Cours Informatique en Biologie 2008
Le Centre des Enseignements de l'Institut Pasteur organise un cours d'Informatique en Biologie dont la prochaine session commencera le 7 janvier 2008 et finira le 25 avril 2008. Vous en trouverez la description ci-dessous.
Ce cours, ainsi que tous les autres Cours Pasteur, fait l'objet d'une Convention avec l'Université de Paris VII « Denis Diderot ». Au titre de cette Convention, un Diplôme Inter-Universitaire (DIU) pourra être délivré à l'issue du cours aux élèves préalablement inscrits dans cette Université.
Ce cours a pour objectif de donner à des chercheurs en biologie de niveau Bac+4 ou équivalent une formation initiale à l'informatique.
L'introduction dans l'activité des biologistes d'outils informatiques de plus en plus nombreux rend importante l'acquisition par les chercheurs de compétences qui leur permettent d'une part de traiter leurs données ou de mettre en oeuvre leurs modèles, et d'autre part de juger les systèmes et les algorithmes disponibles.
L'accent est mis sur les aspects fondamentaux de la discipline et l'apprentissage de la programmation, mais de nombreuses applications à la biologie sont étudiées, à travers des exemples et des exercices pratiques. Les aspects théoriques sont enseignés, à travers l'algorithmique, la logique et la modélisation de problèmes, ainsi que les méthodes de conception de logiciels. Les domaines techniques tels que les bases de données et les technologies du Web sont également développés.
La programmation est enseignée selon le paradigme objet, à travers un langage moderne de haut niveau, Python, disposant d'outils pour la biologie et permettant tout autant le prototypage ou l'écriture de scripts que la construction de programmes informatiques complexes. L'enseignement d'un second langage, le langage C, est assuré dans un second temps.
Certains sujets, en algorithmique biologique par exemple, font l'objet de séminaires ouverts à tous et d'intérêt général.
La mise en pratique et l'acquisition effective des connaissances sont
favorisées par des TP sur machine et par un stage-projet s'étalant 2 mois. Le
sujet du stage-projet fait l'objet d'un choix concerté entre l'élève,
les enseignants et un tuteur. Le tuteur peut être un des enseignants
du cours ou un chercheur-ingénieur du campus. Des sujets prédéfinis sont
proposés par les enseignants ou par les tuteurs. Ce stage est réalisé
dans la salle de TP.
Programme
| Introduction à la programmation (Python) | 108h |
| Algorithmique, logique, modélisation de problèmes, algorithmes biologiques | 63h |
| Second langage de programmation (C) | 36h |
| Bases de données (PDF) | 27h |
| Web (architecture, protocoles, langages, conception d'un site, XML, programmation distribuée) | 36h |
| Techniques : Unix, installation de logiciels, architecture de systèmes | 27h |
| Stage-projet | 132h |
| Total | 429h |
|---|
| Catherine Letondal | Introduction à la programmation (Python) -- cours |
| Benno Schwikowski, Christophe Pajault (CNAM), Stephane Vialette (LRI) | Algorithmique, logique, modélisation de problèmes, algorithmes biologiques -- cours |
| Jean-Philippe Tamby (INRA), Olivier Perin, Victoria Dominguez (INRA), Ghislaine Guigon | TP programmation et algorithmique |
| Bertrand Néron, Nicolas Roussel (INRIA/LRI) | Programmation graphique |
| Cosmin Saveanu | Projets |
| Franck Quessette (Univ. Versailles Saint-Quentin) | Programmation (C) |
| Hervé Ménager | Web |
| Laurent Mouchard, Stéphane Descorps-Declère | Bases de données |
| Aurélien Tabard (LRI), Catherine Letondal | Design |
| Mathias Vandenbogaert, Stéphane Bortzmeyer (AFNIC) | Techniques (Unix, installation de logiciel, architecture) |
| Marie-Christine Boussin |
Pour vous inscrire, veuillez remplir le formulaire d'inscriptions en ligne.
Cloture des inscriptions : 15 octobre 2007.
Pour tous renseignements :
Secrétariat des Enseignements
Institut Pasteur
28, rue du Docteur Roux
75724 Paris CEDEX 15
Tel. : + 33 (0)1 45 68 81 41, + 33 (0)1 40 61 33 62
Fax : + 33 (0)1 40 61 30 46
ieb@pasteur.fr.
| Intervenants | Thèmes | Date |
|---|---|---|
| Eduardo Rocha (Institut Pasteur) | Analysis of metabolic and regulatory network | Lundi 31 mars 2008 14h00 - 17h00 |
| Jean-Daniel Fekete (INRIA Futurs, LRI) | Interactive Visualization for Understanding Complex Datasets | Mercredi 2 avril 2008 9h30 - 12h30 |
| Jean-Philippe Vert (ENS) | Machine learning in computational biology | Mercredi 9 avril 2007 9h30 - 12h30 |
| Michael Nilges (Institut Pasteur) | Introduction to structure prediction | Mercredi 16 avril 2007 9h30 - 12h30 |
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