/Output Styles/Edit.... Pour chaque style, il est défini plusieurs types d'écriture de références, correspondant aux différents types de documents : Generic (qui est utilisé quand on ne sait pas quoi utiliser d'autre), Journal Article, Book, Book section... On trouve également, sous la rubrique Citations/Templates, la description du style des Citations dans le document final. Les styles sont en fait des documents de fusion comportant du texte, des éléments de ponctuation et les intitulés de champ de Endnote dont le contenu devra apparaître dans la référence formatée.


La liste des styles.

Menu Edit/Output Styles/Open Style Manager. Sélection d'un style dans la liste. Le style sélectionné sera utilisé pour l'édition de la bibliographie.
Prévisualisation d'un format. Sur une sélection de références d'une bibliothèque, on peut prévisualiser les références formatées dans le style choisi. L'impression se fait à partir de la fenêtre bibliothèque (File/Print), et concerne toutes les références ou bien seulement celles qui sont sélectionnées (à préciser dans la fenêtre impression Mac. Attention, par défaut tout sera imprimé).
Remarque : Faites attention, vérifiez que vos styles sont à jour. Vous trouverez les filtres à jour à l'adresse suivante : http://www.endnote.com/support/enstyles.asp

Figure 24

Fig.24: Le "Style Manager"


Figure 25

Fig.25: Rechercher un style


Figure 26

Fig.26: Le "style" de la revue Cell


puce jaune Créer un nouveau styleRetour haut de page
Edit/Output Styles/New Style. Créer un style c'est donc écrire pour chaque type de document, une ligne comportant ces éléments. On peut également jouer à ce moment sur le format du texte (police, taille, style). Éditer un style permet de spécifier les options de formatage pour différents champs, qui seront appliquées au moment de l'édition de la bibliographie : par exemple, la façon dont sont retranscrits les noms des auteurs et des éditeurs intellectuels, quel séparateur est utilisé entre ces noms s'ils sont plusieurs, quels éléments introduisent et terminent une référence, quel tri est appliqué aux références.

Astuce : Il est plus facile de partir d’un style proche déjà défini et de l’enregistrer sous un nouveau nom puis de la modifier selon les instructions aux auteurs de la revue.


puce jaune Insérer des citationsRetour haut de page
Avec le Plug In CWYW dans word : utiliser le menu Outils/EndNote9/Insert Citation(s) de Word. Ouvrir une bibliothèque. Dans cette bibliothèque, choisir la ou les références à insérer (il peut s'agir d'une citation multiple). Répéter Insert citation(s) dans le menu Word. La citation est entrée au niveau du point d'insertion.

Autre traitement de texte que Word, et/ou si on n'utilise pas le Plug In pour word, ouvrir la bibliothèque contenant les références à insérer. Sélectionner une référence. Copier, puis coller dans le texte (on peut utliser le glisser déplacer). La citation apparaît sous un format provisoire : (Grant, 1996 #7; Nicoll, 1996 #2) le format final est défini dans le "style" choisi (Citation). Ce format sera mis en place au même moment que la bibliographie.


puce jaune Composer la bibliographieRetour haut de page
Avec la fonction Cite While You Write pour Microsoft Word, la commande de formatage est Outils/EndNote9/Format Bibliography dans Word. Avec l’option de formatage instantané, le formatage se fait régulièrement en cours d’écriture. Vous devez toutefois désactiver le dictionnaire car cela peut provoquer une interruption du programme Word.

Autre traitement de texte que Word, et/ou si on n'utilise pas la fonction Cite While You Write : sous EndNote, choisir Tools/RTF Document Scan... puis choisir le fichier à formater. Cette commande permet de visualiser dans une fenêtre l'ensemble des références (citations) insérées dans le corps du texte. Et le nombre de fois que chacune des citations est insérée.

Ensuite, sans fermer cette fenêtre, cliquer sur Format... EndNote crée alors un nouveau fichier, comprenant les citations et la bibliographie formatées selon le style choisi. Nom de ce fichier : Nom-du-papier - Nom-du-style. Le papier original n'est donc pas modifié. Sur le nouveau fichier, on retrouve les citations formatées et la bibliographie en fin de texte. Tous ces éléments sont ensuite modifiables sous votre traitement de texte.
  1. Archaeos Projects. (Archaeos, Inc., New York, 1999), vol. 2004.
  2. M. V. Argus, Journal of Paleontology 19, 234 (1993).
  3. M. V. Argus, E. K. Matthews, Journal of Paleontology 17, 119 (1991).
  4. L. E. Babcock, Journal of Paleontology 62, 615 (1988).
  5. T. A. Badejoko, Journal of African Earth Sciences and the Middle East 12, 78 (1988).
  6. M. E. Baginski, L. C. Hale, J. J. Olivero, Geophysical Research Letters 15, 764 (1988).
Fig.27: Quelques références de la bibliothèque paléo au format « Science » .

puce jaune Utilisation des modèles de manuscritsRetour haut de page
La grande nouveauté de la version 6 version a été l'apparition des modèles de manuscrits qui vous permettent de gérer l'intégralité de la mise en page de votre article au travers d'EndNote : le texte, les citations, la bibliographie, les figures, les images et les tableaux. Pour utiliser ces modèles, il suffit d'aller dans le menu Tools/Manuscrit Templates.... Vous sélectionnez celui que vous voulez utiliser en fonction du nom de la revue pour laquelle vous rédigez. Double cliquez dessus pour lancer l'assistant. L'assistant va vous aider à définir les auteurs, ainsi que les différentes parties de votre article (le résumé, les figures, les tableaux...). Une fois que vous avez tout défini, le document Word s'ouvre et vous n'avez plus qu'à rentrer le texte aux endroits spécifiés et insérer les citations, les figures et les tableaux.



Figure 28

Fig.28: L'assistant d'utilisation des modéles de manuscrit



puce jaune Édition de bibliographies thématiquesRetour haut de page
Il est aussi possible d'éditer rapidement des bibliographies en fonction des mots contenus dans la bibliothèque, en particulier les mots-clefs.

Pour cela, cliquez sur le menu Tools/Subject Bibliography..., sélectionnez le ou les champs à partir desquels vous désirez réaliser cette bibliographie (par exemple: Keywords) sélectionnez ensuite le ou les termes adéquats, et cliquez sur OK. EndNote vous formate ainsi une bibliographie en fonction du style que vous voulez. Vous pouvez ensuite imprimer ou sauvegarder cette bibliographie.


Figure 29

Fig.29: Choix des champs


Figure 30

Fig.30: Choix des termes


Figure 31

Fig.31: Une bibliographie thématique


puce jaune Copier des références formatéesRetour haut de page
Il est aussi possible de copier directement des références formatées à partir d’une sélection de références dans la bibliothèque EndNote. Après avoir sélectionné les références, faire apparaître un menu contextuel avec le clic droit de la souris ou en appuyant sur la touche ctrl en même temps que l’on clique sur la souris. Choisir l’option Copy Formated. Les références formatées dans le style visible dans la fenêtre de la bibliothèque Endnote peuvent alors être collées dans un n’importe quel document.



Figure 32

Fig.32: Copie formatée



Les ressources disponiblesRetour haut de page

puce jaune Sur Internet :Retour haut de page
Voir notre page Pratiques documentaires/Logiciels bibliographiques/Endnote : http://www.pasteur.fr/infosci/biblio/formation/lobib.html#3.

Listes de diffusion :
Inscription : envoyer un message à listserv@niles.com avec pour sujet, "sub endnote-interest" suivi de votre nom et de votre prénom.

Désinscription : envoyer un message à listserv@niles.com avec pour sujet, "unsub endnote-interest" suivi de votre nom et de votre prénom.

puce jaune BibliographieRetour haut de page

Computers in Nursing - Bibliography database managers. A comparative review . L. H. Nicoll, T. H. Ouellette, D. C. Bird, J. Harper, J. Kelley - 14 (1) : 45-56 (1996)

Journal of Family Practice - Endnote Plus and Endlink 2.0 For Windows. R. B. Elson - 43 (3) : 301-303 (1996)

Addiction Biology - Endnote Plus 2 and Endlink 2 For Windows . E. Grant - 1 (3) : 319-320 (1996)

MD Computing - Reference management software: a review of EndNote Plus, Reference Manager, and Pro-Cite . M. C. Miller - 11 (3) : 161-8 (1994)

MD Computing - EndNote Plus 2.2, including an add-in for Microsoft Word . M. C. Miller - 14 (4) : 302-5 (1997)

Computer Methods & Programs in Biomedicine - Implementation of a reference management system, MacRefer, under HyperCard . H. Sato, S. Sato, I. Horikoshi - 50 (1) : 53-61 (1996)

Jama: Journal of the American Medical Association - Endnote Plus 2 - Enhanced Reference Database and Bibliography Maker . S. Satyamurti - 275 (20) : 1609-1610 (1996)

Trends in Biochemical Sciences - An end to the paper chase? EndNote Plus (release 1.3.1, March 1993; plug-in module update April 1994) . D. Vaux - 19 (7) : 301-2 (1994)

Trends in Biochemical Sciences - EndNote Plus 2 and EndLink 2. M. C. Miller - 21 (8) : 316 (1996)

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© Institut Pasteur de Paris, 2003. Mise à jour le 16 novembre 2007
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