Pour la première fois, des séquences du virus Ebola ont été détectées chez des petits mammifères terrestres, des rongeurs et une musaraigne. Ce travail, réalisé en République Centrafricaine grâce à une collaboration entre des équipes dirigées par Jacques MORVAN (Institut Pasteur de Bangui), Marc COLYN (CNRS, Université de Rennes-I), Vincent DEUBEL et Pierre GOUNON (Institut Pasteur à Paris), marque une avancée notable dans la recherche du réservoir du virus Ebola. A paraître dans le numéro de novembre de "Microbes and Infection", ces résultats seront présentés lors du colloque "Veille microbiologique et émergences" qui se tiendra les 14 et 15 octobre prochains à l'Institut Pasteur à Paris.
Le cycle biologique du virus Ebola, responsable d'une fièvre hémorragique qui peut être mortelle dans près de 90% des cas chez l'homme, est jusque là resté énigmatique. Malgré de nombreuses recherches menées depuis la première épidémie d'Ebola chez l'homme dans l'ex-Zaïre et au Soudan en 1976, aucune trace de ce filovirus n'a jamais été détectée chez des animaux sains non primates vivant autour des foyers épidémiques, malgré le grand nombre de vertébrés (chauves-souris, oiseaux, rongeurs) et d'invertébrés testés… Il en fut conclu que le virus devait circuler dans des zones plus retranchées, au cœur de la forêt équatoriale, et probablement chez des animaux rares, ayant un contact limité avec les populations humaines, ou arboricoles, vivant sur le "toit de la forêt", dans la canopée, comme les chauves-souris. La présente étude, menée en République Centrafricaine, est partie d'une toute autre hypothèse.
Les travaux de Marc Colyn, du Laboratoire
d'Ethologie-Evolution-Ecologie (CNRS-Univ. Rennes I), ont en effet conduit
à rechercher le virus Ebola ailleurs que dans des zones forestières
"refuges". Les résultats de son analyse de la localisation
des épidémies d'Ebola, en relation
avec l'évolution biogéographique de la forêt équatoriale
ont indiqué que le réservoir devait plutôt se trouver
parmi des animaux vivant en périphérie du bloc forestier,
chez des espèces des zones dites "mosaïques". Ces
espèces se retrouvent actuellement à la "frontière"
entre forêt et savane, dans des zones autrefois savanicoles et depuis
partiellement recolonisées par la forêt.
Parallèlement, des études menées à l'Institut
Pasteur de Bangui entre 1994 et 1997 ont prouvé que le virus circule
en République Centrafricaine, en mettant en évidence la présence
d'anticorps contre le virus Ebola chez des populations humaines (Pygmées
et Bantous) vivant dans des zones forestières situées à
quelques kilomètres seulement de la lisière savanicole.
A l'initiative de Jacques Morvan, directeur de l'Institut Pasteur de Bangui,
dans le cadre d'une démarche de veille microbiologique développée
par le Réseau International des Instituts Pasteur, et de Marc Colyn,
il a été décidé de rechercher le virus Ebola
chez certaines espèces animales en République Centrafricaine.
Une partie des petits mammifères capturés pour des études
écologiques dans des zones mosaïques (en forêt et bordure
de savane) et dans des galeries forestières isolées, sur trois
sites centrafricains (l'un au nord, en zone savanicole, et les deux autres
au sud) a été testée. Utilisant toute une gamme de
techniques, les équipes des Instituts Pasteur à Bangui et
à Paris ont recherché la présence du virus dans différents
organes de 242 petits mammifères (rongeurs, musaraignes et chauves-souris).
Le virus vivant n'a pas été mis en évidence. Mais grâce
à des outils sophistiqués de biologie moléculaire (RT-PCR
et hybridation moléculaire ), des séquences virales ont pu
être détectées chez 7 animaux, qui ne présentaient
pas de signes apparents de maladie au moment de leur capture au sol : une
musaraigne (Sylvisorex ollula) et six rongeurs de trois espèces
différentes (Mus setulosus, Praomys sp.1 et sp.2),
recueillis sur les différents sites. Ces séquences sont identiques
à celles des souches de virus Ebola isolées au Zaïre
et au Gabon. De plus, des structures tubulaires, très semblables
à certaines structures du virus Ebola, ont été observées
à la Station de Microscopie Electronique à l'Institut Pasteur
à Paris dans les cellules de la rate d'un des rongeurs.
Preuve est faite que différentes espèces de rongeurs et une
espèce de musaraigne ont été en contact avec le virus
Ebola : des espèces terrestres abondantes, et dont l' une est savanicole,
à l'inverse des hypothèses admises jusqu'à présent.
De plus, les résultats des chercheurs s'accordent avec l'histoire
de la faune dans cette partie de l'Afrique. Ils montrent en effet qu'il
existe un sous-type de virus Ebola commun à la République
Centrafricaine, au Zaïre et au Gabon, et différent du sous-type isolé en Côte
d'Ivoire. Des études biogéographiques récentes
ont conclu que la faune du bassin congolais était nettement différenciée
de celle des régions d'Afrique de l'Ouest. L'évolution du
virus semble ainsi suivre celle de la faune mammalienne, suggérant
une histoire évolutive commune.
Cette étude multidisciplinaire devrait considérablement orienter la recherche du réservoir du virus Ebola : elle apporte notamment une piste pour choisir les sites de veille sur la faune et propose une nouvelle stratégie de détection du virus, par des méthodes moléculaires et ultra-microscopiques. Des veilles écologique et épidémiologique des peuplements de petits mammifères, associées à une recherche virologique et moléculaire de la présence du virus Ebola, sont en cours depuis octobre 1998.
- "Identification of Ebola virus sequences present as RNA or
DNA in organs of terrestrial small mammals of the Central African Republic"
: Microbes and Infection, novembre 1999.
Jacques M. MORVANa, Vincent DEUBELb, Pierre GOUNONc, Emmanuel
NAKOUNEa, Patrick BARRIEREd, Séverine MURRIb, Olivier PERPETEd, Benjamin
SELEKONa, Daniel COUDRIERb, Annie GAUTIER-HIONd, Marc COLYNd
a Laboratoire des Arbovirus et Virus des Fièvres Hémorragiques,
Institut Pasteur de Bangui, République Centrafricaine; b Centre National
de Référence pour les Arbovirus et Fièvres Hémorragiques
Virales, Unité des Arbovirus et Virus des Fièvres Hémorragiques,
Institut Pasteur, Paris; c Station Centrale de Microscopie Electronique,
Institut Pasteur, Paris, France ; d Laboratoire d'Ethologie-Evolution-Ecologie,
UMR 6552, CNRS, Université de Rennes 1, France.
- Jacques MORVAN, Centre Collaborateur OMS pour les arbovirus
et les virus des fièvres hémorragiques, Laboratoire des arbovirus
et virus des fièvres hémorragiques, Institut Pasteur de Bangui,
République Centrafricaine.
Tél : 00 236 61 28 37
- Vincent DEUBEL, Centre national de référence por
les arbovirus et fièvres hémorragiques virales, Unité
des arbovirus et virus des fièvres hémorragiques, Institut
Pasteur, Paris.
Tél : 01 45 68 87 23
- Marc COLYN, Laboratoire d'éthologie-évolution-écologie,
UMR 6552, CNRS, Université Rennes 1, Station biologique, Paimpont,
France.
Tél : 02 99 61 81 62
- Bureau de Presse de l'Institut Pasteur. Tél : 01 45 68 81 46
- Communication Sciences de la Vie CNRS, Thierry PILORGE
Tél : 01 44 96 40 26
