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Cours Informatique en Biologie 2008

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Le Centre des Enseignements de l'Institut Pasteur organise un cours d'Informatique en Biologie dont la prochaine session commencera le 7 janvier 2008 et finira le 25 avril 2008. Vous en trouverez la description ci-dessous.


Ce cours, ainsi que tous les autres Cours Pasteur, fait l'objet d'une Convention avec l'Université de Paris VII « Denis Diderot ». Au titre de cette Convention, un Diplôme Inter-Universitaire (DIU) pourra être délivré à l'issue du cours aux élèves préalablement inscrits dans cette Université.



Description du Cours Pasteur « Informatique en Biologie »

Ce cours a pour objectif de donner à des chercheurs en biologie de niveau Bac+4 ou équivalent une formation initiale à l'informatique.

L'introduction dans l'activité des biologistes d'outils informatiques de plus en plus nombreux rend importante l'acquisition par les chercheurs de compétences qui leur permettent d'une part de traiter leurs données ou de mettre en oeuvre leurs modèles, et d'autre part de juger les systèmes et les algorithmes disponibles.

L'accent est mis sur les aspects fondamentaux de la discipline et l'apprentissage de la programmation, mais de nombreuses applications à la biologie sont étudiées, à travers des exemples et des exercices pratiques. Les aspects théoriques sont enseignés, à travers l'algorithmique, la logique et la modélisation de problèmes, ainsi que les méthodes de conception de logiciels. Les domaines techniques tels que les bases de données et les technologies du Web sont également développés.

La programmation est enseignée selon le paradigme objet, à travers un langage moderne de haut niveau, Python, disposant d'outils pour la biologie et permettant tout autant le prototypage ou l'écriture de scripts que la construction de programmes informatiques complexes. L'enseignement d'un second langage, le langage C, est assuré dans un second temps.

Certains sujets, en algorithmique biologique par exemple, font l'objet de séminaires ouverts à tous et d'intérêt général.

La mise en pratique et l'acquisition effective des connaissances sont favorisées par des TP sur machine et par un stage-projet s'étalant 2 mois. Le sujet du stage-projet fait l'objet d'un choix concerté entre l'élève, les enseignants et un tuteur. Le tuteur peut être un des enseignants du cours ou un chercheur-ingénieur du campus. Des sujets prédéfinis sont proposés par les enseignants ou par les tuteurs. Ce stage est réalisé dans la salle de TP.

Programme

Introduction à la programmation (Python) 108h
Algorithmique, logique, modélisation de problèmes, algorithmes biologiques 63h
Second langage de programmation (C) 36h
Bases de données (PDF) 27h
Web (architecture, protocoles, langages, conception d'un site, XML, programmation distribuée) 36h
Techniques : Unix, installation de logiciels, architecture de systèmes 27h
Stage-projet 132h
Total 429h

Membres du Comité du Cours

Directeurs

Chef de travaux

Enseignants

Catherine Letondal Introduction à la programmation (Python) -- cours
Benno Schwikowski, Christophe Pajault (CNAM), Stephane Vialette (LRI) Algorithmique, logique, modélisation de problèmes, algorithmes biologiques -- cours
Jean-Philippe Tamby (INRA), Olivier Perin, Victoria Dominguez (INRA), Ghislaine Guigon TP programmation et algorithmique
Bertrand Néron, Nicolas Roussel (INRIA/LRI) Programmation graphique
Cosmin Saveanu Projets
Franck Quessette (Univ. Versailles Saint-Quentin) Programmation (C)
Hervé Ménager Web
Laurent Mouchard, Stéphane Descorps-Declère Bases de données
Aurélien Tabard (LRI), Catherine Letondal Design
Mathias Vandenbogaert, Stéphane Bortzmeyer (AFNIC) Techniques (Unix, installation de logiciel, architecture)

Assistance administrative

Marie-Christine Boussin

Renseignements et inscriptions

Modalités d'inscription

L'inscription est subordonnée à l'avis du Comité du Cours. L'enseignement est dispensé en français.

Pour vous inscrire, veuillez remplir le formulaire d'inscriptions en ligne.

Cloture des inscriptions : 15 octobre 2007.

Pour tous renseignements :

Frais d'inscription

Se renseigner auprès du Secrétariat des Enseignements.


Planning détaillé

Planning
(les cours suivis d'une astérisque sont en option)

Séminaires

Les séminaires sont ouverts à tous, et ne nécessitent pas d'inscription au cours.

Intervenants Thèmes Date
Eduardo Rocha (Institut Pasteur) Analysis of metabolic and regulatory network Lundi 31 mars 2008 14h00 - 17h00
Jean-Daniel Fekete (INRIA Futurs, LRI) Interactive Visualization for Understanding Complex Datasets Mercredi 2 avril 2008 9h30 - 12h30
Jean-Philippe Vert (ENS) Machine learning in computational biology Mercredi 9 avril 2007 9h30 - 12h30
Michael Nilges (Institut Pasteur) Introduction to structure prediction Mercredi 16 avril 2007 9h30 - 12h30

Organisation des séminaires
Les séminaires durent 3 heures. Ils comportent une partie "cours", générale, et une partie présentation des travaux de recherche.

Lieu des séminaires
Les séminaires ont lieu en salle Jules Bordet.


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